genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  94  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27553188--27553363	46	3.8	46	78	10	178	29	28	20	21	1.98
27553239--27553382	46	3.1	46	73	20	131	30	27	19	22	1.98
27558720--27558890	93	1.8	92	92	1	288	28	28	21	22	1.99
27558713--27558887	46	3.8	46	78	10	196	29	28	20	21	1.98
27558721--27558906	46	4.0	45	71	19	134	28	28	20	22	1.99
27564232--27564377	55	2.7	55	77	12	158	38	17	24	19	1.93
27567690--27567757	17	4.0	17	71	7	66	50	16	8	25	1.73
27571892--27571946	29	2.0	28	89	7	85	52	18	0	29	1.45
27571987--27572063	32	2.3	33	84	6	102	44	18	5	32	1.72
27572051--27572108	22	2.5	24	86	5	75	46	18	0	34	1.50
27574009--27574256	40	6.2	40	90	1	365	26	28	21	23	1.99
27577475--27577605	59	2.2	58	95	1	235	37	15	23	23	1.93
27577475--27577605	29	4.5	29	96	1	235	37	15	23	23	1.93
27585288--27585472	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
27585289--27585505	40	5.5	40	77	9	160	25	23	27	23	2.00
27585288--27585505	79	2.7	79	80	6	192	25	23	27	24	2.00
27589089--27589220	29	4.6	29	95	0	228	26	14	32	26	1.95
27589089--27589248	58	2.8	58	89	0	194	25	15	33	26	1.95
27589089--27589249	87	1.9	87	85	0	223	24	15	33	26	1.95
27591994--27592275	40	7.1	40	92	0	406	27	28	20	23	1.99
27595621--27595776	68	2.2	73	74	8	164	52	4	3	39	1.38
27601067--27601164	41	2.4	41	84	3	135	18	20	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27607969--27608026	30	1.9	31	92	3	100	43	3	24	29	1.70
27621934--27622061	6	20.8	6	73	19	95	47	16	17	18	1.83
27621943--27622076	31	4.3	31	88	3	180	50	14	17	17	1.79
27621954--27622055	25	3.8	25	74	20	75	48	16	17	17	1.82
27621918--27622076	62	2.6	62	86	5	198	50	15	16	18	1.79
27622221--27622294	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
27622453--27622517	22	3.0	22	77	8	69	32	21	24	21	1.98
27622906--27622963	27	2.1	27	80	0	62	39	18	18	22	1.92
27622944--27623352	27	15.3	27	89	1	572	24	21	20	33	1.97
27623337--27623897	54	10.4	54	78	5	238	32	8	21	37	1.84
27622944--27623406	81	5.8	81	84	3	508	25	20	20	34	1.96
27623337--27623452	27	4.3	27	82	0	115	29	6	21	42	1.79
27623462--27623597	27	5.0	27	86	0	173	40	7	22	30	1.81
27623427--27623585	81	2.0	81	81	2	185	38	7	22	31	1.82
27623609--27623918	27	11.6	27	81	6	317	28	9	21	40	1.85
27623605--27623918	81	3.9	82	80	7	356	28	9	22	39	1.85
27629910--27629976	29	2.3	29	75	14	66	47	1	19	31	1.58
27630750--27630793	23	1.9	23	81	9	54	27	2	22	47	1.63
27632228--27632264	14	2.7	15	84	16	53	29	37	27	5	1.79
27634242--27634392	40	3.8	41	76	12	145	24	28	23	23	2.00
27642154--27642337	40	4.6	40	79	10	198	25	27	22	23	2.00
27642154--27642338	79	2.3	81	80	8	209	25	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27646911--27647000	30	3.0	30	80	7	103	57	15	16	10	1.64
27646911--27646990	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
27646922--27647000	15	5.3	15	79	8	81	56	15	16	11	1.66
27651151--27651175	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
27659849--27659887	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
27663519--27663605	39	2.2	39	93	0	147	19	21	29	28	1.98
27663519--27663618	39	2.6	39	88	3	139	20	21	30	29	1.98
27667009--27667037	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
27673020--27673059	21	1.9	21	90	10	64	2	15	0	82	0.77
27673001--27673048	14	3.3	14	77	11	60	2	14	2	81	0.88
27672995--27673062	19	3.8	18	71	13	68	1	19	1	77	0.92
27674338--27674363	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
27677248--27677379	2	66.0	2	78	11	137	49	4	3	42	1.41
27682780--27682869	40	2.2	40	80	7	103	25	24	26	23	2.00
27684428--27684505	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
27684616--27684828	49	4.3	49	95	0	381	29	33	9	27	1.89
27687661--27687789	24	5.3	24	73	12	93	49	13	17	19	1.79
27687687--27687747	25	2.5	24	89	2	86	50	16	16	16	1.78
27687712--27687814	30	3.4	30	86	1	107	48	16	16	18	1.81
27687682--27687789	6	17.8	6	73	12	87	50	13	16	19	1.79
27687946--27688047	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
27688208--27688269	22	2.9	21	76	13	63	35	24	20	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27688695--27689070	27	14.3	27	85	5	484	24	20	20	34	1.97
27688993--27689032	19	2.1	19	100	0	80	27	25	20	27	1.99
27688964--27689059	46	2.1	46	96	0	174	26	21	21	30	1.99
27688723--27689124	162	2.6	152	84	6	414	25	18	20	34	1.96
27689262--27689434	27	6.4	27	86	5	251	38	6	26	29	1.81
27689055--27689458	27	15.1	26	77	8	208	31	7	24	35	1.84
27700854--27700896	22	1.9	23	90	4	70	51	4	0	44	1.22
27701419--27701624	44	4.6	45	77	7	170	42	13	17	25	1.86
27704654--27704692	14	2.8	14	88	0	51	41	10	17	30	1.83
27705196--27705236	13	2.8	16	82	17	54	43	2	0	53	1.13
27705239--27705284	24	1.9	24	82	8	58	47	0	4	47	1.21
27714369--27714416	23	2.1	23	100	0	96	39	4	4	52	1.40
27720987--27721168	60	3.0	60	98	0	355	34	10	3	51	1.53
27721132--27721178	16	2.9	16	72	12	51	42	10	0	46	1.38
27728363--27728435	29	2.5	29	84	4	94	26	32	16	24	1.96
27732681--27732734	27	2.0	27	100	0	108	22	11	3	62	1.43
27744378--27744409	10	2.8	12	81	18	50	6	9	31	53	1.58
27753242--27753328	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
27753392--27753626	49	4.8	49	95	1	389	29	31	8	29	1.88
27753502--27753755	129	2.0	129	96	0	463	27	31	10	30	1.90
27753551--27753706	80	2.0	80	100	0	312	26	32	10	30	1.90
27753636--27753884	49	5.1	49	93	0	399	27	29	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27753456--27753804	178	2.0	178	92	0	590	27	31	10	30	1.90
27753407--27753842	227	1.9	227	92	0	737	28	30	9	30	1.89
27757726--27757908	79	2.3	79	91	1	296	25	28	22	24	1.99
27757758--27757933	79	2.2	79	87	5	257	28	27	21	22	1.99
27757726--27757908	40	4.6	40	93	2	298	25	28	22	24	1.99
27757917--27758029	40	2.8	40	81	6	122	26	27	20	25	1.99
27757728--27758022	119	2.5	118	79	8	289	27	28	20	23	1.99
27759888--27759974	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
27760038--27760272	49	4.8	49	95	1	389	29	31	8	29	1.88
27760148--27760401	129	2.0	129	96	0	463	27	31	10	30	1.90
27760197--27760352	80	2.0	80	100	0	312	26	32	10	30	1.90
27760282--27760530	49	5.1	49	93	0	399	27	29	10	32	1.90
27760102--27760450	178	2.0	178	92	0	590	27	31	10	30	1.90
27760053--27760488	227	1.9	227	92	0	737	28	30	9	30	1.89
27768564--27768656	36	2.6	36	83	10	111	13	13	31	40	1.85
27769937--27769970	17	2.0	17	94	0	59	11	0	20	67	1.21
27771499--27771574	33	2.3	33	80	10	84	35	17	21	26	1.95
27778864--27778945	36	2.3	36	82	0	101	20	8	26	43	1.80
27794008--27794032	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27794643--27794817	72	2.4	72	94	1	298	24	24	19	32	1.98
27794643--27794838	72	2.7	71	88	4	207	23	25	19	31	1.98
27799226--27799356	29	4.5	29	88	0	163	31	15	29	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27806079--27806155	23	3.3	23	79	16	88	40	11	22	25	1.88
27806079--27806177	23	4.1	24	78	13	82	36	14	24	25	1.93
27806824--27806875	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
27806809--27806945	70	2.0	67	84	7	177	18	27	22	30	1.98
27810420--27810479	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
27821536--27821569	18	1.9	18	88	5	52	38	5	17	38	1.74
27824014--27824157	24	6.0	24	90	8	222	27	21	20	29	1.98
27824211--27824273	20	3.2	20	90	0	108	31	17	12	38	1.87
27824310--27824357	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
27825514--27825591	27	2.9	27	83	7	104	23	20	21	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770