Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  106  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30516184--30516231
21
2.3
21
92
0
78
58
12
18
10
1.62
30517519--30517586
33
2.1
33
100
0
136
44
8
20
26
1.81
30534376--30534434
20
3.0
20
92
0
100
37
11
18
32
1.87
30534485--30534678
24
8.0
24
83
3
237
30
19
18
30
1.96
30534485--30534664
49
3.7
48
85
3
243
31
18
18
31
1.95
30534485--30534678
73
2.7
73
84
7
243
30
19
18
30
1.96
30539296--30539364
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
30540989--30541026
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
30547301--30547369
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
30548992--30549029
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
30553418--30553474
11
5.5
11
72
16
59
35
10
19
35
1.86
30553408--30553474
20
3.3
20
91
0
107
34
10
20
34
1.87
30553524--30553717
24
8.0
24
91
3
300
30
20
20
28
1.98
30553524--30553717
49
4.0
48
90
4
300
30
20
20
28
1.98
30553524--30553697
73
2.4
73
96
0
312
31
20
19
28
1.97
30556035--30556069
18
2.0
18
88
5
54
68
0
0
31
0.90
30556323--30556380
22
2.6
22
81
7
64
41
17
5
36
1.72
30556359--30556449
19
4.9
19
87
12
145
36
15
10
37
1.83
30556558--30556611
22
2.4
23
81
12
67
12
7
16
62
1.51
30561151--30561192
19
2.2
19
87
8
59
59
0
14
26
1.35
30567394--30567562
93
1.8
93
92
0
284
39
6
15
39
1.73
30567972--30568020
25
1.9
26
91
4
82
42
14
12
30
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30568832--30568867
18
1.9
19
88
5
56
41
16
0
41
1.48
30569881--30569926
18
2.6
18
80
16
60
15
45
23
15
1.84
30576161--30576212
19
2.8
18
77
8
50
34
17
9
38
1.82
30588438--30588601
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
30588438--30588635
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
30590216--30590287
21
3.2
21
64
21
56
26
25
9
38
1.86
30589975--30590288
46
6.8
46
84
2
364
21
23
13
41
1.88
30595185--30595216
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
30595919--30595962
3
15.7
3
78
21
51
63
2
0
34
1.07
30595913--30595950
20
1.9
20
100
0
76
65
2
0
31
1.06
30595913--30595995
10
8.4
9
75
17
60
67
1
3
27
1.15
30596884--30596920
18
2.1
18
94
0
65
24
10
5
59
1.52
30606282--30606343
27
2.2
28
86
8
83
66
1
1
30
1.11
30606279--30606358
10
8.4
9
71
18
56
67
1
3
27
1.15
30607253--30607278
6
4.3
6
100
0
52
19
15
15
50
1.79
30609480--30609558
31
2.5
31
91
0
131
29
25
17
27
1.98
30609583--30609715
42
3.2
42
97
0
248
39
21
11
27
1.87
30609860--30609982
26
4.8
26
88
1
178
27
21
23
26
1.99
30610783--30610847
27
2.4
27
76
5
69
21
26
18
33
1.96
30610875--30611113
27
8.8
27
78
5
203
32
9
18
39
1.83
30610875--30611103
83
2.8
82
78
6
239
32
10
19
38
1.85
30611104--30611307
54
3.8
54
79
5
200
40
7
21
30
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30611106--30611299
81
2.4
80
78
9
196
40
7
22
29
1.81
30611106--30611315
27
7.8
27
85
0
161
39
7
23
30
1.81
30611294--30611415
54
2.2
54
78
7
131
31
7
20
40
1.80
30611294--30611410
27
4.3
27
81
2
119
29
7
20
41
1.80
30611321--30611425
27
3.9
27
81
5
97
34
8
17
40
1.80
30613641--30613719
31
2.5
31
88
8
124
30
26
16
26
1.97
30613743--30613876
42
3.2
42
95
0
241
39
20
11
27
1.88
30614021--30614169
26
5.8
26
90
0
230
27
22
22
26
1.99
30614021--30614169
52
2.9
52
93
2
257
27
22
22
26
1.99
30614971--30615034
27
2.4
27
79
7
69
21
23
18
35
1.95
30615088--30615370
27
10.4
27
79
4
151
35
8
19
37
1.81
30615065--30615316
81
3.1
79
75
8
238
32
9
20
38
1.84
30615177--30615397
54
4.1
54
83
4
196
36
7
20
35
1.80
30615169--30615343
81
2.2
81
78
4
190
34
8
20
36
1.82
30615295--30615497
27
7.5
27
86
1
221
40
7
21
29
1.81
30615511--30615600
27
3.3
27
84
6
112
33
8
17
40
1.81
30620360--30620542
40
4.5
40
73
10
149
25
14
26
34
1.94
30634554--30634779
122
1.9
122
91
0
371
29
18
10
41
1.84
30644786--30644874
43
2.1
43
95
0
160
56
11
14
17
1.67
30651208--30651482
27
10.2
27
84
3
356
26
21
10
40
1.87
30651487--30651681
27
7.2
27
81
4
214
35
17
20
26
1.95
30651487--30651682
54
3.6
54
84
2
259
35
18
19
26
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30651495--30651680
81
2.3
81
86
0
246
36
17
20
25
1.95
30651881--30651963
27
3.1
26
87
5
112
19
21
21
37
1.94
30652051--30652109
22
2.7
22
78
0
55
23
23
20
32
1.98
30652222--30652295
27
2.8
27
81
6
80
17
22
21
37
1.94
30652413--30652599
6
30.8
6
74
18
165
19
17
13
48
1.81
30652413--30652599
85
2.2
85
95
0
338
19
17
13
48
1.81
30652413--30652599
30
6.4
30
83
11
244
19
17
13
48
1.81
30653644--30653676
17
1.9
17
93
0
57
24
18
21
36
1.95
30654808--30654851
21
2.1
21
91
0
70
29
25
13
31
1.94
30659497--30659525
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
30659581--30659716
12
11.2
12
68
22
54
61
3
0
33
1.19
30659590--30659717
31
4.1
31
72
22
83
60
3
0
35
1.18
30659611--30659644
17
1.9
18
88
5
52
58
5
2
32
1.37
30659608--30659789
15
11.3
15
72
18
93
61
3
2
32
1.26
30659587--30659717
27
4.9
27
68
24
82
61
3
0
35
1.17
30659605--30659726
13
9.4
12
70
19
77
62
3
1
32
1.21
30659640--30659772
26
5.2
26
73
19
93
62
2
2
33
1.20
30659589--30659767
18
9.9
18
70
19
65
62
2
2
32
1.22
30661023--30661122
48
2.1
48
94
0
173
25
10
32
33
1.89
30661699--30662949
207
6.1
207
94
0
2089
29
23
17
29
1.97
30669857--30669897
2
20.5
2
100
0
82
51
0
0
48
1.00
30669959--30670040
5
16.6
5
74
20
75
58
2
1
37
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30669970--30670041
14
4.7
15
83
13
94
58
2
1
37
1.21
30670145--30670184
20
1.9
22
85
10
57
60
2
0
37
1.11
30670169--30670279
15
6.7
15
72
21
64
63
2
3
29
1.25
30670167--30670263
27
3.7
26
78
16
96
63
2
3
30
1.21
30670138--30670260
19
6.8
18
69
23
55
63
2
2
31
1.20
30671501--30671611
48
2.4
48
86
3
145
24
7
32
36
1.83
30671963--30672027
29
2.2
28
76
7
67
36
4
3
55
1.36
30672033--30672086
19
2.8
18
79
20
65
37
1
0
61
1.07
30672099--30672303
88
2.3
90
84
5
272
32
9
20
37
1.85
30673741--30673793
28
1.9
28
84
3
72
26
26
18
28
1.98
30673755--30673889
60
2.2
59
83
8
157
25
25
20
27
1.99
30673882--30673927
20
2.3
20
82
14
60
28
28
17
26
1.98
30678542--30678594
28
1.9
27
84
3
70
26
26
18
28
1.98
30678556--30678690
60
2.2
59
83
8
157
25
25
20
27
1.99
30678683--30678728
20
2.3
20
82
14
60
28
28
17
26
1.98
30679030--30679091
26
2.3
26
81
8
72
25
11
29
33
1.91
30680031--30680065
17
2.1
17
89
10
54
77
0
14
8
0.99
30680031--30680066
18
2.1
17
89
5
54
77
0
13
8
0.98
30686103--30686380
98
2.9
97
74
10
246
33
10
11
45
1.74
30686956--30687008
26
2.0
26
92
0
88
41
15
9
33
1.79
30689402--30689453
23
2.2
24
80
10
63
17
9
3
69
1.31
30689488--30689548
3
20.0
3
83
3
50
21
8
4
65
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30689511--30689548
12
3.2
12
92
0
58
23
0
7
68
1.16
30694542--30694588
19
2.5
19
86
6
60
25
25
10
38
1.88
30698419--30698466
23
2.1
23
100
0
96
54
0
25
20
1.45
30700528--30700919
44
8.5
44
74
9
273
32
16
20
30
1.95
30700659--30700849
51
3.9
49
75
12
169
34
15
18
30
1.93
30700523--30700872
96
3.8
95
80
7
344
33
16
19
30
1.94
30702646--30702692
12
3.9
12
77
8
51
27
4
0
68
1.08
30702646--30702692
24
2.0
24
83
8
60
27
4
0
68
1.08
30702761--30702788
6
4.7
6
100
0
56
14
0
0
85
0.59
30702775--30702820
22
2.1
22
84
8
58
17
10
4
67
1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770