genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.377.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  377  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116129571--116129720	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
116137321--116137426	40	2.7	38	86	5	133	22	30	24	22	1.99
116137321--116137468	78	1.9	78	83	5	192	22	27	23	26	2.00
116145374--116145522	80	1.9	80	82	2	192	23	30	24	22	1.99
116145415--116145566	40	3.8	40	80	5	146	22	26	23	26	2.00
116147553--116147682	47	2.8	47	86	0	170	31	28	18	21	1.97
116156006--116156128	37	3.3	37	95	0	219	24	30	18	26	1.98
116156173--116156708	48	10.6	48	74	15	417	31	27	8	33	1.86
116156173--116156708	96	5.3	96	79	15	614	31	27	8	33	1.86
116156173--116156708	144	3.5	144	75	17	589	31	27	8	33	1.86
116156331--116156382	26	2.0	26	100	0	104	30	30	7	30	1.85
116156283--116156430	74	2.0	74	98	0	287	31	28	8	31	1.86
116156238--116156478	122	2.0	122	99	0	473	31	27	7	32	1.86
116156173--116156574	218	1.8	218	97	0	768	31	27	7	33	1.85
116158990--116159119	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
116166983--116167112	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
116169411--116169435	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
116170633--116170724	27	3.4	27	84	3	105	26	16	17	40	1.90
116170704--116171175	27	17.6	27	80	6	440	31	10	20	37	1.87
116170676--116171175	134	3.7	134	81	6	568	31	10	20	37	1.87
116171490--116171573	28	3.0	28	85	3	116	28	35	14	21	1.92
116173915--116174041	47	2.7	47	85	2	166	32	27	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116174640--116174979	166	2.0	166	98	0	653	41	19	9	29	1.82
116176329--116176377	21	2.3	22	89	3	73	34	16	10	38	1.82
116177176--116177232	28	2.1	27	86	3	78	35	22	24	17	1.95
116177659--116177710	26	2.0	27	84	3	70	25	11	23	40	1.88
116181838--116181865	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
116185058--116185163	41	2.6	40	89	1	158	24	17	28	29	1.98
116188910--116188967	16	3.5	16	75	13	55	37	1	0	60	1.07
116188880--116188975	45	2.2	44	83	9	115	31	2	1	65	1.11
116188901--116188972	13	5.9	12	71	24	53	36	1	0	62	1.04
116188901--116188974	36	2.1	36	82	10	89	35	1	0	63	1.03
116188994--116189069	21	3.8	20	76	10	68	28	5	1	64	1.23
116189322--116189399	38	2.1	38	81	11	90	33	1	2	62	1.17
116196603--116196734	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
116196603--116196734	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
116202842--116203051	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
116219616--116219659	19	2.3	19	100	0	88	36	9	18	36	1.82
116219630--116219687	29	1.9	30	93	6	100	37	6	18	36	1.78
116221330--116221511	78	2.3	81	82	6	221	24	27	21	26	1.99
116221328--116221511	40	4.7	40	80	8	216	25	27	21	26	1.99
116229808--116229873	1	66.0	1	75	0	51	86	0	10	3	0.68
116229808--116229873	7	9.6	7	81	14	59	86	0	10	3	0.68
116229810--116229867	9	6.6	9	76	11	57	86	0	10	3	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116229809--116229867	17	3.4	17	84	11	75	86	0	10	3	0.68
116230756--116230899	44	3.3	44	71	9	132	31	17	23	27	1.97
116230879--116230971	44	2.1	44	85	0	123	34	15	25	24	1.94
116230962--116231873	205	4.5	205	92	1	1413	31	18	21	28	1.97
116232507--116232540	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
116234147--116234213	30	2.2	30	89	0	98	23	8	19	47	1.77
116239215--116239424	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
116247293--116247502	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
116253978--116254109	29	4.6	29	84	1	97	26	32	15	25	1.96
116253977--116254109	58	2.3	59	80	5	137	26	32	15	25	1.96
116255865--116256082	40	5.5	40	88	2	289	25	27	23	22	2.00
116270998--116271072	9	8.4	9	72	16	50	73	2	2	21	1.08
116271008--116271034	12	2.2	12	100	0	54	77	0	0	22	0.76
116271007--116271071	20	3.2	20	78	8	69	73	3	3	20	1.10
116276180--116276277	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
116283846--116283943	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
116290026--116290167	39	3.6	39	84	2	169	22	31	22	23	1.98
116292921--116292982	28	2.2	29	88	2	90	27	12	30	29	1.93
116304933--116305013	22	3.6	22	78	5	83	30	22	19	27	1.98
116304987--116305042	24	2.5	22	78	16	60	28	25	17	28	1.98
116309998--116310218	40	5.6	40	76	13	190	25	24	26	23	2.00
116309998--116310182	80	2.3	81	83	8	234	24	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116314731--116314803	22	3.2	22	63	30	53	30	13	31	24	1.94
116314703--116314888	47	4.0	47	93	0	300	33	11	28	26	1.92
116314750--116314824	23	3.2	23	66	23	57	29	9	32	29	1.88
116314866--116315000	48	2.8	48	91	0	216	34	7	28	30	1.84
116315147--116315292	37	3.9	37	92	0	247	23	17	31	27	1.97
116322124--116322180	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
116322122--116322184	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
116322237--116322423	23	8.0	24	92	6	305	28	20	21	28	1.98
116322237--116322423	47	4.0	48	92	6	305	28	20	21	28	1.98
116322615--116322678	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
116330260--116330316	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
116330258--116330320	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
116330373--116330515	47	3.0	48	90	6	220	30	20	20	27	1.98
116330373--116330514	24	6.0	24	90	5	218	30	21	21	27	1.98
116330707--116330770	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
116333563--116333625	32	2.0	32	96	0	117	39	22	11	26	1.87
116336103--116336328	50	4.5	50	77	8	208	25	18	26	30	1.98
116343143--116343225	30	2.7	31	85	3	107	27	22	16	32	1.96
116343249--116343340	42	2.2	42	88	3	132	34	20	14	30	1.92
116343472--116343658	26	7.3	26	86	3	249	27	22	20	28	1.99
116343472--116343658	52	3.7	51	92	5	301	27	22	20	28	1.99
116344463--116344548	26	3.3	26	90	4	120	18	24	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116344578--116344936	27	13.3	27	77	5	206	30	8	21	39	1.84
116344688--116344922	80	2.9	80	88	2	330	28	8	21	41	1.81
116344598--116344895	107	2.8	106	80	3	301	30	9	20	40	1.83
116344663--116344936	107	2.6	105	77	5	280	29	7	22	40	1.82
116344914--116345000	27	3.2	27	91	0	138	42	9	20	27	1.82
116345910--116346117	75	2.8	76	87	1	301	32	25	20	20	1.97
116345910--116346117	38	5.5	38	90	2	294	32	25	20	20	1.97
116345910--116346127	113	1.9	113	86	2	312	32	26	20	21	1.98
116346413--116346547	43	3.1	44	83	6	184	28	29	17	24	1.97
116354054--116354196	39	3.6	39	84	0	169	23	31	22	23	1.98
116356950--116357011	28	2.2	29	88	2	90	27	12	30	29	1.93
116362856--116362987	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
116370585--116370716	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
116376313--116376529	40	5.5	40	91	3	307	22	23	28	24	1.99
116384387--116384603	40	5.5	40	91	3	307	22	23	28	24	1.99
116390544--116390616	33	2.2	32	95	2	128	50	10	5	32	1.60
116390547--116390598	14	3.4	14	73	21	50	51	9	3	34	1.53
116390555--116390625	18	4.1	18	80	15	96	47	9	8	33	1.67
116391055--116391227	46	3.7	46	76	10	172	31	27	19	22	1.98
116391060--116391230	93	1.8	93	88	0	261	30	28	19	22	1.98
116400013--116400039	9	3.0	9	100	0	54	55	0	11	33	1.35
116400250--116400347	37	2.6	37	83	3	108	18	15	28	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116403662--116403700	15	2.6	15	91	0	60	5	28	2	64	1.28
116406640--116406809	46	3.7	46	72	13	168	23	19	27	30	1.98
116406634--116406804	93	1.8	93	89	0	270	22	19	27	29	1.98
116410426--116410485	27	2.3	27	85	2	77	30	16	21	31	1.96
116410475--116410537	27	2.4	26	81	5	72	44	15	6	33	1.72
116410482--116410540	27	2.2	27	84	0	73	45	15	6	32	1.72
116410493--116410759	27	9.8	27	75	3	113	40	17	9	32	1.82
116410549--116410652	54	1.9	54	86	3	147	40	21	9	28	1.84
116410496--116410651	81	1.9	81	81	2	188	41	18	9	30	1.83
116410554--116410736	54	3.4	53	79	10	138	42	19	7	31	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770