Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  160  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47234537--47234726
103
1.8
103
91
0
317
28
30
15
25
1.96
47236095--47236265
93
1.8
93
92
0
288
21
21
29
27
1.99
47236102--47236316
46
4.7
46
83
10
276
21
21
29
27
1.98
47240272--47240410
51
2.8
51
91
2
219
28
23
20
27
1.99
47243693--47243823
30
4.5
30
84
8
162
32
12
25
28
1.93
47243693--47243823
58
2.2
58
85
4
165
32
12
25
28
1.93
47245748--47245776
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
47246357--47246541
40
4.6
40
93
2
293
22
23
26
27
2.00
47246353--47246573
80
2.8
80
84
6
297
25
22
25
26
2.00
47246800--47246843
22
2.0
21
83
16
54
31
18
13
36
1.90
47248469--47248577
24
4.5
24
89
2
157
33
22
18
25
1.97
47253631--47253688
29
2.0
29
96
0
107
31
18
20
29
1.97
47257144--47257304
45
3.6
45
85
6
195
22
21
28
27
1.99
47264898--47265072
45
4.0
45
88
3
241
22
22
28
26
1.99
47267233--47267355
43
2.9
42
74
14
126
29
26
15
29
1.96
47272506--47272984
100
4.9
100
89
4
724
28
25
19
26
1.99
47272555--47272936
191
2.0
191
92
0
629
27
24
20
26
1.99
47273726--47273792
30
2.3
28
80
16
75
62
16
10
10
1.53
47276779--47277066
49
5.8
49
80
3
342
28
25
18
27
1.98
47276784--47277067
100
2.8
100
94
0
478
28
26
18
26
1.98
47281387--47281659
49
5.7
48
75
9
199
29
19
27
23
1.98
47281390--47281661
98
2.8
95
81
4
262
29
19
27
23
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47287830--47287935
55
1.9
55
82
0
131
20
30
24
24
1.99
47291448--47291493
16
2.8
16
78
15
58
54
0
6
39
1.26
47292497--47292561
28
2.4
28
81
2
69
27
21
23
27
1.99
47292719--47292771
27
2.0
27
92
0
88
33
22
22
20
1.97
47292780--47292839
30
2.0
30
96
0
111
33
41
6
18
1.76
47295763--47295796
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
47314542--47314567
13
2.0
13
100
0
52
30
0
7
61
1.24
47314932--47315051
40
2.8
43
75
13
122
21
25
20
33
1.97
47314966--47315031
20
3.3
20
77
8
71
21
27
16
34
1.95
47316367--47316405
18
2.2
18
90
0
60
30
0
0
69
0.89
47321626--47321699
34
2.2
34
92
0
121
32
28
13
25
1.94
47321755--47321817
27
2.3
27
88
0
90
22
25
12
39
1.89
47321907--47322083
31
5.7
31
88
1
248
29
25
16
27
1.97
47321907--47322083
92
1.9
93
88
1
266
29
25
16
27
1.97
47321908--47322083
61
2.9
62
86
1
255
29
26
16
27
1.97
47322077--47322189
33
3.5
33
80
9
124
27
22
12
38
1.90
47323873--47323925
11
4.7
11
81
4
61
64
1
0
33
1.05
47323873--47323938
34
2.0
33
82
8
82
59
3
0
37
1.13
47328121--47328179
26
2.4
24
83
8
73
67
3
0
28
1.06
47328150--47328208
21
2.8
22
85
7
70
69
6
0
23
1.12
47332388--47332500
29
4.0
27
78
5
91
25
12
30
31
1.92
47338600--47338645
20
2.2
20
84
3
56
78
4
10
6
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47344400--47344442
18
2.4
18
84
7
52
55
0
4
39
1.20
47345731--47345908
88
2.0
88
91
0
284
30
14
19
36
1.91
47348010--47348038
14
2.1
14
100
0
58
20
13
31
34
1.92
47351557--47351697
44
3.2
44
71
12
137
19
28
21
30
1.98
47351522--47352455
88
10.7
87
85
3
1203
21
24
21
33
1.97
47351522--47352455
175
5.3
173
84
4
1203
21
24
21
33
1.97
47351951--47352182
44
5.3
44
64
13
127
20
24
21
33
1.97
47352523--47352650
64
2.0
64
87
0
184
36
15
17
29
1.91
47373097--47373133
9
4.1
9
85
0
56
45
16
10
27
1.80
47373491--47373520
16
1.9
16
93
6
53
26
26
0
46
1.53
47376243--47376450
53
3.9
53
71
6
168
22
24
16
37
1.93
47381986--47382121
26
5.2
26
98
0
236
33
5
24
36
1.80
47383722--47383847
27
4.7
27
87
3
173
19
25
23
32
1.97
47387441--47387678
49
4.9
49
95
1
426
33
8
28
29
1.87
47387772--47387855
37
2.3
37
97
0
159
23
19
34
22
1.96
47390646--47390674
7
4.1
7
100
0
58
31
27
0
41
1.56
47391287--47391352
3
21.7
3
87
3
78
36
6
0
57
1.23
47391684--47392006
152
2.1
150
87
5
465
40
4
11
43
1.60
47393300--47393333
3
11.3
3
100
0
68
67
0
0
32
0.91
47397996--47398089
27
3.5
27
89
0
134
38
13
21
26
1.91
47400617--47400721
42
2.5
42
87
0
138
31
20
14
33
1.93
47405496--47405525
8
3.6
8
95
4
51
56
0
0
43
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47406831--47406890
11
5.2
11
75
16
50
60
3
3
33
1.30
47406830--47406889
25
2.5
24
76
15
68
60
3
3
33
1.30
47407583--47407610
14
2.0
14
100
0
56
42
0
57
0
0.99
47408813--47409010
67
2.9
66
89
3
281
41
15
14
28
1.87
47408888--47409134
71
3.5
72
78
5
222
34
19
15
30
1.93
47409004--47410346
160
8.4
160
97
0
2499
33
20
16
29
1.95
47409161--47409294
71
1.9
70
87
1
196
29
22
16
32
1.96
47409321--47409454
71
1.9
70
87
1
196
29
22
16
32
1.96
47409482--47409615
71
1.9
71
90
0
214
29
23
16
30
1.96
47409642--47409775
71
1.9
71
90
0
214
29
23
16
30
1.96
47408999--47410346
481
2.8
480
97
0
2509
33
20
16
29
1.95
47409802--47409935
71
1.9
71
88
0
205
29
22
16
31
1.96
47409962--47410095
71
1.9
70
85
1
187
29
22
15
32
1.95
47410122--47410255
71
1.9
71
90
0
214
29
23
16
30
1.96
47416906--47417005
28
3.4
29
82
6
114
29
26
15
30
1.95
47424781--47424882
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
47429348--47429449
29
3.6
29
82
1
116
26
27
17
28
1.98
47430415--47430570
40
3.9
40
89
0
240
33
28
19
17
1.95
47432881--47432921
16
2.6
16
84
0
55
19
26
12
41
1.87
47432875--47432925
24
2.1
24
85
7
68
15
23
13
47
1.82
47437915--47438078
43
3.8
43
77
9
138
34
24
15
25
1.95
47455830--47455899
27
2.5
28
88
2
106
28
14
25
31
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47456313--47456348
18
2.0
18
100
0
72
27
16
22
33
1.95
47471028--47471070
21
2.0
21
86
0
59
18
30
23
27
1.98
47473930--47473962
16
2.1
16
100
0
66
12
30
15
42
1.83
47473859--47474033
87
2.0
87
100
0
350
18
28
16
36
1.93
47483513--47483577
27
2.4
27
84
7
78
32
23
26
18
1.97
47489443--47489494
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
47489424--47489579
69
2.3
68
92
2
251
19
28
21
30
1.98
47496187--47496250
33
2.0
32
87
3
92
21
23
18
35
1.95
47501878--47502004
50
2.5
51
93
1
211
37
14
22
25
1.92
47501980--47502051
31
2.3
31
90
0
108
31
13
25
29
1.94
47501980--47502068
31
2.9
31
83
6
101
29
16
24
29
1.97
47505941--47506041
48
2.1
48
87
3
150
29
25
8
35
1.87
47507314--47507365
27
2.0
26
85
7
70
40
21
11
26
1.87
47508596--47508683
31
2.8
31
89
0
131
27
19
27
26
1.99
47508709--47508831
47
2.6
47
87
1
158
29
14
26
29
1.95
47508802--47508914
42
2.7
42
87
0
163
31
13
25
29
1.93
47513296--47513475
31
5.8
31
85
2
236
29
19
25
25
1.98
47514922--47515022
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
47516687--47516826
42
3.2
43
82
8
133
32
14
25
28
1.94
47516730--47516842
42
2.7
42
86
2
147
32
15
24
27
1.95
47520482--47520516
18
1.9
18
88
0
52
25
28
0
45
1.54
47528024--47528135
49
2.3
49
82
3
127
25
21
21
32
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
47528206--47528321
46
2.5
45
89
8
164
24
28
17
30
1.97
47533787--47533889
29
3.6
27
78
5
89
28
32
16
23
1.96
47539495--47539542
19
2.5
21
80
12
59
45
2
2
50
1.25
47539966--47540051
43
2.0
43
81
4
102
27
26
17
27
1.98
47542338--47542791
230
2.0
230
92
0
766
32
22
14
30
1.94
47545673--47545804
29
4.6
29
92
0
210
28
23
15
31
1.96
47545673--47545834
58
2.8
58
84
1
173
28
27
14
29
1.95
47553751--47553911
29
5.6
29
93
0
259
28
22
15
32
1.95
47553752--47553941
58
3.3
58
87
2
213
27
25
15
31
1.95
47553752--47553941
87
2.2
87
84
3
240
27
25
15
31
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770