genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.515.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  515  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159814441--159814475	17	2.1	17	100	0	70	17	20	22	40	1.92
159814935--159814982	20	2.4	20	71	0	51	20	27	18	33	1.96
159817740--159817795	5	11.0	5	78	17	62	76	1	17	3	1.01
159817740--159817795	11	5.5	10	76	19	62	76	1	17	3	1.01
159819777--159819825	20	2.4	20	86	3	62	20	26	22	30	1.98
159821171--159821217	20	2.3	20	81	0	67	23	23	19	34	1.97
159823136--159823206	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
159823190--159823313	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
159823174--159823313	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
159823190--159823342	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
159823296--159823357	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
159823190--159823340	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
159823969--159824064	28	3.5	28	88	7	144	45	25	8	20	1.79
159827276--159827346	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
159827330--159827426	27	3.6	27	87	0	140	40	21	6	31	1.78
159827314--159827426	54	2.1	53	80	8	129	38	23	6	31	1.79
159827330--159827456	54	2.4	54	86	2	175	38	20	9	31	1.85
159827330--159827471	27	5.3	26	81	4	113	38	19	10	30	1.86
159828087--159828183	27	3.6	27	91	5	151	46	24	8	20	1.78
159831394--159831464	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
159831448--159831571	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
159831432--159831571	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159831448--159831600	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
159831472--159831614	27	5.3	26	81	5	115	40	18	11	30	1.85
159831448--159831598	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
159832234--159832330	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
159838916--159838947	16	1.9	17	93	6	57	31	28	0	40	1.57
159844976--159845095	40	2.9	42	81	7	156	33	27	15	24	1.95
159847850--159848007	43	3.7	43	76	10	146	30	32	16	20	1.95
159860230--159860360	40	3.3	39	78	6	147	24	26	22	25	2.00
159860246--159860397	40	3.8	40	77	10	150	23	26	23	27	2.00
159860246--159860395	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
159870353--159870519	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
159878312--159878479	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
159878328--159878477	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
159881369--159881490	45	2.7	45	90	0	190	36	18	20	24	1.94
159881369--159881534	90	1.8	90	83	5	219	38	17	19	24	1.93
159881366--159881534	45	3.8	44	84	4	178	39	17	20	23	1.92
159883266--159883432	40	4.2	40	78	2	149	22	27	23	26	2.00
159883282--159883430	80	1.9	79	83	6	194	21	27	24	26	1.99
159886568--159886770	52	3.8	53	78	3	174	36	18	23	20	1.95
159888083--159888125	21	2.1	20	82	4	50	6	25	11	55	1.60
159892814--159892939	62	2.0	62	98	0	243	31	18	15	34	1.92
159896980--159897012	17	1.9	17	88	11	50	36	27	0	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159905960--159906058	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
159913631--159913729	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
159916805--159916853	24	2.0	24	92	0	80	40	16	2	40	1.60
159920938--159921012	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
159928812--159928884	28	2.6	29	84	8	96	26	16	31	26	1.96
159930978--159931027	24	2.1	24	85	3	66	52	10	4	34	1.54
159943111--159943149	14	2.5	15	88	12	53	64	5	0	30	1.15
159946931--159947025	43	2.2	43	77	3	102	35	13	17	32	1.89
159949765--159950118	49	7.3	49	92	3	563	29	29	7	32	1.86
159954160--159954550	40	9.8	40	92	1	624	27	29	21	21	1.99
159954160--159954550	199	2.0	200	93	0	676	27	29	21	21	1.99
159955975--159956278	49	6.3	49	91	4	474	29	29	7	32	1.86
159955975--159956278	100	3.1	98	91	4	474	29	29	7	32	1.86
159955986--159956278	149	2.0	146	91	2	478	30	29	8	32	1.86
159965920--159966117	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
159965986--159966103	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
159965954--159966117	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
159973480--159973677	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
159973546--159973663	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
159973514--159973677	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
159978854--159978921	29	2.3	29	87	0	91	32	29	14	23	1.94
159991578--159991785	40	5.2	39	83	3	211	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159991578--159991783	80	2.6	81	83	4	240	25	26	23	25	2.00
160000456--160000619	39	4.2	39	76	12	151	26	22	26	23	2.00
160015357--160015507	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
160015394--160015523	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
160016998--160017035	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
160020707--160020931	40	5.6	40	84	2	290	25	24	27	23	2.00
160020707--160020967	80	3.3	80	83	3	303	26	24	26	23	2.00
160028945--160029020	10	7.5	10	69	18	50	39	10	2	47	1.52
160033029--160033100	29	2.5	28	86	6	83	27	26	15	30	1.96
160033028--160033129	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
160038607--160038636	5	5.8	5	96	4	51	16	0	0	83	0.65
160039807--160039839	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
160039807--160039840	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
160040094--160040151	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
160040130--160040166	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
160040133--160040174	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
160040285--160040323	20	2.0	20	89	0	60	10	2	12	74	1.17
160040516--160040789	45	6.1	44	75	7	248	26	24	15	33	1.95
160040530--160040699	89	1.9	89	90	0	268	27	25	14	32	1.95
160040729--160041023	78	3.8	78	84	1	403	27	23	16	32	1.96
160041095--160041541	78	5.8	78	92	2	659	24	25	18	31	1.97
160041095--160041541	155	2.9	155	88	2	666	24	25	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160058726--160058874	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
160058767--160058874	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
160066815--160066963	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
160066856--160066963	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
160069637--160069737	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
160069666--160069741	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
160073986--160074024	16	2.5	15	84	12	51	51	17	0	30	1.46
160078667--160078835	43	3.9	44	79	6	159	33	26	14	26	1.94
160086585--160086916	47	7.1	47	91	0	486	34	10	28	25	1.90
160086680--160086757	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
160086705--160086826	22	5.3	22	64	24	72	31	12	29	26	1.92
160086752--160086873	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
160086890--160087072	46	4.0	46	94	0	294	34	9	31	24	1.87
160088918--160089100	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
160096924--160097101	40	4.6	39	81	7	204	23	29	23	24	1.99
160096950--160097105	36	4.2	36	79	13	172	23	30	21	24	1.99
160102149--160102279	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
160102149--160102279	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
160110096--160110226	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
160110096--160110226	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
160117237--160117368	29	4.6	29	94	0	219	25	32	15	26	1.95
160117208--160117368	58	2.8	58	88	0	187	25	33	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160117208--160117368	87	1.9	87	85	0	223	25	33	15	25	1.95
160125279--160125410	29	4.6	29	94	0	219	25	32	15	26	1.95
160125250--160125410	58	2.8	58	88	0	187	25	33	15	25	1.95
160125250--160125410	87	1.9	87	85	0	223	25	33	15	25	1.95
160131458--160131537	15	5.4	15	73	18	69	58	12	17	11	1.62
160131469--160131546	15	5.2	15	73	14	63	56	14	16	12	1.68
160135992--160136108	57	2.1	57	100	0	234	50	13	8	27	1.71
160138116--160138282	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
160154228--160154380	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
160154229--160154411	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770