genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  299  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91197953--91197991	16	2.4	17	82	4	53	30	5	0	64	1.15
91202094--91202140	21	2.2	21	84	0	58	36	14	25	23	1.93
91206197--91206228	16	2.0	16	100	0	64	43	12	12	31	1.80
91207993--91208248	46	5.5	46	79	9	204	30	17	28	23	1.97
91219232--91219305	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
91234172--91234338	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
91234172--91234338	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
91235164--91235209	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
91236371--91236602	40	5.8	40	88	0	320	27	26	18	27	1.98
91237781--91237914	37	3.6	37	94	0	241	24	32	17	25	1.97
91237949--91239003	48	22.0	48	90	0	1608	30	26	6	35	1.82
91247645--91247773	25	5.2	25	91	0	195	28	12	10	48	1.75
91247645--91247788	25	5.8	25	89	0	189	27	14	10	47	1.76
91247645--91247791	50	2.9	50	88	0	213	27	14	10	47	1.77
91253454--91253592	48	2.9	48	82	1	172	33	15	19	30	1.93
91256169--91256209	22	1.9	22	90	5	66	21	26	39	12	1.89
91257366--91257581	45	4.7	46	77	8	165	22	27	19	30	1.98
91260277--91260369	38	2.4	38	94	0	168	24	13	27	33	1.94
91261002--91261085	40	2.1	40	93	0	141	29	20	25	25	1.99
91268397--91268489	38	2.4	38	94	0	168	24	13	27	33	1.94
91269104--91269193	40	2.2	40	88	3	128	28	17	25	27	1.98
91269130--91269205	40	1.9	40	97	0	143	28	19	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91273186--91273369	40	4.6	40	80	8	187	26	26	21	25	2.00
91275060--91275219	29	5.5	29	86	6	198	33	14	25	26	1.94
91275060--91275219	59	2.8	57	87	4	205	33	14	25	26	1.94
91284531--91284714	40	4.6	40	83	5	185	26	26	23	24	2.00
91284531--91284714	80	2.3	81	84	7	223	26	26	23	24	2.00
91292821--91292859	20	2.0	20	89	0	60	35	2	10	51	1.50
91294489--91294557	28	2.5	28	90	2	104	42	26	10	21	1.84
91300811--91300848	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
91302459--91302526	28	2.5	27	92	4	111	42	27	10	19	1.83
91307803--91308016	46	4.6	46	76	11	188	22	28	20	28	1.99
91311032--91311157	49	2.6	49	96	0	234	34	7	26	31	1.84
91322954--91323023	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
91322954--91323035	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
91324762--91324836	28	2.7	28	85	8	107	25	13	33	28	1.93
91325848--91325883	18	2.1	18	89	5	56	47	11	16	25	1.79
91334995--91335124	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
91335011--91335162	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
91335011--91335160	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
91351781--91351988	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
91351881--91351988	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
91355783--91355831	20	2.5	19	79	20	57	42	2	2	53	1.24
91355795--91355828	16	2.2	15	89	5	50	44	2	0	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91356522--91356575	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
91362978--91363052	10	7.1	11	77	7	66	33	17	13	36	1.88
91362992--91363040	21	2.3	21	96	0	89	36	18	10	34	1.85
91363178--91363371	27	7.2	27	82	1	194	26	17	18	38	1.92
91363246--91363479	54	4.3	53	74	10	165	28	11	20	40	1.86
91363327--91363483	27	5.8	27	82	3	199	28	7	22	41	1.81
91363329--91363495	81	2.1	81	87	2	237	28	7	22	40	1.82
91363339--91363544	81	2.5	81	78	4	211	31	8	21	38	1.84
91367780--91367831	2	25.5	2	92	3	86	50	1	0	48	1.12
91367856--91367907	19	2.9	17	75	10	50	46	15	13	25	1.82
91378055--91378083	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
91382879--91382907	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
91383575--91383614	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
91384871--91385026	49	3.2	49	93	0	276	30	29	7	32	1.85
91386287--91386317	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
91386676--91386713	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
91391338--91391411	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
91398774--91398811	2	19.0	2	88	0	58	50	2	2	44	1.30
91401151--91401335	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
91401152--91401343	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
91401151--91401368	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
91408551--91408840	48	6.0	47	84	5	366	23	16	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91408559--91408873	48	6.6	47	79	7	232	24	15	29	29	1.96
91408559--91408873	144	2.2	144	81	6	363	24	15	29	29	1.96
91408559--91408873	96	3.3	94	82	7	332	24	15	29	29	1.96
91410289--91410458	46	3.7	46	77	10	168	22	18	28	30	1.97
91410283--91410453	93	1.8	93	88	2	263	22	19	28	29	1.98
91415768--91415939	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
91415760--91415935	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
91418318--91418405	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
91418318--91418396	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
91418329--91418405	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
91421343--91421471	46	2.8	46	96	0	231	29	28	21	20	1.98
91424241--91424351	29	3.8	29	91	0	177	37	14	25	22	1.92
91426670--91426877	40	5.2	39	83	1	218	26	26	21	25	1.99
91426670--91426877	80	2.6	80	84	1	247	26	26	21	25	1.99
91433897--91434007	29	3.8	29	89	0	168	39	13	23	23	1.90
91436069--91436219	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
91436106--91436235	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
91443871--91443959	27	3.3	27	84	3	99	39	13	13	33	1.84
91443943--91443993	26	1.9	27	84	11	70	23	21	21	33	1.97
91447355--91447384	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
91447834--91447932	28	3.5	28	84	4	110	27	14	27	31	1.95
91455836--91455884	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91456707--91456873	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
91463755--91463857	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
91468137--91468287	40	3.8	39	84	2	151	23	27	22	26	2.00
91468137--91468287	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
91470915--91471085	39	4.3	39	91	3	229	25	29	21	24	1.99
91470915--91471138	40	5.7	40	84	6	235	25	28	21	24	1.99
91478987--91479156	40	4.3	39	88	5	211	25	28	21	25	1.99
91484499--91484624	48	2.6	48	89	0	189	36	7	25	30	1.84
91484510--91484653	48	3.0	47	83	6	173	34	8	26	30	1.86
91487355--91487583	40	5.8	40	87	3	277	21	24	29	24	1.99
91487316--91487587	120	2.3	121	81	8	301	22	23	29	24	1.99
91487316--91487584	40	6.8	40	83	6	268	22	24	29	24	1.99
91487751--91487805	25	2.2	25	77	6	58	30	12	30	25	1.93
91491382--91491507	48	2.6	48	89	0	189	36	7	25	30	1.84
91491393--91491536	48	3.0	47	83	6	173	34	8	26	30	1.86
91491666--91491746	37	2.2	37	93	0	135	20	22	32	24	1.98
91496262--91496365	40	2.6	40	87	0	136	28	22	27	21	1.99
91496292--91496395	40	2.6	40	84	0	127	25	23	28	23	1.99
91499454--91499537	28	3.0	28	82	1	107	17	21	20	40	1.91
91501565--91501589	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
91503382--91503469	28	3.3	28	81	12	121	37	17	23	21	1.94
91503509--91503707	51	3.9	51	86	1	265	32	14	24	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91507754--91507783	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
91508128--91508268	27	5.2	27	84	11	182	19	23	22	34	1.96
91508126--91508268	54	2.6	54	91	2	225	18	23	22	34	1.96
91508128--91508286	27	5.9	27	82	14	168	20	23	21	34	1.96
91516195--91516332	27	5.1	27	83	11	176	19	22	23	34	1.96
91516189--91516332	54	2.7	54	92	2	227	19	22	22	34	1.96
91516205--91516350	27	5.4	26	77	18	108	21	23	20	34	1.96
91516195--91516350	81	1.9	80	82	8	192	20	23	21	34	1.97
91519602--91519710	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
91519856--91520613	48	14.9	49	84	9	846	32	25	5	36	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770