genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.648.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  648  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203680632--203680773	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
203680671--203680799	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
203685343--203685550	40	5.2	40	84	0	218	25	22	26	25	2.00
203685345--203685550	80	2.6	80	84	1	243	25	22	26	25	2.00
203693267--203693373	40	2.7	40	82	0	133	29	22	23	24	1.99
203693354--203693459	40	2.7	40	83	4	142	28	21	26	23	1.99
203695845--203695870	13	2.0	13	100	0	52	38	23	38	0	1.55
203702250--203702367	46	2.6	46	86	6	143	27	21	29	22	1.99
203705085--203705251	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
203713054--203713193	40	3.5	40	83	1	120	27	23	27	22	1.99
203713091--203713219	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
203715763--203715811	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
203716625--203716791	40	4.2	40	77	6	151	25	21	27	25	1.99
203718855--203718890	18	2.1	18	89	5	56	30	2	0	66	1.06
203719003--203719039	18	2.0	19	94	5	67	27	8	32	32	1.86
203722621--203722716	48	1.9	48	81	10	113	52	5	2	40	1.36
203728148--203728248	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
203736101--203736201	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
203740252--203740361	26	4.2	26	96	0	175	34	5	24	35	1.79
203741837--203741889	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
203743048--203743088	16	2.5	17	80	15	50	56	7	4	31	1.48
203746028--203746136	26	4.2	26	96	1	184	33	5	23	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203747763--203747947	40	4.7	40	88	6	252	24	22	26	26	2.00
203747763--203747980	79	2.7	79	79	14	252	26	22	26	25	2.00
203752449--203752928	48	10.0	48	90	0	717	35	6	27	31	1.82
203752449--203752928	144	3.3	144	92	0	789	35	6	27	31	1.82
203752985--203753095	36	3.1	36	94	2	195	25	18	32	23	1.97
203752981--203753099	37	3.2	37	93	2	213	26	19	31	22	1.98
203755535--203755666	29	4.5	29	95	1	237	24	23	14	37	1.92
203755535--203755666	59	2.3	59	94	1	239	24	23	14	37	1.92
203763388--203763594	66	3.2	64	78	7	211	31	16	28	22	1.96
203764674--203764702	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
203768654--203768683	11	2.7	11	94	0	51	50	0	20	30	1.49
203771700--203771867	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
203779347--203779448	51	2.0	51	100	0	204	37	1	27	33	1.68
203784100--203784178	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
203784050--203784448	49	8.3	49	95	1	675	29	29	8	32	1.86
203788493--203788844	40	8.8	40	91	0	542	26	29	20	23	1.99
203790304--203790382	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
203790254--203790646	47	8.3	49	93	3	621	29	29	7	32	1.86
203798606--203798671	27	2.4	28	92	2	107	25	13	28	31	1.94
203800105--203800145	13	3.2	13	76	16	50	43	4	9	41	1.59
203801857--203801896	13	3.2	13	86	10	57	77	5	0	17	0.94
203801857--203801895	11	3.2	12	89	7	53	76	5	0	17	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203804983--203805109	45	2.9	45	83	8	138	23	27	23	25	2.00
203805439--203805636	43	4.6	43	94	0	342	30	34	24	11	1.90
203805629--203805712	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
203810591--203810684	43	2.2	42	94	1	161	29	34	24	11	1.91
203813195--203813387	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
203813225--203813387	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
203821169--203821361	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
203821199--203821361	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
203823895--203824066	40	4.3	40	89	0	256	22	20	30	26	1.98
203828179--203828420	24	10.1	24	94	0	396	20	18	25	35	1.95
203831650--203831816	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
203831666--203831816	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
203832641--203832686	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
203839383--203839623	71	3.4	72	95	1	423	20	18	24	36	1.95
203839383--203839617	95	2.5	95	94	2	418	20	18	25	35	1.95
203839383--203839623	24	10.1	24	95	1	405	20	18	24	36	1.95
203846064--203846210	78	1.9	80	84	5	201	24	24	27	23	2.00
203846065--203846245	40	4.6	40	75	10	142	24	25	27	23	2.00
203846064--203846242	78	2.3	80	80	6	195	24	25	27	22	2.00
203849058--203849104	17	2.8	16	84	9	58	17	6	2	74	1.12
203852020--203852044	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
203864783--203864813	7	4.4	7	91	0	53	35	25	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203864849--203864890	21	2.0	21	85	4	57	38	21	11	28	1.89
203869549--203869634	30	3.0	29	82	5	102	22	19	20	37	1.95
203869554--203869666	58	2.0	57	85	5	156	20	19	22	38	1.94
203869554--203869632	28	2.7	29	84	3	97	20	21	21	36	1.95
203870212--203870251	19	2.1	20	86	9	57	57	2	35	5	1.34
203872080--203872200	38	3.2	38	82	6	147	33	26	19	20	1.97
203872129--203872209	22	4.0	22	65	23	68	34	25	19	19	1.96
203874079--203874103	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
203875483--203875591	43	2.5	43	86	5	175	32	26	17	23	1.97
203876196--203876229	5	6.6	5	96	3	59	79	0	2	17	0.86
203880594--203880620	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
203882093--203882180	30	2.9	30	75	10	81	39	5	4	50	1.47
203887930--203888093	42	3.9	42	79	1	157	29	21	15	32	1.95
203890162--203890259	51	1.9	51	97	0	187	38	22	6	32	1.79
203890353--203890642	146	2.0	145	95	0	526	33	23	10	32	1.88
203895553--203895584	13	2.3	15	89	10	50	56	18	0	25	1.42
203906969--203907135	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
203914922--203915088	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
203921640--203921851	46	4.6	46	76	8	216	23	19	27	30	1.98
203921676--203921846	93	1.8	93	87	2	254	23	19	27	29	1.98
203924993--203925022	10	3.0	10	95	0	51	26	0	10	63	1.26
203929334--203929457	46	2.7	45	86	9	162	29	16	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203932980--203933019	2	20.0	2	86	0	53	45	5	2	47	1.38
203940436--203940612	47	3.8	46	80	13	218	20	20	29	29	1.98
203943050--203943216	46	3.6	45	83	6	185	25	19	32	22	1.98
203943099--203943259	46	3.6	44	85	8	184	23	20	31	24	1.98
203946581--203946757	47	3.8	46	80	13	218	20	20	29	29	1.98
203948908--203949075	40	4.2	40	81	6	171	25	22	26	25	2.00
203955654--203955705	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
203956303--203956356	27	2.0	27	89	3	83	37	20	20	22	1.95
203956375--203956556	81	2.2	81	88	1	276	25	20	17	36	1.94
203956359--203956556	27	7.3	27	85	2	245	26	21	16	35	1.94
203963202--203963252	26	2.0	26	84	7	68	35	21	25	17	1.95
203963292--203963323	16	2.0	16	100	0	64	25	43	12	18	1.85
203963857--203963910	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
203963926--203964099	53	3.4	50	82	8	185	27	20	16	36	1.94
203963927--203964099	26	6.7	27	79	10	175	26	20	16	36	1.94
203966227--203966334	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
203969383--203969590	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
203969383--203969589	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
203977358--203977565	40	5.2	39	80	3	184	25	25	23	25	2.00
203982788--203982812	8	3.1	8	100	0	50	36	0	28	36	1.58
203985757--203985809	26	2.0	26	100	0	106	33	30	15	20	1.93
203992151--203992197	19	2.5	18	83	10	58	76	2	2	19	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203994747--203994855	58	1.9	58	86	1	157	26	30	16	26	1.97
203994750--203994870	29	4.2	29	81	6	122	27	28	15	28	1.96
203996858--203996996	56	2.5	56	80	4	149	19	25	28	25	1.99
203998568--203998726	28	5.5	30	86	8	204	33	13	25	27	1.94
203998568--203998726	87	1.8	87	86	2	230	33	13	25	27	1.94
204001057--204001104	21	2.3	21	92	0	78	2	52	20	25	1.58
204001514--204001542	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
204001709--204001747	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
204006745--204006934	9	20.6	9	71	11	98	37	2	13	46	1.55
204006745--204006907	71	2.3	69	83	4	193	38	1	13	47	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770