genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.763.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  763  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242255745--242256429	42	16.5	42	82	9	705	18	34	32	14	1.91
242255771--242256447	168	4.1	168	84	9	795	18	33	33	14	1.91
242256614--242256680	24	2.8	24	95	0	116	14	34	41	8	1.78
242259141--242259343	79	2.6	79	82	7	216	25	25	24	25	2.00
242259141--242259343	39	5.1	38	78	7	174	25	25	24	25	2.00
242261858--242261948	45	2.0	45	97	0	173	31	28	17	21	1.96
242267109--242267234	40	3.2	40	88	0	180	26	26	23	23	2.00
242267125--242267314	40	4.8	40	77	8	147	24	25	23	26	2.00
242267109--242267315	80	2.6	80	78	6	197	26	25	22	25	2.00
242271339--242271505	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
242279264--242279374	39	2.8	39	83	6	125	24	27	23	24	2.00
242279248--242279377	39	3.3	38	79	9	120	26	26	22	24	2.00
242283951--242284113	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
242283951--242284143	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
242287681--242287755	37	2.0	37	100	0	150	37	21	20	21	1.95
242291917--242292061	79	1.8	79	85	4	204	22	22	31	24	1.98
242291920--242292061	39	3.6	39	88	1	187	22	22	31	23	1.98
242298965--242299108	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
242298966--242299146	78	2.3	79	89	1	265	24	22	29	23	1.99
242303840--242303895	26	2.2	26	100	0	112	26	21	12	39	1.89
242308475--242308660	40	4.7	40	80	5	171	29	23	25	22	1.99
242308475--242308627	80	1.9	79	85	1	207	28	22	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242308479--242308660	80	2.3	80	80	0	204	28	24	25	21	1.99
242316505--242316691	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
242316505--242316658	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
242316509--242316691	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
242316509--242316726	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
242320691--242320758	29	2.3	29	97	0	127	23	32	17	26	1.97
242333183--242333397	40	5.5	40	93	2	339	22	23	27	26	2.00
242341334--242341548	39	5.5	40	91	3	330	23	23	27	25	2.00
242341330--242341548	79	2.8	79	89	4	336	24	23	26	25	2.00
242349342--242349415	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
242349283--242349415	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
242359470--242359688	40	5.5	40	93	2	372	22	22	27	26	1.99
242359470--242359688	79	2.8	80	92	3	372	22	22	27	26	1.99
242369656--242369756	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
242369656--242369806	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
242369652--242369823	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
242377577--242377676	40	2.7	38	83	9	116	29	24	27	20	1.99
242381831--242382015	79	2.3	82	85	7	256	24	21	27	26	1.99
242381831--242382015	40	4.7	40	89	5	252	24	21	27	26	1.99
242381831--242382048	79	2.7	79	79	14	252	26	21	26	25	2.00
242381831--242382048	119	1.8	119	81	7	273	26	21	26	25	2.00
242384664--242384703	19	2.0	20	95	4	73	22	35	27	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242389955--242390137	78	2.3	81	85	9	252	24	21	27	26	2.00
242389954--242390137	40	4.7	40	87	6	252	24	21	27	26	1.99
242393806--242393972	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
242393822--242393972	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
242394791--242394836	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
242401796--242401961	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
242402784--242402829	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
242405971--242406137	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
242405987--242406137	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
242413975--242414141	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
242413975--242414141	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
242414962--242415007	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
242418177--242418306	40	3.2	40	84	4	174	24	29	23	22	1.99
242426286--242426348	32	2.0	32	87	0	90	31	19	23	25	1.98
242426334--242426435	27	3.8	27	74	5	82	42	18	19	19	1.90
242426850--242427037	27	7.0	26	80	7	171	31	10	19	38	1.85
242426855--242427037	81	2.3	80	83	7	228	31	9	18	39	1.83
242430630--242430732	29	3.6	29	76	7	102	20	16	33	29	1.94
242438626--242438728	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
242442525--242442690	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
242442541--242442652	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
242442541--242442690	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242443515--242443560	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
242450512--242450678	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
242450512--242450678	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
242451502--242451547	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
242455009--242455159	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
242455046--242455175	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
242462971--242463121	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
242467864--242467920	30	1.9	30	88	0	87	21	28	28	22	1.99
242470712--242470918	40	5.2	40	82	3	220	24	26	23	26	2.00
242478956--242479123	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
242478972--242479121	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
242486940--242487068	40	3.3	39	80	4	161	24	27	23	24	2.00
242486956--242487064	38	2.8	37	84	10	130	22	29	24	23	1.99
242486940--242487105	40	4.2	40	77	7	160	23	26	22	27	2.00
242491427--242491527	39	2.5	39	79	6	105	30	21	24	22	1.99
242491425--242491594	40	4.3	39	76	11	150	28	21	26	24	1.99
242503237--242503403	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
242511224--242511390	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
242515732--242515873	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
242515771--242515899	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
242523725--242523890	40	4.2	40	81	5	176	26	22	26	24	2.00
242528549--242528697	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242528590--242528697	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
242535390--242535538	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
242535431--242535538	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
242540227--242540366	40	3.5	40	90	2	210	25	21	27	26	1.99
242540216--242540407	40	4.8	40	84	3	208	23	22	27	26	2.00
242548256--242548394	40	3.5	40	88	4	201	25	21	26	26	1.99
242551751--242551914	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
242554104--242554309	97	2.2	92	86	8	290	14	17	17	50	1.77
242554258--242554324	15	4.6	15	75	7	66	10	17	13	58	1.63
242554257--242554334	15	5.5	14	71	18	63	8	17	15	57	1.63
242559536--242559715	40	4.5	40	82	6	204	26	23	26	24	2.00
242559538--242559715	80	2.2	80	84	4	234	25	23	26	24	2.00
242559658--242559741	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
242563717--242563883	40	4.2	40	78	6	160	23	26	23	25	2.00
242563732--242563881	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
242571638--242571804	40	4.2	39	82	3	158	23	26	23	25	2.00
242571653--242571804	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
242577345--242577383	21	1.9	21	89	5	62	7	15	0	76	0.99
242583951--242584023	29	2.5	29	88	4	94	24	30	16	28	1.96
242585143--242585194	17	3.1	16	77	17	61	5	13	1	78	1.01
242587882--242587950	29	2.5	27	75	15	70	30	26	13	30	1.93
242588016--242588074	21	2.7	23	84	10	86	25	27	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242595907--242596008	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
242600138--242600322	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
242600137--242600343	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
242600136--242600343	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
242608112--242608296	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
242608111--242608317	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
242608110--242608317	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
242608500--242608535	16	2.2	16	100	0	72	50	5	19	25	1.69
242612244--242612500	40	6.5	40	87	4	335	26	28	23	22	1.99
242620466--242620679	39	5.5	39	86	4	258	26	27	23	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770