genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  290  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88379642--88379716	13	6.3	13	78	18	92	46	14	6	32	1.71
88380721--88380842	42	2.9	43	80	9	151	30	28	16	24	1.96
88381507--88381533	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
88387441--88387595	43	3.6	43	95	0	274	30	32	25	11	1.91
88387588--88387672	38	2.2	38	85	0	107	31	25	20	22	1.98
88387618--88387690	38	1.9	38	82	0	92	31	23	19	26	1.98
88392278--88392436	43	3.7	43	77	4	124	32	26	15	25	1.96
88395586--88395629	21	2.1	21	100	0	88	27	4	34	34	1.77
88397673--88397835	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
88413083--88413292	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
88420395--88420580	47	4.0	47	90	0	273	32	10	29	26	1.90
88420424--88420495	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
88420469--88420544	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
88420558--88420740	47	3.8	48	87	7	282	35	6	26	31	1.82
88420885--88420993	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
88422217--88422658	27	16.3	27	78	6	207	37	20	8	32	1.84
88422369--88422576	80	2.6	81	86	3	269	40	21	9	28	1.83
88422355--88422687	27	12.3	27	79	5	235	39	20	9	30	1.84
88422718--88422809	27	3.4	27	84	3	114	34	21	23	19	1.96
88423617--88423710	25	3.8	25	95	1	163	25	26	23	24	2.00
88425418--88425600	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
88429512--88429651	31	4.5	31	93	1	228	26	16	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88430825--88430878	25	2.2	25	83	6	65	24	22	22	31	1.98
88434995--88435116	61	2.0	61	95	0	217	27	13	13	45	1.81
88443014--88443186	46	3.7	46	79	10	199	19	20	31	28	1.97
88443007--88443179	93	1.9	93	92	0	292	19	20	31	28	1.97
88444557--88444734	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
88449409--88449501	15	6.4	15	79	10	104	11	17	11	59	1.61
88449407--88449497	28	3.2	28	83	9	112	12	16	14	57	1.66
88453301--88453476	43	4.1	43	93	0	298	12	25	32	30	1.92
88453806--88453913	45	2.5	42	85	8	128	23	21	26	28	1.99
88460729--88460802	29	2.6	29	89	4	105	27	31	14	27	1.95
88465844--88466035	40	4.8	39	78	11	167	23	28	22	25	1.99
88465818--88466036	80	2.8	80	80	10	245	24	27	22	25	2.00
88471781--88471859	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
88479794--88479839	19	2.4	19	96	0	83	36	13	10	39	1.79
88487473--88487644	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
88487466--88487641	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
88495027--88495198	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
88495020--88495195	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
88497276--88497302	14	1.9	14	100	0	54	33	0	14	51	1.43
88506973--88507059	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
88507128--88507574	49	9.1	49	94	2	792	28	28	9	33	1.89
88509248--88509455	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88509250--88509455	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
88517260--88517467	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
88517262--88517467	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
88526671--88526744	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
88526612--88526744	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
88533397--88533523	29	4.4	29	96	3	229	24	23	14	37	1.92
88536620--88536901	94	3.0	94	97	0	528	30	10	19	39	1.86
88536930--88536990	24	2.5	24	86	5	79	19	14	31	34	1.92
88538395--88538433	20	2.0	20	100	0	78	15	25	30	28	1.96
88539738--88539875	42	3.1	42	62	22	102	33	24	12	29	1.92
88539701--88539882	90	2.0	90	100	0	364	30	24	14	30	1.94
88541844--88541882	20	2.0	20	84	0	51	33	15	17	33	1.92
88541867--88541937	20	3.6	20	80	3	81	38	18	9	33	1.84
88548952--88549029	39	2.0	39	97	0	147	46	19	12	21	1.83
88566650--88566772	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
88575515--88575738	79	2.8	78	83	8	265	25	27	21	25	2.00
88575496--88575738	40	6.1	40	83	6	275	25	27	21	25	2.00
88583654--88583895	39	6.1	40	84	7	284	25	27	21	24	1.99
88586482--88586584	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
88595627--88595850	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
88595627--88595850	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
88603838--88604060	40	5.6	40	86	7	310	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88603838--88604060	82	2.8	80	88	6	310	25	26	23	24	2.00
88603838--88604060	122	1.8	119	89	4	349	25	26	23	24	2.00
88609104--88609167	21	3.2	21	76	13	80	12	26	18	42	1.86
88609085--88609224	39	3.6	39	84	7	169	15	25	22	37	1.93
88612861--88613058	71	2.8	70	91	3	285	34	17	27	20	1.95
88612895--88613058	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
88614859--88614963	27	3.9	27	80	12	108	18	23	20	37	1.94
88623970--88624277	40	7.6	40	87	8	435	23	23	28	25	1.99
88623970--88624277	83	3.8	80	89	5	435	23	23	28	25	1.99
88623970--88624277	123	2.5	123	94	1	548	23	23	28	25	1.99
88626125--88626236	27	4.2	26	81	10	118	16	23	23	36	1.94
88630808--88630834	13	2.1	13	100	0	54	14	33	29	22	1.94
88632854--88633020	40	4.2	40	79	3	158	23	27	23	25	2.00
88638153--88638190	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
88647760--88647808	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
88648629--88648779	40	3.8	40	82	6	173	26	21	27	24	2.00
88648665--88648795	40	3.3	40	83	4	167	24	21	26	27	1.99
88655321--88655351	7	4.6	7	92	8	55	16	0	29	54	1.42
88655321--88655351	13	2.3	14	94	5	55	16	0	29	54	1.42
88657374--88657500	42	3.0	42	81	6	152	28	25	14	30	1.95
88657459--88657585	47	2.7	46	83	1	155	30	25	15	27	1.96
88657600--88657779	31	5.8	31	82	5	220	27	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88657600--88657779	62	2.9	62	87	1	263	27	27	18	26	1.98
88657755--88657883	50	2.5	51	88	2	197	25	21	15	37	1.93
88664839--88665148	49	6.3	49	95	0	550	26	10	34	29	1.89
88664839--88665148	146	2.1	147	96	0	568	26	10	34	29	1.89
88664839--88665198	146	2.5	145	88	2	418	28	10	32	28	1.90
88665259--88665336	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
88666943--88667015	28	2.6	28	86	4	103	32	21	13	31	1.93
88674634--88674732	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
88678209--88678319	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
88678323--88678504	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
88681206--88681310	40	2.6	40	80	8	115	24	24	23	26	2.00
88681970--88682311	40	8.6	40	96	0	580	25	28	21	25	1.99
88684063--88684126	32	2.0	32	100	0	128	37	9	15	37	1.80
88684903--88685012	47	2.4	46	87	4	150	27	28	8	36	1.85
88685016--88685197	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
88692370--88692403	17	1.9	18	94	5	61	73	0	2	23	0.97
88700690--88701010	46	6.8	46	77	13	239	24	30	18	26	1.98
88700786--88701011	94	2.4	96	80	10	261	23	32	17	26	1.97
88702945--88703210	85	3.1	85	85	3	304	27	17	24	29	1.97
88702970--88703202	43	5.5	42	74	10	170	27	17	25	29	1.98
88704663--88704782	58	2.1	56	82	10	145	40	16	16	25	1.89
88705973--88706139	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88712679--88712788	57	1.9	57	83	7	143	37	18	16	28	1.92
88713980--88714146	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
88719323--88719440	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
88719291--88719454	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
88724205--88724263	30	2.0	30	96	0	109	55	11	3	28	1.52
88728376--88728567	42	4.5	42	78	7	192	31	14	23	31	1.94
88728368--88728578	84	2.5	85	82	3	230	30	13	23	31	1.93
88730410--88730566	43	3.7	42	79	5	145	28	14	24	32	1.95
88731333--88731376	23	1.9	23	81	9	54	18	4	29	47	1.68
88731543--88731571	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770