genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.737.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  737  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233223834--233224131	117	2.5	120	89	4	453	22	21	29	25	1.99
233224980--233225047	31	2.1	32	94	5	120	39	11	16	32	1.84
233227205--233227303	30	3.3	30	71	12	87	27	30	16	26	1.96
233229817--233229877	5	12.0	5	77	16	63	78	1	16	3	0.96
233229821--233229877	16	3.7	15	82	13	71	78	1	15	3	0.96
233229821--233229877	30	1.9	30	89	7	89	78	1	15	3	0.96
233229945--233230015	30	2.4	31	81	11	85	61	1	22	14	1.40
233232126--233232222	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
233234737--233234796	6	11.0	5	81	16	59	75	3	18	3	1.09
233234865--233234935	30	2.4	31	81	11	85	61	1	22	14	1.40
233237048--233237144	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
233237259--233237307	24	2.0	24	100	0	98	36	14	12	36	1.83
233241600--233241656	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
233242969--233243024	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
233248029--233248155	29	4.4	29	78	8	118	32	29	16	21	1.95
233248029--233248187	57	2.8	57	86	5	214	32	29	16	21	1.96
233248029--233248126	28	3.5	27	82	8	124	33	29	16	20	1.94
233248029--233248183	28	5.5	27	72	13	107	32	29	17	21	1.96
233248215--233248500	40	7.2	40	93	0	414	28	28	19	23	1.98
233248313--233248385	23	3.4	23	62	21	59	27	28	20	23	1.99
233249782--233249884	37	2.8	37	95	0	179	25	31	20	23	1.98
233250025--233250493	95	4.9	96	94	2	806	30	27	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233250025--233250493	48	9.9	48	94	2	822	30	27	6	35	1.82
233250067--233250493	143	3.0	142	95	2	743	30	27	6	35	1.82
233251595--233251620	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
233255882--233256347	131	3.5	130	78	4	400	34	17	19	28	1.94
233255882--233256384	262	1.9	262	79	6	552	34	17	19	29	1.94
233259695--233259862	40	4.2	40	80	4	169	25	22	27	24	2.00
233266513--233266662	40	3.8	40	80	5	153	26	23	26	24	2.00
233268260--233268339	40	2.0	40	100	0	160	40	5	27	27	1.77
233271200--233271346	39	3.7	39	94	0	249	23	19	31	25	1.98
233279061--233279209	39	3.8	39	96	1	264	22	20	32	24	1.98
233279065--233279228	79	2.1	77	88	2	238	21	22	32	22	1.98
233285716--233285866	40	3.8	40	79	7	139	23	23	28	24	2.00
233288494--233288626	26	5.2	26	91	5	227	33	3	24	39	1.70
233288494--233288627	49	2.6	51	92	5	236	32	2	24	39	1.71
233291815--233291845	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
233296665--233296800	26	5.2	26	91	0	227	33	2	23	40	1.70
233299997--233300027	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
233304841--233304976	26	5.2	26	91	0	227	33	2	23	40	1.70
233306017--233306088	30	2.5	30	93	4	121	31	4	20	43	1.71
233310682--233310753	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
233310681--233310782	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
233318420--233318491	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233318419--233318520	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
233326161--233326232	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
233326160--233326261	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
233327549--233327597	26	2.0	24	84	8	62	8	16	0	75	1.03
233339100--233339217	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
233339068--233339231	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
233346672--233346789	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
233346640--233346803	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
233351280--233351409	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
233359391--233359520	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
233367448--233367577	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
233372997--233373071	1	75.0	1	86	0	105	0	4	2	93	0.42
233381609--233381894	136	2.1	137	96	0	520	32	25	18	24	1.97
233383648--233383757	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
233388622--233388676	12	4.6	12	100	0	110	14	50	25	9	1.72
233392701--233392851	39	3.8	39	82	7	162	23	22	27	25	2.00
233399982--233401076	548	2.0	548	99	0	2145	31	13	21	33	1.92
233401299--233401408	40	2.8	40	90	1	159	22	22	28	26	1.99
233409181--233409327	37	3.9	38	76	13	142	22	21	28	27	1.99
233412605--233412809	79	2.6	79	79	7	211	25	26	22	25	2.00
233412605--233412810	40	5.2	40	79	6	188	25	26	22	25	2.00
233420623--233420830	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233420623--233420829	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
233430165--233430348	78	2.4	77	84	11	250	25	26	22	26	2.00
233430165--233430348	38	4.7	39	84	7	243	25	26	22	26	2.00
233434111--233434213	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
233442189--233442291	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
233450249--233450351	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
233454172--233454257	24	3.6	24	90	3	147	23	17	23	36	1.95
233454172--233454279	47	2.3	48	90	4	166	25	17	22	34	1.96
233455684--233455784	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
233463630--233463730	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
233470685--233470852	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
233470701--233470850	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
233474560--233474708	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
233474601--233474708	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
233482685--233482822	40	3.5	37	78	7	123	22	29	23	23	1.99
233490743--233490891	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
233490784--233490891	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
233495406--233495535	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
233504379--233504447	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
233504370--233504457	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
233511656--233511765	40	2.8	39	85	10	143	23	25	29	21	1.99
233515367--233515615	40	6.2	40	90	2	376	22	28	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233515367--233515615	119	2.1	120	89	2	376	22	28	23	25	1.99
233523459--233523708	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
233531557--233531806	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
233535841--233535967	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
233543813--233543942	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
233543829--233543980	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
233543829--233543978	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
233546054--233546236	40	4.6	40	81	12	225	24	27	22	25	2.00
233546054--233546235	79	2.3	81	86	7	257	24	27	23	24	2.00
233552175--233552355	77	2.3	80	87	5	262	24	27	22	24	2.00
233552173--233552355	40	4.7	40	86	9	252	25	27	22	24	2.00
233553594--233553626	15	2.1	16	88	5	50	3	21	0	75	0.93
233555108--233555238	40	3.3	39	81	6	165	23	21	28	26	1.99
233561646--233561811	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
233570844--233570959	44	2.7	44	88	9	159	25	27	24	22	2.00
233577203--233577303	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
233585190--233585290	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
233593205--233593259	27	2.0	27	85	0	74	32	14	25	27	1.95
233602647--233602688	19	2.2	19	86	4	57	26	19	7	47	1.74
233610615--233610780	66	2.5	66	85	1	228	31	19	10	37	1.87
233611096--233611247	44	3.5	44	71	10	132	33	23	23	19	1.97
233612046--233612093	19	2.6	19	80	6	55	70	18	10	0	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233614910--233614943	17	2.1	16	94	5	59	50	11	5	32	1.63
233617556--233617718	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
233625477--233625639	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
233633600--233633759	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
233640312--233640441	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
233648379--233648508	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
233658514--233658895	24	16.1	24	95	2	666	36	25	17	20	1.95
233666658--233666924	24	11.1	24	97	0	462	35	25	18	20	1.95
233674234--233674308	25	3.1	25	71	17	68	29	20	18	32	1.96
233674291--233674369	25	3.2	25	78	10	90	31	16	25	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770