genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.327.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  327  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100252465--100252526	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
100260703--100260781	5	14.2	6	77	19	66	48	16	2	32	1.60
100260699--100260744	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
100260699--100260745	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
100260778--100260805	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
100273370--100273500	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
100273369--100273500	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
100277666--100277863	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
100277732--100277849	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
100277700--100277863	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
100280244--100280355	22	5.1	21	85	8	125	69	0	0	29	0.94
100280220--100280352	7	18.3	7	82	13	153	69	1	0	29	0.98
100280217--100280355	15	9.5	15	83	11	173	69	1	0	29	0.98
100285840--100286333	27	18.2	27	78	7	171	36	20	9	32	1.86
100285850--100285960	56	2.0	57	89	1	170	37	20	11	29	1.88
100285965--100286146	54	3.4	54	85	0	247	30	22	8	38	1.83
100285965--100286147	81	2.3	81	86	0	249	30	22	8	38	1.84
100285991--100286175	81	2.3	81	81	0	217	32	23	7	36	1.83
100285965--100286175	54	3.9	54	80	4	228	31	22	8	37	1.83
100286126--100286344	54	4.1	54	78	5	194	40	21	9	29	1.84
100286140--100286308	81	2.1	81	87	2	241	40	20	10	28	1.84
100286140--100286344	81	2.5	79	83	6	234	41	20	9	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100286338--100286604	27	9.9	27	89	0	365	35	18	20	24	1.95
100286304--100286570	80	3.3	78	81	11	290	37	17	19	25	1.93
100286810--100286903	25	3.8	25	84	6	129	25	25	22	26	2.00
100286885--100286930	25	1.9	24	82	8	58	26	21	26	26	2.00
100289149--100289293	27	5.3	27	78	8	141	39	18	11	31	1.86
100289159--100289284	56	2.3	57	79	6	152	37	20	11	30	1.89
100289273--100289456	27	6.8	27	88	0	242	31	21	7	39	1.82
100289435--100289546	27	4.2	26	82	6	64	41	20	7	30	1.79
100289300--100289485	81	2.3	80	79	4	203	34	21	6	37	1.79
100289449--100289629	27	6.8	27	82	4	179	40	19	8	30	1.82
100289449--100289654	27	7.7	27	80	6	170	41	19	9	29	1.84
100289449--100289654	80	2.6	80	81	6	204	41	19	9	29	1.84
100289617--100289833	27	8.1	27	84	1	256	36	20	20	22	1.95
100290038--100290156	25	4.8	25	86	2	159	26	22	21	29	1.99
100292396--100292551	27	5.9	27	76	7	158	37	17	11	33	1.86
100292396--100292534	53	2.6	54	82	7	194	38	17	11	33	1.85
100292540--100292777	27	8.8	27	92	0	341	28	22	8	39	1.84
100292540--100292777	81	2.9	81	90	0	377	28	22	8	39	1.84
100292702--100292922	27	8.2	27	81	5	137	38	22	7	31	1.81
100292527--100292797	81	3.3	81	85	0	335	30	22	8	38	1.84
100292567--100292895	81	4.1	81	81	5	227	34	22	7	35	1.83
100292770--100292925	54	2.9	55	86	2	208	43	21	7	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100292765--100292947	27	6.8	27	83	2	188	43	19	7	30	1.78
100292764--100292938	81	2.2	82	86	2	246	43	19	6	30	1.77
100292764--100292978	54	4.0	54	78	8	172	42	20	6	29	1.78
100292764--100292978	81	2.7	82	82	5	224	42	20	6	29	1.78
100292968--100293235	27	10.0	27	85	0	349	35	19	20	24	1.95
100292968--100293235	54	5.0	54	89	0	403	35	19	20	24	1.95
100293440--100293534	25	3.8	25	94	0	163	25	24	24	26	2.00
100293440--100293570	25	5.2	24	81	10	138	29	21	23	25	1.99
100295791--100295951	27	6.0	27	79	5	166	37	18	11	31	1.87
100295791--100295945	80	1.9	81	88	3	233	38	19	11	30	1.87
100295940--100296122	27	6.8	27	89	0	249	28	20	8	41	1.82
100295940--100296123	81	2.3	81	90	0	287	28	21	8	41	1.82
100296102--100296241	27	5.2	27	82	6	97	39	23	8	28	1.84
100295983--100296149	81	2.1	81	83	2	210	32	20	7	38	1.82
100296102--100296215	54	2.1	55	79	8	126	39	23	7	28	1.83
100296104--100296257	81	1.9	81	79	4	175	38	22	9	29	1.85
100296116--100296351	54	4.4	53	76	9	203	38	20	11	28	1.88
100296141--100296321	27	6.7	27	80	5	188	38	20	11	29	1.88
100296287--100296582	27	11.0	27	87	1	398	35	19	20	23	1.95
100296786--100296871	25	3.4	25	86	0	109	26	23	23	26	2.00
100298584--100298737	80	1.9	82	85	2	213	40	19	8	31	1.81
100298589--100299145	27	20.7	27	80	4	159	37	21	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100298739--100298918	54	3.3	54	86	0	261	31	22	6	40	1.80
100298739--100298948	81	2.6	81	84	0	276	32	22	6	38	1.80
100298739--100298947	54	3.9	54	83	2	258	32	22	6	38	1.80
100298912--100299118	54	3.9	54	83	3	231	41	21	7	29	1.81
100298912--100299118	81	2.6	81	83	6	242	41	21	7	29	1.81
100299110--100299324	27	8.0	27	84	4	281	35	19	21	23	1.96
100299466--100299496	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
100299529--100299605	25	3.1	25	86	1	102	32	22	18	27	1.97
100299529--100299623	50	1.9	50	80	8	113	29	23	21	26	1.99
100301171--100301543	194	1.9	194	90	1	590	36	11	16	35	1.85
100301439--100301624	43	4.3	43	84	4	214	24	19	27	27	1.99
100303023--100303086	21	3.0	21	100	0	128	20	23	23	32	1.98
100305094--100305126	15	2.2	16	89	10	52	54	12	3	30	1.52
100309233--100309340	54	2.0	54	96	0	198	32	22	7	37	1.82
100318780--100318809	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
100320511--100320639	43	3.0	43	86	1	152	27	18	30	24	1.98
100323566--100323652	44	2.0	44	100	0	174	32	10	22	34	1.88
100324917--100325087	38	4.4	37	82	10	191	22	22	25	30	1.99
100324901--100325089	76	2.4	77	81	8	240	23	21	24	29	1.99
100331079--100331105	10	2.7	10	100	0	54	7	29	11	51	1.64
100336518--100336607	44	2.0	44	100	0	180	32	8	22	36	1.85
100337874--100338044	38	4.4	37	84	8	200	22	23	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100337865--100338046	76	2.4	77	84	6	244	23	22	25	28	1.99
100341513--100341542	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
100343127--100343291	43	3.9	43	84	5	185	24	21	30	24	1.99
100343181--100343318	43	3.3	43	82	8	115	26	20	29	23	1.99
100343224--100343371	40	3.6	41	76	5	147	27	19	29	23	1.98
100351595--100351761	40	4.2	40	80	4	185	25	26	23	24	2.00
100352469--100352500	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
100362914--100363014	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
100362943--100363018	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
100369715--100369742	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
100369739--100369817	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
100369740--100369821	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
100369776--100369821	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
100377995--100378056	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
100382174--100382217	22	2.0	22	100	0	88	54	4	22	18	1.61
100384450--100384493	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
100394398--100394425	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
100401719--100401780	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
100409953--100410031	5	14.2	6	77	19	66	48	16	2	32	1.60
100409949--100409994	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
100409949--100409995	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
100410028--100410054	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100418301--100418394	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
100418301--100418381	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
100420760--100420848	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
100420760--100420828	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
100424995--100425023	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
100430709--100430741	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
100431205--100431238	15	2.3	15	89	0	50	35	2	23	38	1.70
100432239--100432278	19	2.1	19	90	0	62	30	15	2	52	1.55
100433965--100433993	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
100434118--100434157	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770