genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  188  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56251284--56251338	27	2.1	26	93	3	92	38	23	23	14	1.92
56252735--56252765	15	2.1	15	100	0	62	41	25	6	25	1.79
56252949--56253056	26	4.2	26	93	0	189	37	25	6	30	1.81
56255314--56255367	26	2.1	26	96	0	99	33	7	5	53	1.52
56258612--56258787	46	3.8	45	81	8	212	21	21	28	28	1.98
56258609--56258779	93	1.8	93	93	2	299	21	21	29	28	1.98
56263350--56264560	23	53.2	23	75	8	863	37	23	5	33	1.77
56263362--56264560	46	26.3	46	78	7	965	37	23	5	33	1.77
56263350--56264561	206	5.9	205	82	9	1188	37	23	5	33	1.77
56268533--56268652	41	2.9	41	79	4	125	29	15	12	42	1.84
56268745--56268799	15	3.8	15	76	4	51	45	0	1	52	1.11
56268745--56268809	7	9.0	7	80	12	60	41	1	1	55	1.18
56269655--56269696	21	2.0	21	85	0	57	52	33	0	14	1.42
56269867--56269904	15	2.6	15	87	4	60	44	36	0	18	1.50
56269861--56269909	22	2.3	21	82	3	62	46	30	0	22	1.52
56270138--56270382	116	2.1	113	80	10	264	33	20	18	28	1.96
56283058--56283090	17	2.0	17	88	5	50	15	6	27	51	1.66
56292337--56292362	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
56304443--56304533	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
56304573--56304724	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
56304716--56305660	49	18.9	49	87	8	1293	28	26	9	34	1.88
56304711--56305660	147	6.3	148	91	5	1427	29	26	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56305360--56305391	9	3.8	9	84	16	50	31	31	0	37	1.58
56305309--56305440	65	2.0	65	98	0	255	29	27	6	36	1.83
56305358--56305391	16	2.1	16	100	0	68	29	29	0	41	1.57
56305374--56305662	145	2.0	144	94	2	508	29	26	9	34	1.88
56305374--56305662	96	3.0	96	95	2	524	29	26	9	34	1.88
56309231--56309448	40	5.5	40	93	1	339	26	26	20	26	1.99
56309229--56309490	119	2.2	120	82	7	336	27	26	19	25	1.99
56309452--56309574	40	3.1	40	80	4	131	27	26	20	25	1.99
56311469--56311559	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
56311599--56311750	48	3.2	48	96	0	268	32	26	5	34	1.81
56311742--56312222	49	9.9	49	93	1	790	28	27	9	34	1.88
56311742--56312222	194	2.5	194	94	1	856	28	27	9	34	1.88
56311742--56312224	145	3.3	145	92	2	808	28	27	9	33	1.88
56316379--56316403	12	2.1	12	100	0	50	52	0	32	16	1.44
56316330--56316450	63	1.9	62	86	8	174	41	5	24	28	1.78
56321701--56321785	23	3.7	23	77	14	95	25	23	17	32	1.97
56321677--56321786	45	2.4	45	83	6	123	24	21	17	36	1.94
56323010--56323089	26	3.1	26	100	0	160	22	15	26	36	1.93
56325140--56325204	32	2.0	32	96	0	121	18	12	16	52	1.74
56343437--56343560	55	2.3	55	84	5	153	17	28	25	29	1.98
56348076--56348163	23	3.9	23	75	11	83	19	23	20	36	1.95
56352698--56352773	30	2.5	31	80	2	91	50	3	5	40	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56353929--56354002	17	4.4	17	75	0	76	44	12	9	33	1.74
56353937--56354003	34	2.0	34	84	0	89	44	10	8	35	1.70
56362907--56362954	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
56369509--56369610	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
56371616--56371679	26	2.5	26	97	0	119	20	32	25	21	1.97
56377364--56377530	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
56377380--56377530	80	1.9	79	85	6	207	22	27	23	27	1.99
56386095--56386157	26	2.4	27	92	5	103	20	9	23	46	1.80
56394020--56394088	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
56395715--56395752	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
56396004--56396105	41	2.5	41	79	10	118	34	29	21	14	1.93
56397399--56397427	15	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
56397393--56397439	23	2.0	24	83	4	60	63	2	2	31	1.18
56401714--56401887	31	5.6	31	90	0	276	27	18	27	26	1.98
56408350--56408447	41	2.4	42	87	3	137	31	29	22	16	1.96
56411210--56411261	25	2.0	25	81	3	59	26	13	21	38	1.90
56412738--56412821	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
56418831--56418909	20	4.2	19	81	15	85	35	10	20	34	1.86
56418955--56419051	25	3.8	26	90	1	135	27	23	20	27	1.99
56418955--56419051	51	1.9	51	87	4	142	27	23	20	27	1.99
56423366--56423414	22	2.3	21	78	3	53	51	18	0	30	1.47
56425105--56425129	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56431517--56431626	26	4.2	26	95	0	175	33	4	24	37	1.76
56433405--56433691	137	2.1	137	95	0	520	24	18	25	32	1.97
56435035--56435168	41	3.3	41	82	2	171	32	28	21	17	1.96
56435556--56435820	30	8.8	30	89	0	372	26	47	3	23	1.68
56435583--56435635	18	3.3	18	65	29	55	24	49	3	22	1.66
56436324--56436445	25	5.0	25	70	10	74	36	4	3	56	1.35
56436412--56436479	36	1.9	35	84	3	91	35	4	2	57	1.34
56436468--56436526	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
56436484--56436532	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
56436704--56436744	16	2.6	16	88	7	57	34	0	2	63	1.08
56436685--56436748	24	2.7	25	77	18	73	31	1	3	64	1.19
56439550--56439715	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
56439550--56439720	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
56447047--56447212	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
56447047--56447217	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
56448451--56448486	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
56456769--56456943	71	2.5	69	85	3	208	28	14	22	34	1.93
56456943--56457108	72	2.3	71	86	4	226	23	15	20	40	1.90
56457037--56457382	140	2.5	140	94	1	595	24	16	20	38	1.92
56457226--56457259	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
56457313--56458009	73	9.0	73	72	16	401	26	16	21	34	1.95
56457751--56457779	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56457991--56458018	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
56457862--56458168	164	1.9	164	87	3	456	27	17	21	32	1.96
56458008--56458238	76	3.1	74	84	5	279	29	16	20	33	1.94
56457313--56458257	238	4.0	236	89	3	1319	27	16	21	34	1.95
56458226--56458267	14	2.9	15	82	7	50	14	11	7	66	1.43
56459078--56459106	13	2.2	13	100	0	58	31	48	6	13	1.69
56459048--56459134	43	2.0	43	95	0	156	27	47	4	20	1.70
56459091--56459243	30	5.1	30	86	0	198	26	46	3	22	1.69
56459026--56459166	73	1.9	73	92	2	239	26	45	4	24	1.71
56459741--56459956	25	8.5	25	69	17	101	34	6	3	55	1.44
56459801--56459960	54	3.1	54	77	12	154	34	6	3	55	1.45
56459799--56459901	29	3.6	28	70	25	81	33	6	2	56	1.41
56459874--56459975	47	2.1	47	80	8	109	30	9	4	54	1.54
56460114--56460161	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
56460114--56460165	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
56461526--56461565	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
56461863--56461924	31	2.0	31	100	0	124	25	19	22	32	1.97
56462726--56462778	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
56462740--56462874	60	2.2	59	83	8	157	25	25	20	27	1.99
56462867--56462912	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
56465046--56465102	23	2.4	25	75	24	61	50	10	1	36	1.47
56467704--56467741	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56469247--56469325	41	1.9	41	84	5	106	31	15	24	29	1.95
56470057--56470082	13	2.0	13	100	0	52	23	0	30	46	1.53
56475016--56475093	33	2.3	34	89	6	115	29	26	17	25	1.98
56475070--56475220	60	2.5	60	78	11	150	28	25	17	29	1.97
56476681--56476727	19	2.5	19	96	0	85	70	0	25	4	1.05
56479733--56479830	41	2.4	42	86	5	137	32	29	21	16	1.95
56480252--56480278	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
56483763--56483839	39	2.0	39	92	0	127	27	29	20	22	1.98
56492097--56492221	39	3.2	39	89	1	189	27	28	20	23	1.99
56496143--56496320	31	5.7	31	85	2	250	28	16	26	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770