genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.321.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  321  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98216857--98217029	46	3.7	46	77	14	185	21	19	28	31	1.97
98216855--98217024	93	1.8	93	91	2	279	21	19	28	30	1.97
98228031--98228201	93	1.8	93	94	0	306	27	30	21	20	1.98
98228023--98228203	46	3.9	46	80	9	224	27	30	20	20	1.98
98229498--98229641	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
98244746--98244929	70	2.7	69	88	8	229	19	29	18	32	1.96
98244770--98244929	70	2.3	71	93	4	274	18	28	18	33	1.95
98248737--98248900	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98248737--98248934	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
98256315--98256478	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98256315--98256512	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
98264655--98264716	28	2.2	28	76	0	70	35	6	30	27	1.82
98267599--98267629	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
98281400--98281500	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
98289318--98289418	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
98305235--98305427	39	4.9	39	88	0	242	24	31	20	23	1.98
98305265--98305427	39	4.2	39	91	0	254	25	31	19	23	1.98
98307376--98307401	12	2.2	12	100	0	52	30	0	15	53	1.42
98310944--98311195	126	2.0	126	98	0	486	34	7	21	36	1.81
98312331--98312373	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
98313148--98313254	44	2.5	44	79	11	116	36	26	15	21	1.94
98313092--98313252	85	1.9	85	79	7	184	34	25	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98316898--98316980	31	2.7	31	96	3	152	27	26	16	28	1.97
98317193--98317245	26	2.1	26	92	3	90	26	18	20	33	1.96
98317200--98317254	26	2.2	26	90	3	85	27	21	23	27	1.99
98317206--98317270	25	2.6	25	82	2	67	26	23	21	29	1.99
98318068--98318147	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
98318201--98318250	26	1.9	26	92	8	84	36	12	12	40	1.79
98318273--98318386	27	4.2	27	84	4	149	28	6	21	42	1.77
98318418--98318509	27	3.4	27	86	0	121	42	8	21	27	1.82
98326160--98326252	45	2.1	45	100	0	186	39	20	8	31	1.83
98326618--98326649	15	2.1	15	100	0	64	31	21	21	25	1.98
98326914--98327087	55	3.2	53	81	8	176	21	23	18	36	1.95
98326914--98327095	54	3.4	54	81	5	206	21	23	17	37	1.94
98327288--98327371	44	1.9	44	80	4	98	27	25	10	36	1.89
98327911--98327968	30	1.9	31	89	3	91	32	24	5	37	1.77
98329810--98329852	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
98330579--98330738	43	3.7	42	78	8	135	34	24	16	25	1.95
98330610--98330738	44	3.0	42	82	8	136	34	24	16	24	1.95
98332593--98332708	57	2.0	57	89	0	178	40	8	17	33	1.80
98334174--98334303	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
98340151--98340326	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
98340147--98340318	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
98343270--98343338	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98343261--98343348	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
98345731--98345906	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
98345727--98345898	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
98350930--98351092	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
98358527--98358644	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
98358495--98358658	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
98364846--98364919	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
98372840--98372913	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
98378517--98378606	29	3.1	28	83	1	99	28	13	30	27	1.94
98381059--98381097	20	1.9	21	84	5	53	33	10	23	33	1.88
98381586--98381677	27	3.3	27	78	11	105	25	13	33	28	1.93
98381586--98381660	29	2.7	28	86	10	91	26	12	33	28	1.92
98383068--98383209	40	3.6	39	79	9	135	22	26	23	27	2.00
98383068--98383259	80	2.4	80	81	3	208	22	26	24	26	2.00
98383110--98383260	40	3.8	39	81	5	142	24	26	23	25	2.00
98391096--98391274	40	4.5	40	79	5	184	24	26	24	25	2.00
98391123--98391273	80	1.9	81	84	4	207	23	27	23	25	2.00
98394173--98394206	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
98397502--98397665	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98397502--98397699	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
98405074--98405237	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
98405074--98405271	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98408890--98408939	10	5.0	10	79	13	50	22	10	2	66	1.32
98412790--98412859	27	2.6	27	90	2	113	31	27	12	28	1.93
98420153--98420222	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
98422797--98422868	37	2.0	34	81	7	81	5	38	1	54	1.33
98424071--98424229	81	2.0	81	98	0	309	27	20	27	25	1.99
98439662--98439707	10	4.6	10	84	10	51	23	6	2	67	1.25
98442702--98442802	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
98442702--98442852	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
98442698--98442869	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
98450474--98450574	40	2.6	39	83	1	121	29	22	25	21	1.99
98450474--98450622	38	3.8	39	83	5	167	27	22	26	23	2.00
98454219--98454287	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
98454210--98454296	30	3.0	30	81	9	99	10	17	16	56	1.67
98456681--98456856	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
98456677--98456848	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
98465461--98465598	73	1.9	73	96	0	258	27	21	10	40	1.86
98474260--98474333	31	2.4	31	90	0	121	18	32	29	18	1.96
98475425--98475639	46	4.6	47	78	10	201	23	29	19	28	1.98
98482481--98482606	47	2.7	45	84	11	166	26	30	14	28	1.95
98489425--98489508	44	1.9	44	85	4	116	36	11	25	26	1.90
98489701--98489905	53	3.9	54	82	7	231	35	18	24	21	1.95
98499242--98499654	46	9.0	46	92	0	664	21	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98499242--98499655	138	3.0	138	98	0	801	21	23	14	40	1.90
98501681--98501718	15	2.5	15	91	4	58	0	31	0	68	0.90
98501785--98501819	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
98511145--98511204	22	2.8	22	79	2	68	21	45	6	26	1.77
98513790--98513827	20	2.0	19	90	10	60	57	10	23	7	1.58
98514295--98514329	14	2.6	13	82	8	52	14	5	11	68	1.37
98522241--98522536	114	2.6	113	81	2	333	17	19	28	34	1.95
98522240--98522535	38	7.8	38	80	3	231	17	19	28	33	1.95
98525501--98525535	17	2.1	16	89	5	52	42	14	0	42	1.45
98529255--98529426	40	4.3	40	78	8	154	25	22	26	25	2.00
98532522--98532640	59	2.0	59	98	0	229	39	17	11	31	1.86
98533561--98533698	41	3.4	41	84	0	159	35	22	19	22	1.96
98534275--98534315	21	1.9	22	90	5	66	19	0	43	36	1.51
98534472--98534528	7	8.1	7	78	0	51	17	1	33	47	1.58
98534466--98534528	21	3.0	21	73	13	58	19	1	30	49	1.58
98535210--98535300	3	30.7	3	86	6	132	61	0	37	1	1.03
98539749--98539995	43	5.8	43	74	6	169	26	17	29	27	1.97
98549768--98549947	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
98561897--98562047	80	1.9	80	84	5	207	24	25	27	22	2.00
98561856--98562062	40	5.2	39	80	5	184	25	22	26	25	2.00
98570344--98570568	119	1.9	120	84	6	305	26	27	21	24	1.99
98570325--98570568	40	6.1	40	85	6	300	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98574334--98574360	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
98575226--98575270	23	1.9	24	90	4	74	24	51	2	22	1.60
98575535--98575831	27	11.0	27	81	5	298	39	19	13	27	1.90
98575579--98575829	134	1.9	133	82	8	321	39	17	13	29	1.88
98575818--98576311	27	18.0	27	80	10	207	19	16	21	42	1.89
98575838--98575907	36	1.9	36	88	0	104	22	14	21	41	1.89
98575874--98576352	27	17.7	27	83	3	561	18	16	21	42	1.89
98579574--98579858	27	10.6	27	78	3	277	41	18	15	24	1.89
98579647--98579898	81	3.1	81	82	1	290	40	16	14	28	1.88
98579887--98580174	27	11.0	26	74	13	157	18	18	22	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770