Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  535  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
166254499--166254531
14
2.4
14
94
0
57
51
24
0
24
1.48
166254772--166254906
41
3.3
40
82
8
146
19
25
19
36
1.95
166255548--166255604
21
2.7
22
84
13
66
5
3
15
75
1.12
166257462--166257559
42
2.3
42
79
6
110
31
19
19
29
1.96
166264774--166264837
31
2.1
31
90
0
101
23
21
17
37
1.94
166265029--166265123
24
4.0
24
85
10
124
26
24
21
28
1.99
166265029--166265122
47
2.0
49
85
12
133
26
24
21
27
1.99
166265174--166265233
20
3.0
20
90
0
102
31
20
11
36
1.88
166270846--166271736
445
2.0
445
98
0
1710
31
25
15
27
1.95
166274390--166274573
33
5.6
33
85
3
169
33
20
10
35
1.88
166274480--166274550
32
2.2
32
97
0
133
33
22
11
32
1.90
166274577--166274644
29
2.3
29
94
0
118
26
30
8
33
1.87
166276053--166276195
39
3.6
39
88
1
180
23
31
22
22
1.98
166284031--166284173
39
3.6
39
88
1
180
23
31
22
22
1.98
166288125--166288149
12
2.1
12
100
0
50
12
56
16
16
1.68
166295052--166295095
20
2.1
22
87
8
65
6
25
13
54
1.63
166297665--166297862
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
166297731--166297848
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
166297699--166297862
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
166310310--166310518
40
5.2
40
87
2
296
25
23
28
22
1.99
166313564--166313781
79
2.7
79
80
8
221
26
27
21
24
1.99
166313578--166313781
40
5.1
40
80
8
229
26
27
22
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
166317228--166317295
34
2.0
34
100
0
136
29
5
20
44
1.75
166318766--166318952
40
4.7
40
88
4
272
25
22
26
25
2.00
166318766--166318952
79
2.4
79
87
3
270
25
22
26
25
2.00
166326733--166326972
40
6.1
40
91
3
355
24
22
27
25
2.00
166329225--166329290
31
2.1
31
97
0
123
34
12
27
25
1.91
166333239--166333370
29
4.6
29
84
0
147
26
15
32
25
1.96
166336403--166336579
40
4.5
40
91
2
261
24
28
23
23
1.99
166344447--166344663
40
5.5
40
89
4
300
25
28
23
22
1.99
166349000--166349166
40
4.2
40
82
2
176
25
26
22
26
2.00
166356987--166357153
40
4.2
40
80
4
169
23
26
22
26
2.00
166357003--166357112
39
2.8
40
84
8
136
22
29
24
23
1.99
166359064--166359155
42
2.2
42
86
3
123
40
21
10
27
1.87
166359295--166359441
47
3.1
47
93
0
249
25
22
23
28
1.99
166359297--166359439
23
6.1
23
87
3
214
26
22
23
27
1.99
166359498--166359554
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
166359486--166359556
20
3.5
20
94
0
124
32
21
11
35
1.89
166359491--166359545
11
5.4
11
70
16
55
30
20
12
36
1.90
166359593--166359640
25
1.9
25
91
0
78
25
14
25
35
1.94
166360801--166360867
27
2.5
26
81
11
82
22
22
19
35
1.96
166360924--166361175
27
9.3
27
78
7
116
36
8
18
36
1.82
166361073--166361464
27
14.6
27
87
0
462
40
8
23
27
1.83
166361074--166361471
81
4.9
81
89
4
572
40
8
23
27
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
166361468--166361566
27
3.7
26
77
8
83
32
10
18
39
1.84
166361460--166361566
54
2.0
54
81
7
128
32
10
19
37
1.86
166361476--166361581
27
3.9
27
72
14
67
35
9
16
37
1.82
166363085--166363122
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
166382796--166382915
50
2.5
49
82
5
138
27
22
14
35
1.93
166385963--166386129
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
166397216--166397278
31
2.1
31
93
3
110
23
22
15
38
1.93
166397470--166397588
24
5.0
24
89
5
170
26
22
21
28
1.99
166397470--166397588
47
2.5
48
89
5
170
26
22
21
28
1.99
166397639--166397698
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
166397639--166397693
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
166397741--166397788
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
166402453--166402543
6
17.8
5
77
20
59
74
0
5
19
1.01
166410080--166410219
60
2.3
60
79
8
142
27
22
19
30
1.98
166412532--166412560
15
1.9
15
100
0
58
58
0
0
41
0.98
166412655--166412698
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
166415221--166415323
27
3.8
27
79
5
111
39
13
18
28
1.88
166415201--166415325
54
2.3
54
82
8
148
39
17
16
27
1.90
166415314--166415404
26
3.3
27
79
10
96
20
15
19
43
1.87
166421345--166421370
12
2.2
12
100
0
52
7
30
38
23
1.83
166424834--166425043
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
166432934--166433143
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
166437158--166437375
40
5.5
39
83
7
233
23
26
23
26
2.00
166437158--166437376
80
2.7
79
83
3
269
24
26
23
26
2.00
166437185--166437376
80
2.4
81
85
3
271
24
27
22
26
2.00
166437158--166437375
120
1.8
120
86
4
314
23
26
23
26
2.00
166445248--166445464
40
5.5
39
80
8
215
25
26
21
26
2.00
166445248--166445464
119
1.8
120
85
5
305
25
26
21
26
2.00
166449478--166449725
40
6.2
40
86
0
289
25
26
23
25
2.00
166449478--166449725
120
2.1
120
84
4
331
25
26
23
25
2.00
166459837--166459870
13
2.5
13
90
4
50
76
0
23
0
0.79
166459795--166459919
59
2.2
56
92
5
205
52
9
22
16
1.72
166461167--166461396
40
5.8
39
87
1
282
22
23
28
26
1.99
166461167--166461422
80
3.2
80
86
2
311
23
23
28
25
1.99
166461167--166461388
120
1.9
120
90
3
358
22
23
27
26
1.99
166470092--166470172
37
2.2
37
93
0
135
24
32
22
20
1.98
166470291--166470412
48
2.5
48
89
0
181
30
25
7
36
1.83
166474217--166474523
40
7.8
39
84
7
340
24
30
23
21
1.99
166474214--166474523
79
3.9
80
88
5
402
24
30
23
21
1.99
166474210--166474523
119
2.7
118
87
5
422
24
30
23
21
1.99
166476762--166476842
37
2.2
37
93
0
135
24
32
22
20
1.98
166476961--166477080
48
2.5
48
86
2
163
30
25
7
36
1.83
166483587--166483735
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
166483628--166483735
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
166486727--166486950
40
5.6
40
95
2
380
23
22
28
25
1.99
166491382--166491565
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
166491422--166491610
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
166497335--166497621
40
7.2
40
92
2
447
23
22
27
26
2.00
166502021--166502122
29
3.5
29
90
0
150
27
15
33
23
1.95
166508987--166509093
28
3.8
28
92
0
160
29
25
10
34
1.89
166512845--166512976
29
4.6
29
82
0
147
24
33
15
26
1.95
166520761--166520827
29
2.3
29
100
0
134
26
29
14
28
1.96
166525399--166525530
29
4.6
29
96
0
228
26
15
31
25
1.96
166525367--166525529
58
2.8
58
88
3
204
26
17
30
25
1.97
166525367--166525530
87
1.9
87
87
5
242
26
17
31
25
1.97
166529018--166529282
49
5.4
49
94
0
469
27
9
33
29
1.88
166529391--166529468
37
2.1
37
100
0
156
28
19
32
20
1.97
166536915--166537020
31
3.5
30
75
17
85
34
8
7
49
1.62
166546672--166546702
16
1.9
16
93
0
53
12
16
19
51
1.76
166549573--166549652
28
2.8
28
81
7
99
30
32
13
23
1.93
166549862--166549904
16
2.7
16
81
0
50
11
20
13
53
1.71
166553600--166553679
29
2.8
28
81
7
90
28
33
13
23
1.93
166553600--166553686
28
3.1
28
80
3
102
28
31
12
27
1.93
166553893--166553923
16
1.9
16
93
0
53
12
16
19
51
1.76
166564685--166564763
29
2.7
29
86
0
86
22
32
16
27
1.96
166568598--166568763
40
4.2
40
80
3
167
24
27
22
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
166576488--166576654
40
4.2
40
80
2
167
23
27
22
25
2.00
166580212--166580386
47
3.7
47
77
14
173
28
18
29
24
1.98
166581779--166581972
40
4.9
39
86
1
244
25
31
19
23
1.98
166583592--166583722
50
2.6
50
86
2
174
29
21
28
20
1.98
166583592--166583755
50
3.3
48
78
6
168
29
20
28
22
1.98
166602950--166603052
29
3.6
29
81
2
118
21
16
33
29
1.95
166621822--166621923
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
166629267--166629367
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
166629296--166629371
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
166635126--166635274
40
3.8
40
79
3
122
24
30
21
23
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770