genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  262  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78692709--78692827	45	2.7	43	81	10	132	26	20	30	23	1.98
78693701--78693760	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
78701214--78701239	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78705124--78705163	16	2.6	16	88	4	64	77	0	15	7	0.98
78709053--78709077	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
78710016--78710042	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
78710396--78710434	14	3.0	13	82	10	53	17	10	10	61	1.55
78716971--78717185	40	5.4	40	80	7	235	23	23	26	25	2.00
78716971--78717185	80	2.7	79	85	4	265	23	23	26	25	2.00
78719993--78720077	33	2.5	33	78	12	84	27	20	27	25	1.99
78724769--78724871	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
78732564--78732666	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
78732948--78732980	17	2.0	16	94	5	57	45	12	6	36	1.66
78738138--78738217	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
78738762--78738787	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78741800--78741858	31	1.9	31	86	6	84	33	18	1	45	1.60
78743583--78743640	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
78748839--78748899	30	2.1	30	93	3	106	37	22	14	24	1.92
78757132--78757180	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
78758003--78758169	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
78765973--78766139	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
78768044--78768227	40	4.6	40	82	2	217	26	23	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78768044--78768263	80	2.8	78	82	4	237	25	23	25	25	2.00
78773808--78774062	68	3.7	68	79	4	255	21	24	20	34	1.97
78773876--78774062	69	2.7	69	79	8	220	19	24	20	35	1.96
78779821--78779950	40	3.3	38	77	4	125	23	26	23	26	2.00
78782171--78782338	40	4.2	40	78	6	180	25	27	23	23	2.00
78788000--78788192	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
78788030--78788192	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
78796771--78796976	40	5.2	40	83	5	240	26	27	20	25	1.99
78800963--78801092	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
78800979--78801129	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
78800979--78801127	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
78810324--78810546	122	1.8	122	86	1	322	31	10	23	34	1.88
78810541--78810670	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
78810503--78810670	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
78818376--78818600	124	1.8	124	86	1	326	30	10	23	35	1.89
78818595--78818724	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
78818557--78818724	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
78831727--78831786	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
78834485--78834728	40	6.1	40	91	1	366	25	29	22	22	1.99
78853210--78853269	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
78853231--78853294	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
78858469--78858579	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78858579--78858718	46	3.0	46	96	0	253	30	27	7	35	1.84
78859879--78859912	16	2.1	16	100	0	68	44	26	11	17	1.83
78862083--78862251	46	3.7	46	85	7	211	23	27	20	28	1.99
78865030--78865097	29	2.4	29	87	7	95	29	32	14	23	1.94
78866451--78866579	46	2.8	46	95	0	222	20	20	28	30	1.98
78868808--78868832	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
78871182--78871346	40	4.2	39	80	4	165	24	27	21	26	1.99
78874758--78874937	27	6.9	27	83	11	205	36	22	17	23	1.94
78874861--78874901	20	2.0	20	90	0	64	24	29	26	19	1.98
78874780--78874925	47	3.0	47	81	9	141	36	24	17	21	1.94
78874881--78874947	27	2.5	27	92	0	107	31	23	20	23	1.98
78878839--78879022	40	4.6	40	82	2	226	25	23	26	25	2.00
78885045--78885162	42	2.8	42	84	5	141	30	26	13	29	1.94
78888255--78888286	12	2.4	14	90	10	50	37	0	3	59	1.13
78888344--78888417	31	2.4	31	88	2	105	43	10	22	22	1.84
78888399--78888476	29	2.7	29	85	2	93	44	12	26	15	1.82
78888376--78888568	89	2.2	89	79	5	203	39	12	27	20	1.89
78888466--78888539	30	2.5	30	77	0	76	35	8	29	27	1.85
78888526--78888597	29	2.4	30	88	4	101	45	9	27	16	1.79
78888378--78888602	119	1.9	120	85	2	310	40	12	26	20	1.88
78888585--78888655	30	2.3	31	87	4	108	36	11	28	23	1.89
78889942--78889995	27	2.0	27	100	0	108	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78890478--78890705	38	5.9	38	85	3	260	30	25	21	21	1.98
78905871--78905899	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
78906412--78906442	15	2.1	15	93	0	53	19	3	25	51	1.62
78909423--78909522	40	2.5	40	85	3	121	25	22	28	25	1.99
78917357--78917509	40	3.8	40	78	10	125	24	22	27	25	2.00
78924546--78924731	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
78928111--78928282	46	3.7	45	79	13	206	29	28	20	22	1.98
78928116--78928286	93	1.8	93	94	2	308	28	29	20	21	1.98
78928706--78928765	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
78930572--78930613	13	3.0	14	86	6	50	45	0	14	40	1.45
78935564--78935771	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
78935564--78935769	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
78943590--78943681	27	3.4	27	83	0	94	29	18	16	35	1.93
78946222--78946351	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
78953365--78953515	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
78953401--78953531	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
78961400--78961530	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
78963460--78963611	43	3.6	43	84	3	139	23	28	21	26	1.99
78963488--78963611	43	2.9	43	89	1	178	21	29	22	25	1.99
78973998--78974252	55	4.8	54	78	11	253	35	16	25	22	1.95
78974005--78974205	108	1.8	110	87	4	300	33	17	25	23	1.96
78974321--78974365	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78974444--78974474	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
78976853--78976887	6	5.7	6	96	3	61	20	0	0	80	0.72
78977875--78977938	32	2.0	32	100	0	128	28	12	15	43	1.83
78982577--78982622	23	2.0	23	100	0	92	26	26	13	34	1.92
78985097--78985133	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
78990488--78990539	25	2.1	25	96	0	95	50	3	13	32	1.60
78996035--78996368	166	2.0	166	98	0	641	35	22	14	27	1.93
79000528--79000599	28	2.6	27	80	10	83	61	0	6	31	1.23
79001773--79001806	14	2.4	14	90	0	50	58	5	5	29	1.45
79005677--79005762	31	2.8	31	78	0	91	30	12	13	43	1.82
79008466--79008616	44	3.4	43	78	12	135	35	15	20	27	1.93
79008466--79008600	44	3.0	44	82	6	139	39	16	19	25	1.91
79008823--79008907	39	2.2	38	89	2	125	37	16	14	31	1.88
79009408--79009442	17	2.1	17	94	0	61	45	5	17	31	1.71
79012393--79012443	20	2.5	20	93	0	84	37	0	17	45	1.49
79014630--79014691	24	2.5	26	78	7	74	62	4	12	19	1.47
79017158--79017192	17	2.1	17	100	0	70	45	11	0	42	1.40
79017531--79017561	16	1.9	16	100	0	62	25	12	22	38	1.90
79018747--79018773	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
79022299--79022401	50	2.1	50	92	0	170	59	12	12	15	1.62
79022505--79022714	103	2.0	103	83	1	260	47	12	15	24	1.80
79023179--79023480	149	2.0	151	90	2	484	39	6	5	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79023182--79023427	75	3.3	74	67	11	212	41	5	4	48	1.46
79027399--79027440	20	2.1	20	100	0	84	45	9	16	28	1.79
79028423--79028480	22	2.6	22	84	15	75	63	1	3	31	1.21
79028422--79028587	26	6.4	25	67	17	90	57	4	4	32	1.41
79032473--79032693	96	2.3	96	80	8	236	24	29	19	26	1.98
79034193--79034261	27	2.5	28	81	11	72	76	1	13	8	1.07
79034872--79034961	44	2.0	44	82	4	110	27	18	21	32	1.97
79035190--79035395	44	4.6	44	70	4	144	26	19	20	33	1.97
79035190--79035395	89	2.3	89	86	1	270	26	19	20	33	1.97
79045418--79045578	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770