genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.598.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  598  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187200487--187200601	29	4.0	28	78	8	115	27	14	29	27	1.95
187200500--187200608	58	1.9	58	86	1	157	28	15	29	26	1.96
187202732--187203056	41	8.0	41	84	3	361	34	23	22	20	1.97
187203236--187203311	36	2.0	39	85	7	104	31	6	22	39	1.80
187207028--187207280	134	1.9	133	95	0	461	20	10	18	50	1.75
187208396--187208435	21	1.9	21	94	0	71	30	12	12	45	1.79
187209466--187210750	373	3.5	373	99	0	2520	36	14	10	38	1.80
187210839--187210906	24	2.8	24	84	8	93	29	19	5	45	1.73
187211083--187211138	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
187211243--187211354	9	12.6	9	83	1	118	47	15	1	35	1.56
187211212--187211420	42	4.8	43	70	14	151	46	13	1	38	1.52
187215252--187215300	26	2.0	26	88	8	75	38	4	20	36	1.72
187217936--187218053	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
187217904--187218067	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
187224075--187224192	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
187224043--187224206	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
187227464--187227612	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
187227505--187227612	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
187229338--187229388	26	2.0	26	84	0	66	25	23	15	35	1.94
187233041--187233694	48	13.8	48	92	2	1070	35	6	27	30	1.82
187235124--187235191	27	2.5	28	90	2	102	30	29	14	25	1.95
187236849--187236951	37	2.8	37	95	0	188	22	21	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187238948--187238985	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
187240214--187240337	39	3.2	39	95	0	212	37	22	25	13	1.91
187242588--187242736	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
187242629--187242736	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
187250608--187250756	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
187250649--187250756	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
187260585--187260687	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
187263072--187263122	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
187263363--187263442	31	2.5	33	77	8	92	16	3	17	62	1.47
187263496--187263725	43	5.4	42	91	3	318	24	31	19	24	1.98
187263519--187263725	86	2.4	86	93	0	351	23	34	18	23	1.96
187272807--187272844	19	2.0	19	94	0	67	36	28	0	34	1.58
187274622--187274648	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
187276195--187276263	28	2.5	28	92	2	113	20	10	27	42	1.84
187278059--187278102	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
187285091--187285146	24	2.3	24	93	0	94	17	44	16	21	1.86
187296049--187296215	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
187299251--187299392	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
187299290--187299418	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
187300028--187300247	40	5.6	41	77	11	212	24	24	26	24	2.00
187300030--187300211	79	2.3	81	82	7	212	23	25	28	23	2.00
187302250--187302293	20	2.2	20	95	0	79	15	15	34	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187310654--187310784	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
187310654--187310784	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
187317797--187317927	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
187317797--187317927	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
187324972--187325102	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
187324972--187325102	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
187328930--187329093	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
187328930--187329127	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
187333251--187333351	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
187340378--187340478	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
187345963--187346126	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
187345963--187346160	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
187348295--187348385	25	3.6	25	75	0	92	28	21	23	26	1.99
187350874--187350949	29	2.6	29	87	4	100	21	15	22	40	1.90
187353110--187353277	40	4.2	40	78	2	169	25	25	22	26	2.00
187361200--187361367	40	4.2	40	81	2	187	25	26	22	25	2.00
187361191--187361367	80	2.2	80	82	5	207	25	26	22	25	2.00
187364500--187364681	79	2.3	79	81	10	205	26	26	22	24	2.00
187364500--187364682	39	4.7	40	81	9	200	26	26	22	25	2.00
187372686--187372871	79	2.3	82	84	6	238	26	26	22	24	2.00
187372686--187372871	40	4.6	41	83	7	222	26	26	22	24	2.00
187374840--187374885	22	2.1	22	88	8	67	45	19	21	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187375129--187375190	27	2.3	27	85	2	79	24	17	24	33	1.96
187375129--187375204	27	2.8	26	82	4	71	23	15	22	38	1.93
187375187--187375282	25	3.7	25	76	6	93	31	9	19	39	1.84
187375184--187375290	26	4.1	26	78	4	117	31	12	17	38	1.87
187381805--187381842	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
187392839--187392925	37	2.4	37	94	0	147	27	31	18	22	1.97
187392906--187392944	19	2.1	19	95	0	69	38	30	12	17	1.88
187393109--187393352	48	5.0	48	91	3	400	31	27	6	34	1.81
187393167--187393503	48	7.1	46	84	9	301	29	29	8	33	1.86
187393109--187393481	96	3.9	95	83	7	402	29	28	8	34	1.86
187393215--187393503	47	6.1	47	90	2	243	28	29	8	33	1.87
187393403--187393474	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
187397593--187397902	40	7.8	40	94	1	516	25	29	21	24	1.99
187398916--187399087	73	2.4	68	87	7	238	25	32	19	22	1.97
187398916--187399087	36	4.8	37	86	10	250	25	32	19	22	1.97
187399234--187399476	48	5.0	48	91	2	398	31	27	6	34	1.81
187399292--187399628	48	7.1	46	83	10	276	29	29	8	33	1.86
187399234--187399606	96	3.9	95	83	8	386	29	28	8	34	1.86
187399667--187399706	19	2.0	21	85	9	57	40	27	0	32	1.57
187406404--187406588	80	2.3	79	87	4	257	27	21	25	25	1.99
187406370--187406555	40	4.7	40	88	2	250	23	22	27	26	2.00
187408003--187408187	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187407996--187408187	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
187416023--187416207	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
187416016--187416207	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
187419258--187419331	36	2.1	36	100	0	148	35	10	12	41	1.77
187422869--187423052	40	4.6	39	76	9	140	26	23	27	22	2.00
187422909--187423097	80	2.4	81	78	4	195	23	23	29	23	1.99
187424543--187424898	49	7.3	49	94	1	585	29	29	8	32	1.86
187428191--187428382	40	4.7	40	86	5	269	25	28	21	24	1.99
187428178--187428375	84	2.4	80	88	3	288	25	28	21	24	1.99
187430744--187431003	49	5.3	49	94	0	443	30	28	8	33	1.86
187434759--187435063	40	7.7	40	90	4	390	27	20	25	25	1.99
187434759--187435026	120	2.2	119	91	3	439	27	20	25	26	1.99
187436398--187436494	51	1.9	50	93	2	167	14	30	32	21	1.93
187440701--187441032	47	7.1	47	91	0	486	34	10	28	25	1.90
187440796--187440873	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
187440821--187440942	22	5.3	22	64	24	72	31	12	29	26	1.92
187440868--187440989	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
187441006--187441188	46	4.0	46	94	0	294	34	9	31	24	1.87
187443029--187443210	39	4.6	39	87	2	240	23	30	22	24	1.99
187451043--187451224	39	4.6	39	87	2	240	23	30	22	24	1.99
187453901--187454155	40	6.4	40	97	0	465	25	21	27	25	1.99
187454187--187454341	28	5.5	28	75	9	98	21	18	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187454215--187454343	29	4.5	28	78	8	118	21	16	30	31	1.95
187454183--187454348	57	2.9	57	88	0	233	22	18	28	30	1.97
187459388--187459549	39	4.2	39	90	2	254	22	19	33	24	1.97
187459405--187459585	40	4.6	40	86	2	154	22	22	33	22	1.98
187467271--187467433	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
187467271--187467464	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
187473456--187473488	15	2.2	15	94	0	57	18	3	0	78	0.87
187477166--187477333	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
187485147--187485298	39	3.9	39	91	1	234	23	20	31	24	1.98
187485148--187485328	79	2.3	79	87	2	249	23	21	30	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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