genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  215  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64220437--64220654	40	5.5	40	78	5	212	26	27	22	24	2.00
64220437--64220654	78	2.8	81	81	7	252	26	27	22	24	2.00
64231292--64231486	40	4.8	40	74	8	121	27	26	21	24	1.99
64233860--64234045	40	4.7	40	87	5	209	27	26	20	25	1.99
64236048--64236250	40	5.1	40	89	4	279	23	22	28	25	1.99
64242275--64242396	46	2.7	46	93	0	199	22	20	27	30	1.98
64257292--64257414	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
64259570--64260022	29	15.7	29	95	1	768	25	17	33	24	1.96
64260506--64260604	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
64263706--64263828	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
64263931--64264008	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
64266022--64266359	29	11.7	29	94	1	554	25	17	32	24	1.96
64266843--64266941	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
64270044--64270166	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
64270269--64270346	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
64278901--64279084	40	4.7	40	78	8	180	24	24	27	23	2.00
64278901--64279051	78	1.9	79	85	6	209	25	23	28	23	1.99
64283915--64284042	40	3.2	39	84	5	150	24	22	28	25	2.00
64293191--64293529	24	14.1	24	97	0	615	20	17	25	36	1.94
64301295--64301561	24	11.1	24	96	0	471	20	17	25	36	1.95
64311562--64311601	21	1.9	21	94	0	71	47	7	2	42	1.45
64311902--64312007	50	2.1	50	80	3	124	42	21	7	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64315178--64315385	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
64315180--64315385	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
64323225--64323432	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
64323227--64323432	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
64324861--64324899	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
64327839--64327919	18	4.6	18	81	3	92	44	13	19	22	1.86
64328220--64328323	27	3.9	27	92	0	172	41	21	12	25	1.88
64328201--64328323	54	2.3	54	89	0	183	41	21	11	26	1.86
64328581--64328605	10	2.5	10	100	0	50	32	32	24	12	1.91
64331028--64331126	19	5.1	19	69	9	74	13	32	19	35	1.90
64331012--64331128	39	3.0	39	89	0	180	14	34	17	33	1.91
64331012--64331114	20	5.2	20	68	13	70	14	35	17	32	1.90
64337883--64337988	43	2.5	42	81	4	115	28	19	21	30	1.98
64337884--64337977	42	2.2	43	83	5	111	29	19	19	31	1.96
64339778--64340021	29	8.6	29	74	11	132	40	18	15	25	1.90
64341484--64341704	40	5.6	40	82	4	261	27	25	22	24	2.00
64346804--64346849	24	1.9	24	82	8	58	41	4	30	23	1.74
64348194--64348318	27	4.6	27	78	5	128	39	20	10	30	1.86
64352036--64352111	39	1.9	39	100	0	152	43	22	15	18	1.88
64354644--64354758	27	4.3	27	87	5	162	39	22	23	14	1.91
64356163--64356239	24	3.2	24	86	0	118	24	40	1	33	1.64
64358994--64359033	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64358999--64359041	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
64359531--64359640	42	2.6	42	82	1	141	20	15	25	39	1.91
64365079--64365104	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
64365958--64366116	45	3.7	44	70	16	127	28	28	18	23	1.98
64368660--64368827	40	4.2	40	92	0	257	28	25	21	24	1.99
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64380466--64380548	14	5.8	14	76	5	76	57	16	15	9	1.63
64383468--64383688	46	4.8	46	86	6	295	28	29	20	21	1.98
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64387704--64387809	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
64392131--64392174	22	2.0	22	100	0	88	31	22	31	13	1.93
64398212--64398382	45	3.7	45	80	12	179	19	21	30	27	1.98
64398212--64398382	93	1.8	92	93	1	297	19	21	30	27	1.98
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64412537--64412628	41	2.2	41	86	1	121	31	25	14	29	1.94
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64428477--64428957	54	8.9	54	76	5	272	37	21	9	31	1.85
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64429951--64430163	94	2.3	94	93	2	356	27	21	23	27	1.99
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64431574--64431835	54	4.9	54	83	3	341	40	7	22	29	1.81
64432878--64432955	27	2.9	27	74	11	70	34	20	21	23	1.97
64433762--64433848	25	3.4	25	87	3	129	25	24	22	27	2.00
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64437275--64437573	105	2.9	103	82	4	334	29	15	24	31	1.95
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64452134--64452311	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
64461314--64461383	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
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64485567--64486298	149	5.0	147	93	4	1224	30	26	9	34	1.87
64489562--64489678	43	2.7	43	77	1	128	29	25	14	29	1.95
64491054--64491160	45	2.4	45	85	0	133	48	9	18	23	1.77
64491085--64491175	45	2.0	45	82	0	110	47	10	18	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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64500954--64501112	27	5.9	27	82	11	184	33	21	25	20	1.97
64500954--64501112	81	2.0	80	85	6	214	33	21	25	20	1.97
64500972--64501115	54	2.7	54	94	2	245	34	22	25	18	1.96
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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