genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.553.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  553  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172180055--172180114	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
172184961--172185111	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
172184998--172185127	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
172192949--172193099	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
172192986--172193115	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
172197053--172197256	78	2.6	80	86	6	281	25	25	21	27	1.99
172197013--172197258	40	6.2	40	86	5	263	26	25	20	27	1.99
172199685--172199893	40	5.2	40	83	1	211	26	22	25	25	2.00
172199686--172199893	81	2.6	80	81	6	240	25	22	25	25	2.00
172205031--172205143	38	2.9	39	86	2	156	23	30	21	23	1.99
172212385--172212567	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
172218386--172218515	57	2.3	58	85	4	165	26	32	16	25	1.96
172218357--172218515	29	5.5	29	82	5	171	25	31	16	25	1.97
172226418--172226577	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
172234475--172234634	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
172239447--172239628	38	4.9	38	88	8	259	24	22	32	20	1.98
172239447--172239658	40	5.6	39	85	7	235	24	23	32	20	1.98
172247552--172247771	39	5.6	39	89	1	305	23	24	31	20	1.98
172250312--172250392	20	4.0	20	71	7	74	13	16	22	48	1.80
172250726--172250755	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
172252678--172252800	43	2.9	43	83	1	149	29	20	26	24	1.99
172252696--172252833	43	3.3	43	84	6	131	30	20	26	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172254156--172254280	38	3.2	38	64	20	105	25	15	22	36	1.93
172254141--172254297	78	2.0	78	100	0	314	25	14	23	36	1.92
172268502--172268669	48	3.5	47	77	8	162	30	17	28	23	1.97
172270029--172270196	40	4.2	40	79	1	167	22	26	23	26	2.00
172270045--172270194	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
172278038--172278188	40	3.8	40	77	11	148	21	27	24	26	2.00
172278038--172278187	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
172280507--172280624	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
172280475--172280638	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
172293546--172293726	40	4.6	40	85	9	232	25	20	27	25	1.99
172293546--172293726	78	2.3	81	84	10	234	25	20	27	25	1.99
172293598--172293749	78	2.0	77	85	8	211	26	20	26	26	1.99
172295068--172295327	46	5.6	47	86	8	372	30	28	9	32	1.88
172295068--172295318	90	2.7	93	90	5	404	29	28	9	31	1.89
172301802--172301934	40	3.3	40	94	2	223	23	21	28	26	1.99
172301802--172301957	80	2.0	79	84	6	208	25	20	27	26	1.99
172303288--172303458	49	3.5	49	92	1	274	30	28	7	32	1.85
172307737--172307799	15	4.2	14	84	8	72	9	15	17	57	1.65
172307742--172307801	30	2.0	30	87	6	86	8	16	18	56	1.64
172311009--172311149	27	5.3	26	85	1	138	41	19	7	31	1.78
172311026--172311177	27	5.7	27	88	0	189	41	20	7	30	1.79
172311020--172311177	54	2.9	54	87	6	214	40	20	7	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172311026--172311247	81	2.8	80	78	6	223	40	20	8	31	1.82
172311026--172311247	54	4.1	54	79	6	209	40	20	8	31	1.82
172311161--172311235	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
172311227--172311545	27	11.8	27	88	2	426	27	23	8	40	1.84
172311200--172311589	81	4.8	81	81	3	264	28	23	9	38	1.85
172312840--172312896	9	5.9	9	76	15	60	35	7	21	36	1.80
172312838--172312900	20	3.2	20	93	0	108	36	11	19	33	1.87
172312956--172313098	23	6.1	23	91	3	232	27	23	20	27	1.99
172312955--172313119	47	3.5	46	88	5	233	27	23	21	27	1.99
172312956--172313094	70	2.0	70	95	0	251	26	23	21	28	1.99
172313310--172313373	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
172316491--172316698	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
172316491--172316697	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
172323213--172323338	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
172323152--172323338	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
172331252--172331408	40	4.0	40	79	6	151	22	26	24	26	2.00
172334409--172334584	46	3.8	46	80	4	210	21	21	28	28	1.98
172334406--172334576	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
172337512--172337555	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
172339948--172340123	46	3.8	46	80	4	210	21	21	28	28	1.98
172339945--172340115	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
172345136--172345376	39	6.2	39	96	0	428	24	32	19	22	1.98
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172353176--172353376	39	5.2	39	96	1	359	24	32	19	22	1.97
172357964--172358294	43	7.7	43	96	0	599	32	31	23	13	1.93
172358298--172358455	40	3.9	40	82	1	163	24	28	24	23	2.00
172365275--172365441	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
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172381141--172381270	40	3.2	40	83	4	156	23	24	28	23	2.00
172388992--172389121	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
172395642--172395771	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
172403692--172403821	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
172407413--172407452	18	2.2	19	90	4	64	2	12	15	70	1.28
172413941--172414084	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
172421912--172422055	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
172425147--172425327	46	3.9	46	77	13	192	20	19	30	29	1.97
172425149--172425318	93	1.8	93	93	2	297	20	19	30	30	1.97
172429319--172429419	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
172429348--172429419	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
172437384--172437484	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
172437413--172437484	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
172437654--172437688	17	2.2	15	90	10	52	31	0	34	34	1.58
172444596--172444684	27	3.2	27	87	6	126	32	23	24	19	1.97
172444571--172444684	55	2.1	55	83	9	144	35	21	24	18	1.96
172444790--172444877	28	3.3	28	83	15	123	29	7	29	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172444806--172444877	25	2.8	26	87	12	112	30	8	26	34	1.86
172445124--172445155	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
172448851--172448943	27	3.6	26	85	2	125	40	19	6	33	1.77
172448845--172448973	26	5.0	26	76	9	122	37	18	9	34	1.83
172448851--172448970	51	2.3	53	87	8	167	40	19	7	32	1.79
172448953--172449015	27	2.3	27	88	0	90	39	19	15	25	1.91
172448851--172448999	78	1.9	78	80	5	176	39	19	9	31	1.83
172449631--172449689	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
172453476--172453578	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
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172465933--172466153	23	9.7	23	82	6	243	30	25	19	23	1.98
172470054--172470154	50	2.0	50	98	0	193	40	18	20	19	1.92
172470806--172470884	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
172470759--172471074	47	6.6	49	92	2	459	28	30	8	32	1.86
172470811--172471099	98	3.1	94	87	5	304	31	28	7	32	1.85
172473928--172473971	22	2.0	22	100	0	88	50	18	4	27	1.66
172474850--172475085	40	5.9	40	96	0	418	25	27	20	25	1.99
172475801--172475863	31	2.1	31	87	3	92	22	22	15	39	1.92
172477593--172477666	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
172485718--172485791	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
172487516--172487586	23	3.1	23	95	2	126	28	21	19	30	1.97
172487637--172487703	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172487637--172487692	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
172487740--172487787	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
172496785--172496915	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
172496802--172496952	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
172500527--172500699	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
172500524--172500694	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
172502917--172502954	16	2.4	16	100	0	76	44	0	13	42	1.43
172512445--172512496	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
172518466--172518591	40	3.2	40	89	3	184	23	21	27	27	1.99
172523347--172523395	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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