genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.456.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  456  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140414288--140414405	46	2.6	46	86	0	164	31	26	18	23	1.98
140421791--140421912	43	2.8	43	76	7	113	34	22	16	26	1.95
140423257--140423368	19	5.7	19	70	24	81	12	24	22	41	1.88
140423269--140423415	39	3.8	39	90	1	224	12	25	23	38	1.89
140425452--140425521	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
140433371--140433440	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
140437055--140437087	10	3.2	10	95	4	57	54	9	0	36	1.32
140440608--140440704	42	2.3	42	85	3	142	27	12	24	35	1.92
140444132--140444350	40	5.4	40	85	4	280	23	23	26	26	2.00
140462589--140462756	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
140462605--140462754	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
140468658--140468839	40	4.6	40	77	8	158	24	23	28	24	2.00
140468658--140468808	78	1.9	80	83	5	200	25	22	28	23	1.99
140474767--140474865	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
140482775--140482873	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
140492879--140492938	26	2.4	25	75	22	63	26	11	3	58	1.49
140493006--140493030	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
140493162--140493198	17	2.1	18	90	5	58	32	8	0	59	1.27
140493882--140493915	16	2.1	17	88	5	52	23	11	8	55	1.63
140503078--140503261	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
140503118--140503306	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
140519948--140520115	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140519948--140520115	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
140527992--140528118	40	3.2	40	91	0	200	22	22	28	26	1.99
140527951--140528118	80	2.1	79	85	4	221	23	21	27	27	1.99
140537161--140537327	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
140537161--140537327	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
140543468--140543692	49	4.5	49	85	2	270	25	17	27	29	1.98
140543468--140543649	99	1.8	101	87	2	278	26	17	26	29	1.98
140547673--140547864	40	4.8	40	88	5	266	28	19	26	25	1.99
140547673--140547905	40	5.8	40	85	7	230	27	20	26	25	1.99
140547673--140547905	80	2.9	80	81	9	262	27	20	26	25	1.99
140547673--140547905	120	1.9	120	79	10	262	27	20	26	25	1.99
140550752--140550783	15	2.1	15	100	0	64	40	12	31	15	1.85
140551420--140551587	40	4.2	40	80	2	178	26	27	20	25	1.99
140559412--140559579	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
140568785--140568893	36	2.9	37	87	6	141	23	27	22	25	2.00
140568754--140568893	36	3.7	36	82	8	138	24	27	22	25	2.00
140576883--140576993	37	2.9	37	86	7	143	24	27	22	25	2.00
140576853--140576992	40	3.6	38	83	7	149	24	28	22	24	1.99
140576885--140577030	77	1.9	76	83	8	188	23	26	23	26	2.00
140578723--140578831	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
140578723--140578831	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
140598656--140598846	48	4.0	48	86	0	229	25	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140598666--140598846	96	1.9	96	85	0	254	25	18	30	24	1.98
140600899--140600934	10	3.6	10	92	0	63	19	33	11	36	1.87
140606839--140607095	40	6.4	40	89	4	360	24	21	27	26	1.99
140611708--140611917	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
140619738--140619906	40	4.2	40	84	4	216	21	28	24	25	1.99
140619738--140619906	79	2.1	80	84	3	216	21	28	24	25	1.99
140624871--140625131	48	5.4	48	95	0	450	34	7	27	30	1.84
140625304--140625443	37	3.8	37	93	0	235	24	18	31	25	1.98
140627276--140627421	37	3.9	37	93	0	229	26	32	17	23	1.97
140627563--140628043	48	10.0	48	96	0	845	29	28	6	35	1.82
140630610--140630777	40	4.2	40	85	3	205	26	28	21	23	1.99
140630610--140630777	80	2.1	80	87	2	239	26	28	21	23	1.99
140637904--140638025	62	2.0	62	90	0	190	25	18	11	44	1.83
140640052--140640330	138	2.0	137	91	0	450	45	5	8	40	1.59
140655338--140655389	25	2.1	25	82	7	61	15	11	23	50	1.76
140661837--140662018	78	2.3	80	81	8	203	23	27	24	25	2.00
140661837--140662018	40	4.6	39	79	8	181	23	27	24	25	2.00
140669873--140670001	40	3.3	39	84	9	147	21	27	25	25	2.00
140672917--140673080	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
140672917--140673114	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
140679088--140679215	39	3.3	39	77	6	134	23	27	23	25	2.00
140687103--140687270	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140687119--140687268	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
140691578--140691623	3	15.3	3	100	0	92	0	34	0	65	0.93
140692478--140692608	48	2.8	47	80	8	144	25	19	29	24	1.99
140692533--140692649	48	2.4	48	79	2	126	27	17	29	24	1.98
140699740--140699869	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
140709287--140709394	37	2.9	37	91	0	180	24	33	18	24	1.97
140709439--140709774	48	7.0	48	88	0	483	28	27	8	35	1.86
140709439--140709774	144	2.3	144	96	0	618	28	27	8	35	1.86
140713577--140713748	46	3.7	45	79	7	184	22	19	27	29	1.98
140713570--140713740	93	1.8	93	88	0	261	22	21	27	28	1.99
140715973--140716025	25	2.1	26	83	16	67	43	1	33	20	1.63
140717382--140717447	2	33.0	2	100	0	132	0	50	0	50	1.00
140719984--140720145	40	4.1	39	80	4	155	25	27	21	25	1.99
140725914--140725983	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
140734184--140734383	39	5.2	39	77	10	203	24	27	23	24	2.00
140734207--140734383	40	4.6	39	80	7	186	23	26	24	25	2.00
140742220--140742420	38	5.1	40	75	8	189	24	27	23	24	2.00
140742243--140742420	78	2.3	78	82	6	218	23	26	24	25	2.00
140745409--140745435	13	2.1	13	100	0	54	59	7	0	33	1.25
140758618--140758695	27	3.0	25	77	20	72	29	12	25	32	1.93
140758626--140758695	27	2.5	28	90	2	106	28	14	27	30	1.95
140766410--140766478	27	2.5	28	86	6	97	28	13	27	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140768544--140768591	24	2.0	24	91	0	78	31	35	14	18	1.91
140770768--140770949	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
140770768--140770949	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
140778677--140778858	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
140778677--140778858	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
140786103--140786255	73	2.0	77	91	8	253	26	10	24	38	1.88
140786783--140786928	38	3.7	40	79	4	147	25	23	28	23	2.00
140786783--140786932	77	1.9	80	86	4	216	25	22	28	23	1.99
140789524--140789593	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
140797411--140797479	27	2.5	28	92	2	113	30	11	24	33	1.91
140797434--140797492	27	2.2	27	81	6	66	32	15	20	32	1.93
140807584--140807665	42	1.9	43	92	2	139	26	17	25	30	1.97
140809958--140810032	26	2.9	26	86	4	98	37	8	18	36	1.80
140814766--140814801	17	2.1	17	94	0	63	41	11	0	47	1.39
140815081--140815152	29	2.4	29	97	2	135	36	12	5	45	1.65
140817983--140818108	50	2.6	49	85	1	162	31	29	15	23	1.95
140820438--140820523	43	2.0	43	83	0	109	24	19	26	29	1.99
140826081--140826262	40	4.6	40	90	2	278	23	23	26	26	2.00
140831385--140831413	14	2.1	14	100	0	58	37	13	6	41	1.72
140831539--140831655	42	2.8	43	79	7	141	29	27	15	28	1.96
140834007--140834164	68	2.3	67	95	0	262	31	13	29	24	1.94
140834041--140834238	68	2.9	68	84	7	192	34	15	28	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140841535--140841676	59	2.3	62	83	14	188	34	15	27	22	1.94
140850410--140850484	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
140850468--140850541	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
140855159--140855284	40	3.2	40	75	10	116	26	24	26	22	2.00
140862606--140862731	40	3.2	40	75	10	116	26	24	26	22	2.00
140865554--140865761	79	2.6	81	81	6	230	25	27	22	24	2.00
140865558--140865761	40	5.1	39	78	8	187	25	27	22	24	2.00
140874797--140874924	47	2.7	48	80	13	160	29	28	19	21	1.98
140874802--140874945	46	3.1	44	75	15	132	29	28	19	22	1.98
140877312--140877400	30	3.0	30	78	14	94	57	14	16	11	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770