genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  231  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69336317--69336361	16	3.0	16	81	12	60	64	8	4	22	1.40
69339363--69339475	37	3.1	37	94	0	190	27	31	19	21	1.97
69339680--69339873	47	4.1	47	88	0	280	26	29	11	32	1.92
69339773--69339846	22	3.2	22	66	23	62	24	29	13	32	1.93
69346878--69347030	39	3.9	39	90	0	234	24	20	30	23	1.99
69346879--69347061	39	4.6	39	87	0	231	24	22	30	22	1.99
69357264--69357489	40	5.7	40	81	4	217	26	23	27	22	2.00
69357267--69357498	120	1.9	120	80	6	265	25	23	28	22	2.00
69361227--69361301	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
69361359--69361662	40	7.6	40	90	0	446	25	23	26	24	2.00
69364834--69365551	47	15.3	47	88	2	1048	33	8	30	27	1.86
69370883--69371010	27	4.7	27	90	0	193	32	14	14	38	1.86
69370883--69371038	54	2.9	54	81	4	136	33	16	14	35	1.89
69371003--69371092	27	3.3	27	82	3	110	40	20	18	21	1.92
69370882--69371053	82	2.1	80	78	7	177	34	17	13	34	1.89
69371154--69371203	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
69371510--69371603	34	2.8	34	86	0	134	30	21	20	27	1.98
69373111--69373269	84	1.9	83	83	7	205	30	28	16	25	1.97
69373116--69373283	43	4.0	43	77	7	119	30	27	16	25	1.97
69387018--69387325	153	2.0	154	99	0	609	25	11	25	37	1.90
69389613--69389643	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
69389610--69389649	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69389721--69389765	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
69389838--69390029	53	3.7	53	84	5	214	21	23	16	37	1.93
69389838--69390093	55	4.8	54	81	7	249	22	24	16	37	1.93
69389885--69390085	108	1.8	110	87	4	300	23	24	17	34	1.96
69397690--69397834	53	2.7	52	78	8	148	22	24	18	34	1.96
69397690--69397889	55	3.7	54	77	6	163	22	24	17	35	1.95
69397690--69397890	108	1.8	110	82	4	264	22	24	17	35	1.95
69413710--69413976	81	3.3	81	88	1	394	35	17	21	25	1.95
69413711--69413972	54	4.9	54	88	0	382	35	18	21	24	1.96
69413711--69413976	27	9.9	27	87	0	327	35	18	21	25	1.95
69414032--69414138	56	1.9	56	100	0	214	23	6	30	39	1.80
69416437--69416704	27	10.0	27	84	2	335	36	18	20	24	1.94
69416437--69416690	53	4.7	52	85	4	319	36	18	20	24	1.95
69419066--69419194	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
69419101--69419247	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
69419082--69419247	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
69436338--69436371	17	1.9	17	88	5	50	20	11	26	41	1.87
69436910--69436946	18	2.1	19	90	10	60	10	27	43	18	1.83
69437059--69437149	26	3.6	25	69	15	78	39	16	13	30	1.87
69443001--69443047	17	2.8	17	80	6	51	51	6	4	38	1.47
69448420--69448480	6	10.5	6	80	3	54	11	6	3	78	1.05
69448432--69448490	17	3.5	16	77	11	55	15	6	1	76	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69451513--69451642	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
69451529--69451679	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
69451513--69451679	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
69473918--69473965	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
69474013--69474068	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
69474002--69474068	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
69474111--69474236	24	5.3	24	93	3	202	29	21	22	26	1.99
69474111--69474229	47	2.5	47	94	0	202	29	21	21	27	1.98
69474443--69474503	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
69480918--69480951	17	1.9	18	88	5	52	44	5	0	50	1.26
69489250--69489389	34	4.0	34	82	7	165	43	17	7	31	1.76
69489250--69489389	70	2.0	70	86	6	194	43	17	7	31	1.76
69489265--69489403	69	2.0	70	84	4	183	41	18	7	32	1.78
69498003--69498095	43	2.2	43	83	9	111	32	29	15	23	1.95
69502542--69502627	24	3.6	24	91	0	136	32	25	17	24	1.97
69508289--69508397	42	2.6	43	75	4	114	27	20	25	26	1.99
69509800--69510020	40	5.6	40	92	2	358	27	25	22	24	2.00
69513663--69513843	78	2.3	80	83	7	221	24	23	27	24	2.00
69513664--69513841	39	4.6	38	74	10	146	25	24	26	23	2.00
69515734--69515905	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
69515726--69515901	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
69518285--69518373	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69518285--69518364	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
69518296--69518373	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
69521321--69521492	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
69521313--69521488	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
69527160--69527348	39	4.8	39	86	1	216	23	30	21	23	1.99
69527196--69527349	39	3.9	39	90	1	236	23	31	20	24	1.98
69527196--69527348	78	1.9	80	93	2	265	23	30	20	24	1.99
69533245--69533429	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
69533246--69533437	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
69533245--69533462	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
69540829--69540858	15	2.0	15	100	0	60	26	6	26	40	1.81
69548142--69548309	40	4.2	40	78	13	177	25	21	27	25	1.99
69548144--69548309	80	2.1	80	86	4	228	25	21	27	25	1.99
69553732--69553902	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
69553724--69553899	46	3.8	46	77	15	200	29	28	20	21	1.98
69561942--69562121	27	6.7	27	90	2	254	28	22	9	40	1.85
69561942--69562121	81	2.2	81	89	3	281	28	22	9	40	1.85
69562073--69562293	27	8.2	27	74	12	150	39	23	7	28	1.82
69561965--69562185	54	4.1	54	83	1	201	33	23	8	35	1.84
69561965--69562149	81	2.3	81	81	5	221	30	22	8	38	1.84
69562114--69562402	27	10.7	27	80	5	210	39	21	11	27	1.87
69562114--69562309	81	2.4	80	81	8	234	41	21	8	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69562143--69562293	81	1.9	81	90	2	241	42	24	7	25	1.81
69562143--69562334	81	2.4	80	82	6	235	40	21	9	28	1.84
69562100--69562334	54	4.4	54	83	4	251	40	21	8	29	1.84
69562337--69562499	27	6.0	27	87	2	211	36	20	19	23	1.95
69562328--69562499	81	2.1	81	85	5	233	37	19	18	24	1.94
69562704--69562797	25	3.8	25	88	1	136	26	24	21	27	1.99
69562712--69562807	25	4.0	24	87	2	104	28	22	19	29	1.98
69563964--69564024	27	2.2	27	85	2	77	21	14	37	26	1.92
69564344--69564603	27	9.7	27	82	6	260	38	20	11	30	1.88
69564344--69564630	54	5.3	54	83	2	294	37	20	11	29	1.88
69564474--69564643	27	6.3	27	79	6	121	40	18	11	29	1.85
69564610--69564686	26	2.9	27	79	9	88	31	16	22	29	1.96
69566878--69567120	49	4.9	49	79	4	265	26	17	25	29	1.98
69568558--69568668	55	2.0	56	98	1	215	27	16	16	40	1.89
69572493--69572546	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
69572794--69572932	51	2.8	49	80	10	156	28	21	23	26	1.99
69574072--69574104	17	1.9	17	88	11	50	12	33	12	42	1.79
69579202--69579321	28	4.3	28	89	0	168	21	13	35	30	1.92
69579640--69580005	27	13.6	27	79	2	344	39	21	9	29	1.85
69579640--69580005	81	4.5	81	79	3	380	39	21	9	29	1.85
69579932--69580019	27	3.3	27	77	3	70	40	21	11	26	1.87
69583222--69583329	37	2.9	38	91	2	175	24	32	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69583470--69583711	48	5.0	48	91	0	385	31	26	6	36	1.81
69589188--69589278	41	2.2	41	84	3	112	21	28	27	21	1.99
69590007--69590081	3	25.0	3	94	0	114	30	0	36	33	1.58
69592190--69592415	113	2.0	113	100	0	452	37	15	19	27	1.92
69595212--69595337	40	3.2	40	88	0	189	23	23	27	24	2.00
69600336--69600519	40	4.6	39	79	6	156	28	21	26	23	1.99
69606017--69606043	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
69608419--69608593	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
69608426--69608597	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
69615916--69616176	40	6.6	40	91	1	400	26	29	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770