genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  121  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35220392--35220434	17	2.5	17	96	0	77	16	16	32	34	1.91
35220930--35220962	12	2.6	13	90	4	50	9	3	9	78	1.05
35225941--35226044	45	2.3	45	80	3	120	31	26	22	19	1.97
35226018--35226374	43	8.3	43	93	1	527	34	33	22	10	1.88
35237537--35237708	93	1.8	93	86	2	247	29	27	20	23	1.99
35240714--35240810	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
35241377--35241473	30	3.2	30	70	8	81	28	26	14	29	1.95
35242714--35242765	21	2.5	20	82	17	54	75	5	19	0	1.01
35242856--35242880	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
35242850--35242905	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
35242856--35242937	30	2.7	31	79	5	96	63	3	21	10	1.42
35245079--35245166	30	2.9	30	75	0	104	27	28	17	27	1.97
35248193--35248217	10	2.5	10	100	0	50	20	0	0	80	0.72
35248743--35248805	11	6.0	10	73	23	58	77	1	17	3	0.97
35248732--35248803	21	3.4	21	78	16	69	77	2	16	2	1.00
35248743--35248805	5	12.0	5	76	18	58	77	1	17	3	0.97
35248852--35248882	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
35250556--35250585	15	2.0	15	100	0	60	40	6	33	20	1.78
35251192--35251288	30	3.2	30	76	2	97	27	26	16	28	1.97
35253132--35253156	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
35258435--35258459	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
35260454--35260508	19	3.1	17	81	7	65	34	14	9	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35265071--35265120	17	2.8	17	87	9	64	32	12	12	44	1.78
35266570--35266656	45	2.0	45	86	2	122	35	20	18	25	1.95
35268456--35268507	19	2.7	19	87	0	86	26	7	13	51	1.67
35268494--35268527	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
35273480--35273533	21	2.5	22	76	8	58	66	3	24	5	1.29
35273599--35273644	17	2.6	18	79	6	58	63	0	28	8	1.24
35275404--35275462	26	2.3	25	80	11	66	67	3	1	27	1.16
35275436--35275494	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
35276199--35276254	9	6.2	9	77	20	55	25	0	19	55	1.43
35276203--35276270	37	1.9	33	85	11	91	25	0	19	55	1.43
35276218--35276266	11	4.3	11	78	17	55	26	0	18	55	1.43
35276347--35276396	24	2.1	24	88	0	73	30	14	24	32	1.94
35277011--35277051	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
35277014--35277052	20	2.0	20	89	0	60	76	5	0	17	0.96
35277071--35277127	9	6.3	9	89	0	60	28	7	21	43	1.78
35280343--35280439	30	3.2	30	68	8	81	28	15	27	27	1.96
35285000--35285117	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
35284968--35285131	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
35292579--35292696	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
35292547--35292710	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
35299160--35299343	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
35299200--35299388	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35303453--35303561	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
35304754--35304920	40	4.2	40	77	6	144	25	21	27	25	1.99
35306448--35306625	46	3.8	46	78	10	175	25	27	16	30	1.97
35306396--35306619	94	2.4	94	78	10	244	23	25	19	31	1.98
35313708--35313837	46	2.8	46	79	4	138	24	27	17	30	1.97
35316711--35317093	188	2.0	188	84	3	502	30	18	18	33	1.95
35316907--35316993	44	2.0	44	83	0	111	31	14	19	34	1.92
35316973--35317168	44	4.3	45	72	15	152	27	23	19	29	1.98
35316922--35317187	138	1.9	137	83	3	345	29	20	19	30	1.97
35324310--35324472	43	3.8	44	79	5	147	29	16	22	31	1.96
35325243--35325291	22	2.2	20	77	19	53	20	4	26	48	1.67
35331194--35331253	8	7.6	8	75	1	59	51	18	21	8	1.72
35331194--35331252	24	2.5	24	85	0	82	52	18	20	8	1.71
35331463--35331583	29	4.2	28	82	2	125	28	14	28	27	1.96
35331476--35331586	58	1.9	57	83	1	141	27	15	30	27	1.96
35335684--35335713	14	2.1	14	93	0	51	30	20	13	36	1.90
35338046--35338185	27	5.2	27	87	7	189	35	23	24	17	1.95
35338046--35338185	54	2.6	54	94	1	246	35	23	24	17	1.95
35339800--35339907	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
35345185--35345317	27	5.0	27	84	6	173	35	22	24	18	1.96
35345181--35345317	54	2.5	54	90	2	222	35	21	24	18	1.95
35346940--35347047	26	4.2	26	89	0	171	34	24	9	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35347478--35347856	50	7.6	50	87	2	494	24	17	28	29	1.97
35347478--35347869	150	2.6	150	88	0	561	25	17	28	29	1.97
35347729--35347812	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
35350601--35350679	15	5.3	15	71	14	65	12	17	16	53	1.73
35352700--35352759	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
35353510--35353593	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
35353409--35353651	49	4.9	49	82	3	288	24	18	27	29	1.98
35361919--35362078	49	3.3	49	92	1	261	34	7	28	29	1.85
35364768--35364802	12	2.9	12	100	0	70	22	8	42	25	1.82
35366277--35366443	37	4.5	36	74	4	136	31	14	14	38	1.87
35367254--35367298	22	2.0	22	83	8	56	44	17	4	33	1.69
35367510--35367628	56	2.1	56	98	1	229	28	19	17	34	1.95
35369915--35370049	56	2.4	56	96	0	243	27	14	26	31	1.95
35369915--35370078	56	2.9	56	89	3	215	26	15	28	30	1.96
35372838--35372942	46	2.3	45	83	4	138	32	13	24	29	1.93
35387075--35387206	39	3.4	39	90	0	210	21	27	23	28	1.99
35394795--35394828	10	3.3	11	88	12	54	44	8	0	47	1.34
35395036--35395163	39	3.3	39	97	0	238	22	28	23	25	1.99
35407255--35407319	15	4.3	15	68	14	53	47	9	0	43	1.35
35410377--35410652	77	3.6	77	88	4	400	18	20	29	31	1.97
35410377--35410655	151	1.8	152	89	4	438	18	20	29	31	1.97
35410377--35410655	38	7.3	39	89	6	403	18	20	29	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35416916--35417208	39	7.5	39	95	2	511	18	23	29	29	1.98
35416916--35417207	77	3.8	77	94	1	505	18	23	29	29	1.98
35422540--35422749	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
35430671--35430920	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
35433169--35433221	15	3.5	15	82	5	63	13	15	11	60	1.59
35433165--35433221	30	1.9	30	85	7	80	12	14	15	57	1.65
35435817--35435952	48	2.9	47	82	5	159	28	14	24	32	1.95
35437020--35437047	10	2.8	10	100	0	56	21	10	21	46	1.81
35440965--35441332	47	7.7	47	94	1	576	32	7	30	29	1.86
35446895--35446964	2	35.0	2	94	0	122	52	0	0	47	1.00
35451238--35451348	43	2.6	43	81	7	129	28	19	23	27	1.98
35451231--35451349	42	2.8	42	77	8	134	27	19	23	29	1.98
35453492--35453685	49	3.9	49	80	6	212	25	18	28	27	1.98
35458294--35458418	46	2.7	46	90	4	182	30	28	20	21	1.98
35471683--35471738	22	2.5	22	82	0	67	41	12	10	35	1.78
35474298--35474492	49	3.9	48	80	5	219	28	26	18	26	1.98
35474298--35474490	100	1.9	100	89	2	298	28	25	18	26	1.98
35478635--35478810	49	3.6	49	81	1	226	30	25	18	26	1.98
35478620--35478815	99	2.0	99	89	0	302	30	23	18	27	1.98
35481375--35481549	46	3.8	45	80	9	183	24	30	16	28	1.97
35481872--35481930	30	2.0	29	83	3	73	27	22	11	38	1.89
35484544--35484575	16	1.9	17	93	6	57	50	34	6	9	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35496678--35496787	42	2.6	42	75	1	112	24	17	23	34	1.96
35501894--35502016	42	2.9	42	87	1	165	28	24	16	30	1.96
35502118--35502212	46	2.1	46	95	0	172	41	20	4	34	1.71
35508480--35508642	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
35508480--35508672	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
35516415--35516577	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
35516415--35516607	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
35527543--35527695	39	3.9	39	92	0	243	23	20	32	24	1.98
35527544--35527726	39	4.6	39	89	0	240	23	21	31	23	1.99
35530135--35530273	29	4.8	29	86	2	165	27	33	13	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770