genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  120  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34825010--34825170	40	4.0	40	82	4	166	25	19	27	26	1.99
34828419--34828591	43	4.1	43	76	6	165	32	23	15	27	1.95
34828424--34828580	86	1.8	85	82	4	199	31	24	16	26	1.96
34832880--34832921	22	2.0	22	95	4	77	21	28	40	9	1.84
34839166--34839372	53	3.8	53	76	4	182	38	17	23	21	1.93
34842054--34842173	39	3.2	39	67	21	119	35	10	22	31	1.89
34842030--34842178	74	2.0	74	100	0	298	34	9	22	33	1.87
34857139--34857221	27	3.1	26	78	13	80	31	14	19	34	1.92
34857180--34857248	27	2.6	27	79	9	86	31	11	23	33	1.90
34858644--34858673	11	2.6	12	89	10	53	30	33	0	36	1.58
34859370--34859516	55	2.7	53	79	2	150	40	17	23	19	1.91
34859334--34859529	53	3.6	53	77	4	133	38	16	22	21	1.92
34862478--34862620	40	3.6	39	80	11	157	26	27	20	24	1.99
34865028--34865209	39	4.6	40	82	4	172	23	25	22	28	1.99
34873148--34873260	39	2.9	39	86	5	140	23	27	22	27	1.99
34873118--34873260	40	3.7	38	83	4	144	23	27	22	25	1.99
34886755--34886945	39	4.9	39	91	0	301	21	25	28	24	1.99
34904048--34904214	40	4.2	40	81	3	176	24	26	22	25	2.00
34904064--34904171	39	2.7	39	85	7	130	24	29	24	22	1.99
34907673--34907753	37	2.2	37	95	0	144	38	13	8	39	1.76
34916581--34916618	2	20.0	2	86	10	53	50	2	0	47	1.15
34916583--34916626	14	3.3	13	84	12	54	50	4	0	45	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34917362--34917474	42	2.7	42	78	12	115	31	26	17	23	1.97
34924385--34924546	43	3.8	44	71	9	129	27	17	25	29	1.97
34927824--34928077	68	3.9	64	78	11	167	30	16	28	24	1.97
34929149--34929177	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
34930743--34930888	73	2.0	73	98	0	283	28	24	21	26	1.99
34931153--34931330	97	1.8	97	96	0	329	42	17	8	30	1.80
34933441--34933661	79	2.8	78	83	10	259	26	21	26	25	1.99
34933438--34933661	119	1.9	120	82	10	289	25	21	26	25	2.00
34933438--34933661	40	5.6	40	82	9	212	25	21	26	25	2.00
34933444--34933694	79	3.2	78	78	12	237	27	20	25	25	1.99
34937989--34938160	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
34937982--34938157	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
34945379--34945549	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
34945371--34945546	46	3.8	46	79	12	216	29	28	20	21	1.98
34952242--34952878	94	6.8	94	87	3	795	22	28	19	29	1.98
34953151--34953208	30	1.9	30	85	0	80	29	22	12	36	1.90
34960062--34960416	47	7.7	43	74	15	194	22	29	19	28	1.98
34960062--34960416	94	3.8	91	80	11	343	22	29	19	28	1.98
34960107--34960413	141	2.2	140	83	4	377	22	29	19	28	1.98
34960756--34960813	30	1.9	30	89	0	89	27	24	13	34	1.93
34960899--34960936	20	2.0	20	89	5	60	34	18	0	47	1.49
34965582--34965709	49	2.6	49	82	4	134	28	22	28	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34965679--34965796	44	2.7	44	90	2	184	22	17	33	27	1.96
34965582--34965873	49	6.2	47	75	11	129	26	19	30	23	1.98
34971386--34971573	39	4.9	38	92	4	297	21	31	22	24	1.98
34971386--34971574	75	2.4	78	91	4	312	21	32	22	24	1.98
34978909--34979135	39	5.9	39	93	2	370	20	31	23	24	1.98
34986418--34986614	39	5.1	40	86	5	230	21	31	22	24	1.98
34986448--34986640	39	5.2	39	86	9	239	21	31	21	24	1.98
34986448--34986614	73	2.2	79	89	6	256	21	31	22	24	1.98
34995078--34995238	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
35000846--35001050	53	3.8	53	72	7	180	39	17	24	19	1.92
35006151--35006301	40	3.8	39	86	7	173	24	27	23	24	2.00
35006151--35006262	40	2.8	39	93	4	181	23	27	23	25	2.00
35006084--35006301	40	5.5	40	79	7	153	25	27	22	24	2.00
35017697--35017845	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
35017738--35017845	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
35022614--35022650	18	2.2	18	85	9	51	37	16	8	37	1.78
35023291--35023359	36	1.9	36	87	0	102	26	23	11	39	1.88
35027071--35027196	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
35045602--35045817	39	5.5	40	90	4	325	24	23	27	24	2.00
35045598--35045817	79	2.8	79	90	4	329	25	23	27	24	2.00
35053888--35054105	40	5.5	40	90	2	316	24	22	27	25	2.00
35059049--35059091	18	2.4	18	84	7	52	74	0	20	4	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35062940--35062992	25	2.1	25	96	0	97	30	13	28	28	1.94
35063694--35063860	61	2.8	60	86	7	214	41	1	2	53	1.24
35064032--35064085	16	3.4	16	89	0	81	35	27	1	35	1.68
35082665--35082839	46	3.8	46	78	6	201	21	21	28	28	1.99
35082662--35082832	92	1.9	92	93	0	297	21	22	28	27	1.99
35086368--35086407	20	2.0	20	100	0	80	30	35	0	35	1.58
35093733--35093759	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
35102408--35102454	21	2.2	21	84	0	58	25	8	14	51	1.71
35105019--35105152	48	2.8	48	85	4	162	27	27	19	25	1.99
35107519--35107593	28	2.7	27	83	4	96	37	21	18	22	1.94
35109062--35109202	9	15.4	9	71	14	67	67	2	2	28	1.14
35109153--35109249	18	5.3	18	75	15	83	65	2	2	29	1.15
35109115--35109211	35	2.8	35	76	14	85	63	3	0	32	1.10
35109154--35109233	10	8.5	10	73	15	73	66	2	1	30	1.13
35109285--35109359	28	2.6	28	81	6	80	64	4	4	28	1.30
35109315--35109370	20	2.8	19	78	5	58	64	3	1	30	1.21
35109308--35109359	9	5.6	9	76	15	52	63	3	1	30	1.23
35109310--35109368	28	2.1	28	81	12	68	62	5	1	30	1.26
35109913--35109994	19	4.3	18	75	16	69	34	2	1	62	1.16
35109913--35110047	9	15.0	9	72	14	93	32	2	1	63	1.15
35110421--35110490	31	2.3	32	80	9	83	41	18	14	25	1.88
35120031--35120180	75	2.0	75	98	0	291	31	16	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35133759--35133915	67	2.3	67	78	12	167	21	28	15	34	1.94
35138132--35138211	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
35138724--35138750	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
35146010--35146089	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
35153023--35153178	85	1.8	85	83	2	206	26	18	27	27	1.98
35155427--35155477	25	2.0	25	100	0	102	31	11	23	33	1.91
35159926--35160063	43	3.2	43	75	8	131	28	20	24	26	1.99
35159923--35160079	85	1.8	85	82	5	201	26	22	26	25	2.00
35161898--35162122	49	4.5	49	88	3	308	25	17	27	29	1.97
35169047--35169097	25	2.0	25	100	0	102	27	7	29	35	1.85
35171652--35171733	18	4.4	18	68	17	51	65	6	20	7	1.39
35173430--35173468	20	1.9	21	89	5	62	20	28	17	33	1.96
35175077--35175107	7	4.4	7	95	0	53	9	0	58	32	1.31
35176638--35176754	27	4.3	27	82	2	112	40	19	18	21	1.92
35177100--35177155	18	3.1	18	82	10	78	21	17	19	41	1.91
35178994--35179062	21	3.4	21	84	11	74	65	1	21	11	1.33
35179029--35179075	18	2.5	19	89	6	69	68	2	23	6	1.24
35193290--35193386	34	3.0	31	83	8	106	28	26	22	21	1.99
35195149--35195257	54	2.0	54	98	0	209	21	36	16	25	1.94
35200674--35200708	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
35202295--35202344	25	2.0	25	84	7	66	42	8	10	40	1.68
35202452--35202568	62	1.9	61	87	5	175	50	4	4	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35202983--35203032	5	10.4	5	78	8	59	38	0	4	58	1.17
35202982--35203031	9	5.3	9	83	7	64	40	0	4	56	1.18
35202983--35203032	14	3.5	14	78	13	57	38	0	4	58	1.17
35214875--35214934	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
35214881--35214928	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
35215146--35215182	12	3.0	12	92	7	65	72	8	2	16	1.19
35215149--35215183	13	2.7	13	95	0	61	80	5	2	11	1.00
35216227--35216282	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
35219507--35219566	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
35219513--35219560	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770