genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  136  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39983884--39984023	27	5.2	27	82	1	165	37	18	18	25	1.93
39983667--39983982	54	5.9	54	71	11	186	39	21	11	27	1.87
39983667--39983929	81	3.3	80	85	4	307	40	21	9	29	1.84
39983774--39984023	81	3.1	80	80	6	204	40	20	13	26	1.89
39983860--39984014	54	2.9	54	82	2	179	36	20	18	25	1.95
39985477--39985738	48	5.6	47	76	11	229	25	30	16	27	1.97
39985568--39985787	47	4.8	45	77	12	223	24	30	17	27	1.97
39985524--39985787	92	2.8	92	90	2	386	25	30	16	27	1.97
39985428--39985787	48	7.7	48	73	13	209	25	29	16	28	1.97
39985428--39985784	140	2.5	140	78	12	376	24	29	16	28	1.97
40003544--40003675	29	4.5	29	93	1	228	37	15	23	23	1.92
40003544--40003675	59	2.3	58	94	1	228	37	15	23	23	1.92
40003514--40003675	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	24	1.93
40011564--40011695	29	4.5	29	93	3	221	37	14	23	24	1.92
40011564--40011695	59	2.3	58	94	1	228	37	14	23	24	1.92
40011534--40011695	88	1.8	89	89	4	256	36	14	24	25	1.93
40013927--40014059	45	3.0	45	80	7	150	27	20	26	25	1.99
40024875--40025119	49	4.9	49	77	5	242	31	27	17	24	1.97
40024931--40025011	25	3.2	26	65	25	64	30	27	18	23	1.98
40024882--40025113	100	2.3	98	84	2	284	31	27	16	23	1.96
40027830--40028089	139	1.9	140	82	8	332	24	30	16	29	1.96
40027774--40028089	47	6.7	48	73	14	196	25	31	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40039520--40039624	53	2.0	53	98	0	201	30	12	22	34	1.91
40055848--40055918	35	2.0	35	91	0	115	47	16	5	29	1.70
40065101--40065140	21	1.9	21	85	10	55	45	2	17	35	1.62
40067512--40067719	27	7.7	27	92	0	335	32	14	16	37	1.89
40067518--40067747	54	4.3	53	82	6	239	34	14	16	34	1.89
40067519--40067747	81	2.8	81	82	5	284	34	14	16	34	1.89
40068163--40068212	18	2.7	19	78	9	59	22	20	20	38	1.94
40069938--40070119	90	2.0	90	92	0	301	31	10	20	36	1.87
40077875--40077935	31	2.0	31	93	0	104	45	8	1	44	1.43
40079056--40079098	15	2.9	14	89	6	59	16	6	2	74	1.14
40082429--40082470	21	2.0	21	85	0	57	50	7	33	9	1.62
40083597--40083631	17	2.1	17	100	0	70	37	11	11	40	1.77
40087686--40088143	39	11.7	39	87	1	583	28	26	23	21	1.99
40087686--40088143	118	3.9	117	86	2	585	28	26	23	21	1.99
40087686--40088143	157	2.9	156	87	0	637	28	26	23	21	1.99
40087700--40088145	196	2.3	196	92	0	748	28	26	23	21	1.99
40090127--40090289	39	4.2	39	90	0	245	23	32	19	23	1.98
40092384--40092526	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
40092344--40092525	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
40096275--40096444	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
40098026--40098387	189	1.9	189	90	2	575	35	18	12	33	1.88
40099781--40099881	28	3.5	29	83	6	116	28	27	13	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40101484--40101562	31	2.5	31	89	0	122	27	24	16	31	1.96
40101586--40101677	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
40101822--40101971	26	5.8	26	92	0	248	29	22	21	26	1.99
40102420--40102459	21	2.0	21	95	5	73	22	30	20	27	1.98
40102773--40102856	27	3.1	27	93	3	134	20	26	22	30	1.98
40102895--40103254	27	13.3	27	76	5	226	30	9	20	39	1.84
40103008--40103240	81	2.9	80	87	1	322	29	8	20	42	1.81
40102895--40103254	54	6.6	54	75	5	269	30	9	20	39	1.84
40103232--40103360	26	4.9	27	88	7	174	41	9	20	28	1.83
40103232--40103360	53	2.4	53	87	5	172	41	9	20	28	1.83
40116661--40116836	46	3.8	46	79	14	200	28	19	29	22	1.98
40120016--40120164	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40120057--40120164	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40127988--40128136	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40128029--40128136	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40131410--40131582	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
40131407--40131577	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
40131807--40131844	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
40138562--40138710	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
40138603--40138710	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
40141886--40141927	21	2.1	21	87	12	63	54	2	14	28	1.52
40141880--40141927	21	2.2	21	85	10	62	54	2	14	29	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40142276--40142445	46	3.7	46	79	9	195	21	20	27	30	1.98
40142275--40142441	92	1.8	91	90	1	271	22	19	28	29	1.98
40142670--40142707	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
40144501--40144810	49	6.6	49	72	9	159	24	30	18	26	1.98
40144449--40144626	98	1.8	97	81	3	223	24	29	20	25	1.99
40144686--40144813	46	2.8	46	81	0	148	23	30	19	26	1.98
40155857--40155929	29	2.5	29	95	0	137	27	15	30	27	1.96
40160590--40160759	40	4.2	40	82	1	189	25	26	23	24	2.00
40160590--40160759	80	2.1	80	82	4	209	25	26	23	24	2.00
40160590--40160795	40	5.2	40	78	6	168	25	25	22	26	2.00
40167064--40167225	58	2.8	59	85	3	195	26	16	32	25	1.96
40167064--40167165	29	3.5	29	94	0	186	29	14	29	26	1.95
40191201--40191267	34	2.0	34	85	5	91	23	22	19	34	1.97
40195542--40195945	50	8.0	50	77	3	380	27	15	25	31	1.96
40195656--40195941	151	1.9	151	88	1	430	27	16	24	31	1.96
40195554--40195942	201	1.9	201	83	2	494	26	15	25	32	1.96
40199460--40199519	15	4.0	15	86	0	75	13	18	13	55	1.70
40202489--40202824	50	6.7	50	84	3	379	27	15	25	32	1.95
40203035--40203066	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
40204825--40204851	11	2.5	11	100	0	54	44	29	0	25	1.54
40209220--40209291	34	2.2	33	85	12	94	22	22	22	33	1.97
40210614--40210814	40	5.1	40	91	3	273	22	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40214846--40214959	55	2.1	55	94	0	201	37	21	7	32	1.83
40219064--40219230	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
40219064--40219230	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
40220056--40220101	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
40227069--40227235	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
40227069--40227235	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
40228060--40228105	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
40231286--40231452	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
40239272--40239438	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
40239288--40239438	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
40242613--40242681	27	2.6	27	83	0	84	37	20	15	26	1.93
40242666--40242844	27	6.6	27	82	7	157	39	21	8	30	1.84
40242666--40242844	54	3.3	54	79	4	191	39	21	8	30	1.84
40242666--40242861	81	2.4	80	77	6	189	39	20	9	30	1.84
40242839--40243167	27	12.2	27	87	0	433	29	22	6	40	1.80
40242812--40243167	81	4.4	81	86	0	478	30	23	7	39	1.82
40243403--40243454	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
40243671--40243780	31	3.4	31	78	14	130	19	20	13	46	1.83
40243671--40243801	6	21.3	6	68	18	74	19	19	14	46	1.84
40243671--40243792	37	3.4	36	78	15	146	18	20	13	46	1.83
40246811--40246846	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
40257159--40257326	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40265124--40265291	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
40272877--40273039	42	3.8	42	85	5	213	26	28	18	26	1.98
40272872--40273037	84	2.0	86	86	7	241	26	28	18	27	1.98
40272846--40273046	42	4.7	44	82	7	209	25	27	18	28	1.98
40276626--40276651	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
40285613--40285728	57	2.0	57	85	6	155	25	13	30	30	1.94
40285613--40285719	29	3.8	28	83	9	121	25	14	29	30	1.94
40286001--40286050	26	1.9	26	87	0	73	46	26	14	14	1.81
40287070--40287227	44	3.6	45	69	15	118	24	16	24	34	1.95
40289390--40289441	27	1.9	27	96	0	95	32	17	15	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770