genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.706.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  706  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222838167--222838354	40	4.7	40	84	6	227	21	12	29	36	1.91
222838164--222838354	80	2.4	81	87	1	267	21	12	28	37	1.90
222842305--222842477	46	3.8	45	76	11	163	21	18	30	30	1.97
222842298--222842470	93	1.9	93	88	2	267	21	19	30	29	1.97
222848737--222848761	9	2.8	9	100	0	50	8	20	24	48	1.76
222851904--222852111	40	5.2	40	78	4	186	25	21	25	26	2.00
222861919--222862081	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
222868575--222868664	40	2.2	40	82	7	121	24	28	23	23	1.99
222876623--222876752	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
222880551--222880849	40	7.5	40	85	6	315	24	20	28	26	1.99
222880667--222880849	79	2.3	79	95	0	330	24	21	27	26	1.99
222884477--222885039	47	11.8	47	87	6	792	33	8	29	28	1.87
222884477--222885002	49	10.9	49	91	3	829	33	8	28	28	1.87
222884480--222885039	96	5.9	95	91	3	856	33	8	29	28	1.87
222884476--222885016	145	3.8	145	96	1	973	33	8	28	29	1.87
222885007--222885136	48	2.7	48	96	0	233	31	6	30	31	1.84
222885176--222885266	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
222887120--222887537	27	15.7	27	80	6	399	32	9	18	39	1.83
222887121--222887537	80	5.2	79	79	5	401	32	9	18	39	1.83
222887120--222887537	53	7.8	54	83	4	413	32	9	18	39	1.83
222887853--222887944	28	3.3	28	85	0	130	27	34	15	22	1.94
222889144--222889203	28	2.2	27	88	5	93	20	10	26	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222889151--222889209	28	2.1	28	96	0	109	18	11	23	45	1.83
222889379--222889458	27	3.0	26	79	3	79	27	21	18	32	1.97
222889393--222889460	27	2.5	27	85	0	91	26	19	19	35	1.95
222889442--222889703	27	9.7	26	80	5	272	30	8	20	40	1.83
222889418--222889722	54	5.6	53	75	14	232	29	10	20	39	1.86
222889447--222889703	81	3.2	80	84	3	327	30	8	20	40	1.82
222889442--222889703	54	4.9	54	85	1	328	30	8	20	40	1.83
222891449--222891549	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
222891478--222891553	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
222897918--222897966	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
222898789--222898955	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
222911472--222911607	40	3.4	40	93	3	222	25	28	22	24	1.99
222919376--222919513	40	3.5	40	94	3	226	23	28	23	23	1.99
222926682--222926786	46	2.2	49	88	6	153	37	15	24	22	1.93
222926682--222926822	46	3.0	46	80	8	140	35	15	24	24	1.94
222934651--222934801	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
222934688--222934817	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
222946255--222946421	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
222952220--222952403	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
222952260--222952448	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
222957332--222957366	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
222963479--222963613	39	3.5	39	73	8	114	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222965131--222965164	16	2.1	16	88	5	50	5	14	5	73	1.21
222976305--222976480	48	3.7	48	93	1	291	30	18	26	25	1.98
222976317--222976392	23	3.2	23	65	31	61	30	18	23	27	1.98
222976305--222976529	48	4.7	47	88	4	188	29	18	27	24	1.98
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223167716--223167775	30	2.0	30	83	0	75	31	23	8	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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223180437--223180474	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
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223211968--223212111	40	3.7	38	80	10	130	23	27	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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