genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.446.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  446  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137185253--137185290	19	2.0	19	94	0	67	23	15	28	31	1.96
137195846--137195991	38	3.8	39	77	11	106	28	22	28	21	1.99
137195887--137196014	40	3.3	39	80	4	150	24	23	28	24	2.00
137204599--137204749	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
137204599--137204749	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
137210722--137210839	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
137210690--137210853	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
137222780--137222952	93	1.9	93	93	0	301	27	30	21	21	1.98
137222773--137222948	46	3.8	46	79	10	196	28	29	21	21	1.98
137222824--137222967	46	3.1	46	73	14	143	29	29	20	21	1.98
137228274--137228430	68	2.3	68	80	3	174	26	15	17	40	1.90
137231149--137231267	43	2.8	43	90	0	184	11	21	32	33	1.90
137231437--137231595	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
137231434--137231602	58	2.9	58	96	0	304	21	19	30	28	1.98
137233845--137234001	68	2.3	68	84	3	201	25	14	18	41	1.89
137237536--137237628	35	2.7	35	86	0	132	33	20	18	27	1.96
137237567--137237631	18	3.7	18	70	4	51	38	20	15	26	1.92
137237497--137237615	17	6.9	17	70	13	73	34	19	18	27	1.95
137238070--137238095	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
137241467--137241502	18	2.0	18	100	0	72	33	33	11	22	1.89
137245277--137245349	29	2.5	29	88	4	85	26	31	16	26	1.96
137246518--137246573	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137248851--137249060	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
137257909--137258092	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
137257949--137258137	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
137266022--137266205	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
137266062--137266250	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
137269309--137269343	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
137269304--137269343	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
137269390--137269458	25	2.8	25	88	0	84	27	24	21	26	1.99
137269405--137269471	25	2.7	25	78	15	68	31	20	20	26	1.98
137277234--137277268	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
137277229--137277268	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
137277265--137277292	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
137277329--137277395	23	2.8	25	88	6	102	26	25	22	25	2.00
137277329--137277402	24	3.1	24	83	11	89	31	22	20	25	1.98
137277333--137277422	25	3.7	23	81	11	83	26	24	22	26	2.00
137281799--137281835	12	3.1	12	92	0	65	0	24	24	51	1.49
137284376--137284596	45	5.0	45	79	4	220	33	25	15	24	1.95
137285691--137285719	14	2.0	15	93	6	51	48	24	0	27	1.51
137291846--137291877	16	1.9	17	93	6	57	28	3	18	50	1.62
137298499--137298709	50	4.3	49	77	10	218	21	27	20	29	1.98
137298528--137298705	95	1.9	95	91	0	293	21	28	20	29	1.98
137304771--137304971	50	4.0	50	85	2	251	21	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137304781--137304966	100	1.9	100	89	2	293	20	30	20	28	1.98
137306586--137306716	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
137309167--137309330	40	4.2	39	82	6	174	25	26	21	26	2.00
137309183--137309330	77	1.9	76	83	6	192	24	26	22	27	2.00
137310152--137310197	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
137317234--137317363	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
137323598--137323673	39	1.9	39	89	5	118	48	11	9	30	1.71
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137330583--137330633	15	3.4	14	84	13	59	62	11	11	13	1.54
137331685--137331726	9	4.7	9	85	11	59	50	0	19	30	1.48
137331687--137331722	10	3.7	10	96	3	65	50	0	19	30	1.48
137342651--137342729	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
137349045--137349074	11	2.7	11	94	0	51	40	10	6	43	1.64
137349702--137349811	43	2.6	43	83	0	139	25	28	20	25	1.99
137353939--137354320	47	8.1	47	94	0	647	36	11	27	24	1.90
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137360260--137360505	25	10.5	21	64	19	78	36	11	26	25	1.90
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137377099--137377258	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
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137395894--137395994	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
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137412226--137412347	37	3.3	37	96	0	217	26	19	32	21	1.97
137418169--137418515	49	7.1	49	92	0	550	32	9	29	28	1.89
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137418445--137418600	80	2.0	80	100	0	312	30	10	32	26	1.90
137418525--137418774	49	5.1	49	94	0	392	29	9	32	28	1.89
137418396--137418649	129	2.0	129	96	0	463	30	10	31	27	1.90
137418309--137418744	227	1.9	227	92	0	737	30	9	30	28	1.89
137418823--137418909	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
137420769--137421067	40	7.6	40	81	5	270	23	20	28	26	1.99
137420759--137420868	39	2.7	39	79	9	107	27	19	28	25	1.98
137420885--137421067	79	2.3	79	91	1	296	24	22	28	25	1.99
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137425020--137425396	202	1.9	203	84	9	511	29	9	31	30	1.88
137434445--137434652	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
137434445--137434650	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
137436243--137436324	39	2.1	39	97	0	155	23	31	19	25	1.98
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137439115--137439275	43	3.8	42	75	8	137	24	16	26	32	1.96
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137478105--137478207	29	3.6	29	76	7	102	20	16	33	29	1.94
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137486696--137486850	39	4.0	39	85	4	199	24	30	20	25	1.98
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137533007--137533173	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
137540973--137541123	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
137540974--137541123	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137540972--137541139	40	4.2	40	74	7	139	26	23	26	22	2.00
137540972--137541139	80	2.1	80	81	6	198	26	23	26	22	2.00
137543575--137543742	58	2.9	58	80	3	178	28	14	30	25	1.95
137543579--137543709	29	4.5	29	87	1	174	27	16	31	25	1.96
137543697--137543797	28	3.5	28	85	6	105	28	13	26	30	1.94
137551462--137551592	29	4.5	29	86	1	165	28	16	30	25	1.96
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137551609--137551680	29	2.5	29	88	6	103	31	13	25	29	1.94
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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