genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  227  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67948863--67948991	43	3.0	43	82	1	161	27	20	29	23	1.99
67948881--67949072	43	4.6	40	74	7	134	27	19	28	23	1.99
67951002--67951310	24	12.9	24	97	0	555	20	18	25	35	1.96
67959082--67959371	24	12.1	24	97	0	501	20	18	25	35	1.95
67962180--67962342	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
67962180--67962372	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
67970162--67970315	39	3.9	39	93	0	254	24	20	31	23	1.98
67975955--67976023	27	2.5	28	90	2	104	28	28	15	26	1.96
67980384--67980584	39	4.9	39	79	12	204	23	20	28	27	1.99
67980440--67980540	50	2.0	50	96	0	184	23	18	26	30	1.98
67980401--67980580	89	2.0	89	92	0	297	24	19	27	28	1.99
67986997--67987066	27	2.6	27	93	2	113	28	27	15	28	1.96
67986997--67987069	28	2.7	27	93	2	119	28	26	16	28	1.97
67989222--67989393	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67989214--67989389	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67994371--67994553	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
68001800--68001982	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
68005808--68005926	43	2.8	43	83	3	134	26	20	30	22	1.98
68005859--68005953	41	2.3	43	83	7	115	30	21	27	21	1.98
68005860--68006007	40	3.6	40	74	6	109	29	20	27	23	1.99
68010548--68010609	29	2.2	28	88	5	90	41	1	24	32	1.64
68013927--68013987	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68015989--68016013	12	2.1	12	100	0	50	28	16	24	32	1.96
68019503--68019684	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
68019503--68019684	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
68026229--68026410	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
68026229--68026410	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
68030005--68030210	40	5.2	39	81	3	207	26	22	26	25	2.00
68030005--68030210	80	2.6	79	83	3	245	26	22	26	25	2.00
68038123--68038330	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
68038125--68038330	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
68042217--68042319	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
68052640--68052670	15	2.1	15	93	0	53	32	9	19	38	1.84
68055141--68055190	23	2.2	22	79	10	55	18	32	16	34	1.92
68072560--68072866	27	11.4	27	80	1	330	34	17	22	25	1.96
68073016--68073077	27	2.3	27	82	0	70	20	22	22	33	1.97
68078877--68078970	47	2.0	47	100	0	188	34	6	25	34	1.81
68081617--68081686	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
68089496--68089565	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
68092536--68092566	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
68093092--68093135	21	2.1	21	100	0	88	72	4	9	13	1.24
68093972--68094105	56	2.4	56	93	0	232	29	12	23	34	1.92
68096616--68096689	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
68096557--68096689	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68104499--68104572	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
68104440--68104572	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
68106992--68107070	32	2.5	32	93	0	131	25	29	21	24	1.99
68107013--68107080	32	2.4	26	72	25	73	29	26	17	26	1.98
68121447--68121475	11	2.6	11	100	0	58	13	6	6	72	1.26
68124694--68124790	43	2.3	42	83	5	115	32	16	21	28	1.95
68130449--68130527	32	2.5	32	93	0	131	25	29	20	25	1.99
68130470--68130537	32	2.4	26	70	25	64	29	26	16	27	1.97
68134453--68134494	18	2.2	20	83	8	52	35	11	9	42	1.74
68135061--68135118	25	2.3	26	85	11	84	36	22	24	17	1.95
68137510--68137549	16	2.5	16	95	0	71	45	12	7	35	1.70
68137828--68137924	43	2.3	42	85	5	124	32	17	21	27	1.96
68140063--68140327	40	6.7	40	86	4	331	26	27	21	24	1.99
68140063--68140327	119	2.2	121	85	4	351	26	27	21	24	1.99
68145268--68145310	17	2.5	17	96	0	77	20	34	32	11	1.89
68145490--68145633	27	5.3	27	88	0	207	39	20	9	30	1.84
68145471--68145634	54	3.0	54	84	4	213	39	19	8	32	1.82
68145490--68145694	81	2.5	80	82	2	232	38	21	9	30	1.86
68145490--68145741	27	9.4	27	79	5	206	36	21	9	31	1.86
68145725--68146056	27	12.3	27	85	4	391	36	17	21	25	1.95
68146337--68146389	27	2.0	27	84	0	70	20	22	18	37	1.94
68146396--68146559	78	2.1	78	86	4	224	19	17	29	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68146598--68146663	27	2.5	26	85	7	87	19	22	19	37	1.94
68146794--68146847	25	2.2	25	86	0	72	22	20	12	44	1.85
68146831--68146876	6	7.7	6	85	0	65	19	17	10	52	1.74
68146830--68146876	18	2.6	18	93	0	76	21	17	10	51	1.75
68146831--68146886	12	4.7	12	84	4	60	19	17	12	50	1.78
68148851--68149002	27	5.6	27	88	0	205	40	23	7	28	1.82
68148844--68149056	54	3.9	54	79	3	223	39	23	7	28	1.83
68148851--68149064	81	2.6	81	80	4	209	39	23	7	28	1.83
68148851--68149111	27	9.7	27	77	4	188	39	23	7	29	1.83
68149098--68149419	27	12.0	27	82	4	330	38	17	18	24	1.93
68149095--68149424	107	3.1	106	80	6	378	38	17	18	24	1.92
68149095--68149424	134	2.5	131	78	6	351	38	17	18	24	1.92
68149648--68149729	28	3.0	28	85	3	114	20	21	20	36	1.95
68149763--68149928	78	2.1	78	96	0	305	18	19	30	31	1.96
68149950--68150030	27	3.0	27	85	5	94	16	23	22	38	1.93
68150170--68150267	31	3.2	31	74	11	110	20	18	13	47	1.81
68150199--68150270	6	11.7	6	75	16	67	18	18	13	50	1.79
68150170--68150265	37	2.6	37	81	8	115	19	18	13	47	1.81
68150208--68150270	25	2.5	25	92	0	108	19	19	14	47	1.82
68150156--68150289	62	2.2	62	85	5	189	19	19	12	48	1.80
68151748--68151774	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68151808--68151939	29	4.6	29	83	5	92	25	31	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68151807--68151964	58	2.7	58	85	5	180	25	30	16	27	1.97
68151865--68151964	29	3.4	29	100	0	200	27	28	15	30	1.96
68159270--68159374	29	3.6	29	80	2	95	25	32	17	24	1.97
68159329--68159399	29	2.4	29	100	0	142	26	28	15	29	1.96
68166719--68166852	29	4.6	29	85	1	101	26	31	16	26	1.96
68166718--68166877	58	2.7	59	86	3	200	25	30	16	27	1.96
68166778--68166877	29	3.4	29	100	0	200	27	28	15	30	1.96
68175073--68175154	33	2.5	33	80	9	94	26	26	21	24	2.00
68175063--68175167	34	3.1	34	78	8	124	24	27	24	22	2.00
68182549--68182662	34	3.4	34	80	0	120	24	25	25	24	2.00
68184586--68184642	30	2.0	28	86	6	78	59	0	19	21	1.38
68189566--68189716	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
68189603--68189732	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
68197797--68197866	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
68197797--68197878	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
68205604--68205673	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
68205604--68205685	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
68211762--68211893	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
68215428--68215532	27	3.9	26	83	7	129	18	24	20	36	1.95
68215428--68215539	54	2.1	54	86	3	154	17	24	21	36	1.95
68219486--68219570	27	3.1	26	78	11	82	16	22	24	36	1.94
68219500--68219587	27	3.3	27	81	10	108	17	21	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68222686--68222730	23	2.0	23	100	0	90	40	13	22	24	1.90
68238416--68238547	55	2.4	55	81	0	156	31	30	23	14	1.94
68248988--68249292	49	6.3	49	93	0	456	31	7	30	29	1.86
68254146--68254292	40	3.7	40	83	3	170	25	21	27	24	1.99
68278019--68278193	46	3.8	46	78	13	196	28	28	21	21	1.99
68278027--68278198	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
68280589--68280655	15	4.5	15	75	3	64	56	14	19	8	1.64
68280589--68280664	15	5.1	15	71	9	57	55	17	18	9	1.68
68283583--68283752	93	1.8	93	93	0	295	28	28	21	21	1.99
68283575--68283750	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770