genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.588.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  588  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183910589--183910738	40	3.8	40	78	8	139	26	22	28	23	1.99
183918580--183918728	78	1.9	78	84	5	203	26	22	27	24	2.00
183918580--183918743	39	4.2	40	79	7	160	26	21	27	24	2.00
183923003--183923113	39	2.8	41	83	10	140	23	27	28	20	1.99
183929957--183930141	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
183929958--183930149	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
183931996--183932049	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
183932278--183932457	49	3.6	49	82	4	236	27	18	25	29	1.98
183932276--183932470	100	2.0	100	92	2	329	27	18	25	28	1.98
183932277--183932503	100	2.3	99	85	7	264	28	18	25	28	1.98
183933798--183933830	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
183934050--183934138	24	3.7	24	83	7	110	24	29	15	30	1.96
183934050--183934161	49	2.3	48	84	7	138	25	29	16	28	1.96
183934524--183934561	19	2.0	20	89	5	60	21	7	0	71	1.11
183940846--183940933	24	3.6	24	83	7	108	25	29	17	28	1.97
183940822--183940934	49	2.3	49	82	13	135	24	29	15	30	1.96
183945066--183945412	40	8.7	40	91	0	523	23	20	28	27	1.99
183946923--183947089	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
183946939--183947089	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
183953402--183953545	40	3.6	40	80	1	155	25	26	20	27	1.99
183955591--183955820	48	4.7	49	78	7	245	25	18	26	29	1.98
183955586--183955820	99	2.4	97	83	7	289	25	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183957554--183957656	29	3.5	28	82	10	116	26	13	32	28	1.94
183967191--183967255	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
183984289--183984450	39	4.2	39	91	1	245	24	32	19	22	1.97
183991679--183991732	26	2.1	26	100	0	108	24	25	18	31	1.97
183993399--183993529	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
183993399--183993529	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
184009149--184009266	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
184009117--184009280	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
184010595--184010801	40	5.2	40	89	1	283	27	23	26	23	2.00
184018664--184018850	40	4.7	40	93	1	315	26	22	27	23	1.99
184020861--184020943	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
184020865--184020938	18	3.9	18	81	11	85	29	4	1	64	1.20
184020854--184020943	12	7.3	12	75	17	78	28	3	1	66	1.14
184021169--184021212	10	4.4	10	82	0	52	40	0	2	56	1.11
184021276--184021350	23	3.4	21	77	15	64	34	2	5	57	1.35
184031861--184032009	44	3.4	44	74	7	131	36	22	22	19	1.95
184031845--184032017	88	2.0	86	86	4	240	36	21	20	20	1.95
184032172--184032498	44	7.5	44	69	12	201	37	20	21	20	1.94
184032156--184032499	87	4.0	87	86	2	424	37	20	21	20	1.94
184032946--184032974	13	2.1	14	93	6	51	75	20	3	0	0.94
184033436--184033518	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
184033440--184033522	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184033735--184033786	19	2.7	19	82	8	61	36	0	5	57	1.23
184046565--184046611	23	2.0	24	84	12	62	46	4	8	40	1.54
184046918--184046952	14	2.5	14	90	0	52	54	8	0	37	1.31
184047083--184047140	3	19.0	3	89	10	91	65	1	0	32	1.03
184048381--184048453	33	2.3	30	82	11	92	54	2	5	36	1.38
184048669--184048710	3	14.0	3	94	0	75	66	0	2	30	1.04
184048814--184048874	3	20.3	3	96	0	113	65	0	1	32	1.02
184049348--184049383	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
184049477--184049526	12	4.2	12	87	2	75	14	2	8	76	1.10
184049916--184049986	35	2.0	35	91	0	115	26	9	45	18	1.81
184053890--184053927	20	1.9	20	84	10	51	36	5	2	55	1.37
184053977--184054215	112	2.1	113	79	12	276	36	3	9	50	1.52
184053977--184054210	108	2.1	113	82	9	293	36	3	9	50	1.53
184057901--184057953	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
184057898--184057954	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
184057899--184057954	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
184059269--184059307	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
184059545--184059679	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
184059802--184059842	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
184061157--184061182	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
184061415--184061444	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
184062148--184062189	12	3.5	12	100	0	84	47	0	42	9	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184062243--184062274	7	4.7	7	96	3	57	0	9	0	90	0.45
184062215--184062261	24	1.9	25	83	12	62	6	4	12	76	1.12
184063113--184063174	30	2.1	30	90	6	99	41	27	9	20	1.84
184063265--184063299	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
184063191--184063359	88	1.9	86	85	4	232	36	20	17	26	1.94
184063377--184063571	72	2.7	72	84	4	250	36	23	14	25	1.93
184063607--184063817	72	3.0	70	82	3	280	36	22	16	25	1.94
184065198--184065372	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
184065205--184065376	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
184072287--184072458	46	3.7	46	79	13	208	29	29	20	20	1.98
184081148--184081284	41	3.4	41	82	5	145	24	24	21	29	1.99
184086895--184087053	24	6.6	24	97	0	264	20	17	25	36	1.94
184086895--184087075	48	3.8	48	91	1	256	22	17	24	35	1.95
184086895--184087075	72	2.5	72	88	3	222	22	17	24	35	1.95
184088656--184088704	22	2.2	23	96	3	91	28	12	18	40	1.86
184093440--184093625	39	4.8	39	90	1	293	24	18	31	24	1.98
184096725--184096829	53	2.0	53	84	0	138	20	24	18	37	1.94
184101833--184101962	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
184101833--184101996	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
184109877--184110041	40	4.2	40	78	6	160	23	27	23	26	2.00
184113105--184113174	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
184121019--184121088	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184125246--184125427	50	3.8	48	75	13	171	22	31	18	27	1.97
184125347--184125470	47	2.7	45	79	12	126	25	29	16	28	1.97
184125296--184125470	94	1.9	92	83	7	228	24	30	18	27	1.98
184125705--184125754	25	2.0	25	100	0	100	24	16	8	52	1.70
184125707--184125764	25	2.4	25	91	2	91	27	17	5	50	1.67
184125806--184125849	23	1.9	23	90	0	70	47	9	9	34	1.67
184134349--184134390	15	2.8	15	79	13	50	57	16	9	16	1.65
184139440--184139513	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
184147488--184147590	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
184149729--184149768	15	2.7	15	88	7	55	77	0	5	17	0.94
184150429--184150453	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
184151035--184151074	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
184151199--184151227	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
184152926--184152965	19	2.1	19	90	0	62	52	2	15	30	1.55
184154465--184154497	16	2.1	16	94	0	57	39	12	9	39	1.74
184160183--184160211	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
184164378--184164446	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
184166812--184166905	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
184175153--184175180	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
184175177--184175255	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
184175178--184175259	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
184175214--184175259	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184183432--184183493	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
184187718--184187868	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
184187720--184187868	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
184187718--184187884	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
184195743--184195893	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
184195780--184195909	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
184200826--184200932	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
184202090--184202142	18	2.9	18	78	10	63	5	11	1	81	0.94
184203041--184203074	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
184205072--184205132	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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