genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.713.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  713  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225369077--225369149	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
225370323--225370380	26	2.3	26	82	8	66	6	15	1	75	1.09
225372467--225372561	28	3.5	27	87	9	133	21	7	26	45	1.77
225373181--225373242	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
225373198--225373348	54	2.8	54	84	2	151	29	9	19	41	1.82
225373196--225373348	81	1.9	81	85	5	211	30	9	18	41	1.82
225373225--225373348	27	4.6	27	83	2	160	30	7	19	42	1.78
225373332--225373402	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
225373225--225373348	54	2.3	54	91	0	194	30	7	19	42	1.78
225377817--225377923	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
225379081--225379135	19	3.1	17	78	16	58	5	14	1	78	1.02
225385740--225385832	29	3.2	28	87	3	123	24	27	16	31	1.96
225386987--225387039	20	2.8	20	81	13	58	5	15	1	77	1.04
225393440--225393621	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
225393470--225393622	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
225400910--225401097	39	4.8	39	89	0	232	23	31	21	22	1.98
225400946--225401098	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
225406335--225406496	40	4.1	40	82	4	177	24	27	22	25	2.00
225406335--225406496	79	2.1	79	83	4	202	24	27	22	25	2.00
225410010--225410139	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
225410010--225410173	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
225415861--225416027	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225422972--225423020	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
225423840--225424005	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
225423840--225423989	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
225426680--225426749	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
225432894--225433077	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
225432934--225433122	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
225437133--225437299	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
225440792--225440925	51	2.8	46	81	14	171	29	29	21	19	1.98
225448177--225448348	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
225448170--225448345	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
225449690--225449714	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
225449719--225449746	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
225452442--225452551	40	2.8	40	84	0	139	23	25	23	27	2.00
225460473--225460582	40	2.8	40	84	0	139	23	25	23	27	2.00
225464148--225464360	107	2.0	106	92	2	356	26	15	12	46	1.81
225465794--225465836	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
225470269--225470733	234	2.0	234	98	0	903	37	17	15	29	1.91
225472387--225472496	54	2.0	54	98	0	211	34	20	10	33	1.88
225472796--225472858	28	2.2	28	88	0	90	31	28	6	33	1.82
225478190--225478252	28	2.2	28	88	0	90	31	28	6	33	1.82
225478372--225478412	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
225485086--225485110	11	2.3	11	100	0	50	68	16	16	0	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225495115--225495244	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
225499305--225499434	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
225502715--225502815	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
225502744--225502819	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
225510561--225510661	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
225510590--225510665	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
225513254--225513332	28	2.8	28	92	0	131	27	27	10	34	1.89
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225520220--225520422	40	5.1	39	90	3	282	24	18	28	28	1.98
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225533262--225533362	29	3.5	28	86	5	130	26	13	32	26	1.94
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225552512--225552574	24	2.6	24	97	0	117	36	25	17	20	1.94
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225572108--225572296	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
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225595173--225595197	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
225595641--225595697	22	2.5	23	85	2	71	29	3	31	35	1.75
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225596304--225596458	79	2.0	79	89	2	240	46	3	19	30	1.66
225600926--225600956	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
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225617760--225617835	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
225621182--225621224	22	1.9	23	81	13	54	11	30	9	48	1.71
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225624080--225624242	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
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225669069--225669186	47	2.5	47	89	6	168	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225669237--225669296	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
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225673362--225673422	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
225677764--225677824	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
225682878--225682939	25	2.4	27	84	10	76	37	6	3	53	1.43
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225696175--225696591	85	4.9	86	89	3	567	35	21	23	19	1.95
225698048--225698215	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
225698043--225698215	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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