genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  288  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87700098--87700337	98	2.4	96	88	4	268	31	8	30	30	1.87
87700369--87700455	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
87702340--87702611	40	6.8	40	96	0	472	23	19	29	26	1.98
87703356--87703453	41	2.4	41	80	11	112	24	25	24	25	2.00
87703398--87703495	40	2.5	40	75	12	94	26	26	26	20	1.99
87706224--87706428	49	4.2	49	96	0	365	30	8	29	31	1.87
87706259--87706465	98	2.1	96	81	9	256	31	8	29	29	1.86
87706497--87706583	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
87711390--87711454	33	2.0	32	85	11	87	21	26	21	30	1.98
87717176--87717406	40	5.8	40	87	8	296	27	21	26	24	1.99
87717176--87717433	80	3.2	80	85	9	314	26	22	26	24	2.00
87717176--87717433	40	6.5	40	90	4	278	26	22	26	24	2.00
87717310--87717458	40	3.8	40	86	4	133	24	20	28	25	1.99
87742264--87742376	53	2.1	55	83	6	142	30	19	28	21	1.97
87745675--87745786	24	4.7	24	97	0	206	36	26	16	19	1.94
87750108--87750278	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
87750100--87750275	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
87752655--87752742	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
87752655--87752733	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
87752666--87752742	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
87755681--87755854	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
87755689--87755858	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87767297--87767389	40	2.3	41	85	3	118	32	12	23	31	1.92
87768524--87768566	21	2.1	21	86	4	61	25	2	23	48	1.62
87772462--87772544	44	1.9	44	90	2	132	24	28	15	31	1.96
87772505--87772563	29	2.0	29	96	0	109	30	28	13	27	1.94
87772617--87772650	17	1.9	18	88	5	52	20	44	23	11	1.84
87774390--87774482	28	3.3	27	72	21	84	30	17	24	27	1.97
87774390--87774525	56	2.4	56	87	2	182	28	15	25	30	1.96
87774607--87774640	2	17.0	2	87	0	50	44	0	5	50	1.26
87775533--87775639	51	2.1	51	92	0	178	21	19	33	25	1.97
87793642--87793814	28	6.3	27	79	10	183	18	26	21	32	1.97
87793642--87793834	27	7.1	26	79	12	201	19	26	20	33	1.96
87793644--87793814	82	2.1	82	98	0	333	18	26	21	32	1.97
87795868--87796117	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
87806953--87807118	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
87806953--87807102	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
87811244--87811523	47	6.0	47	88	5	397	33	8	29	28	1.87
87811238--87811508	140	1.9	140	96	0	497	33	9	28	28	1.88
87816998--87817050	18	2.9	17	81	13	52	45	16	18	18	1.86
87817575--87817821	27	9.2	27	87	3	302	25	21	17	35	1.95
87817580--87817818	81	3.0	81	88	1	345	24	22	18	34	1.96
87817871--87817935	27	2.4	28	82	7	80	33	12	16	36	1.87
87817914--87818119	27	7.6	27	83	1	243	32	8	19	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87817853--87818119	81	3.3	79	81	7	268	32	8	19	38	1.83
87817941--87818119	54	3.3	54	88	0	277	32	7	19	40	1.79
87826712--87826749	19	2.0	20	89	5	60	55	7	10	26	1.61
87835618--87835899	50	5.6	50	81	3	316	25	16	25	32	1.96
87835669--87835899	101	2.3	99	86	1	300	25	17	25	31	1.97
87836111--87836140	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
87840473--87840515	21	2.0	22	91	8	72	32	25	9	32	1.88
87841595--87841754	39	4.1	39	94	0	275	24	27	24	23	2.00
87849759--87850313	129	4.1	130	83	8	562	40	7	5	46	1.56
87852631--87852696	27	2.4	27	92	0	105	24	21	31	22	1.98
87860675--87860841	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	25	2.00
87872695--87872822	37	3.4	37	95	1	229	25	32	17	23	1.97
87872909--87873148	49	4.9	49	95	1	421	30	27	8	33	1.86
87877934--87878028	34	2.8	34	78	10	97	29	21	23	26	1.99
87881263--87881288	9	2.9	9	100	0	52	19	34	34	11	1.88
87881628--87881749	27	4.5	27	87	0	172	34	18	21	26	1.96
87881913--87881982	27	2.6	27	83	0	86	22	24	17	35	1.95
87889375--87889537	39	4.2	39	93	0	272	22	20	32	24	1.98
87889375--87889568	39	4.9	39	90	0	262	22	21	31	23	1.98
87896806--87896966	39	4.2	39	90	4	254	22	20	32	24	1.98
87906630--87906802	46	3.7	46	78	10	199	29	27	20	22	1.99
87913806--87913915	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87921858--87921967	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
87937036--87937151	46	2.5	46	88	0	169	31	28	18	20	1.97
87939541--87939629	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
87939541--87939620	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
87939552--87939629	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
87942551--87942721	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
87942546--87942718	46	3.7	46	77	10	190	30	27	19	21	1.98
87942757--87942834	38	2.1	38	97	0	147	21	28	12	37	1.90
87952897--87953132	47	4.8	53	80	10	170	27	14	25	31	1.95
87952897--87953150	48	5.2	47	79	8	206	27	13	25	32	1.94
87959021--87959193	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
87959018--87959188	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
87959418--87959455	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
87966596--87966768	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
87966593--87966763	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
87966992--87967029	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
87969444--87969603	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
87969444--87969603	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
87977360--87977460	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
87977359--87977460	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
87980907--87981000	45	2.1	45	100	0	188	32	6	20	40	1.78
87981802--87981941	39	3.5	39	89	1	208	19	22	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87986350--87986416	33	2.0	33	100	0	134	26	8	17	46	1.78
87986692--87986732	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
87987377--87987507	39	3.4	39	89	1	192	26	23	26	22	2.00
87987377--87987526	78	1.9	78	82	2	185	26	26	26	22	2.00
87994765--87995004	44	5.5	44	83	8	242	24	19	24	31	1.98
87994767--87994959	44	4.4	44	90	4	250	22	19	25	32	1.98
87997841--87997867	12	2.2	12	100	0	54	66	7	7	18	1.40
88006126--88006152	13	2.1	13	100	0	54	14	7	14	62	1.51
88015666--88015805	55	2.5	55	85	4	167	25	31	25	17	1.97
88022691--88022732	17	2.5	17	92	3	68	54	0	4	40	1.21
88023911--88024022	24	4.7	24	77	8	113	23	12	29	34	1.91
88023912--88024023	48	2.3	48	84	3	136	23	12	30	33	1.92
88024698--88024888	39	4.9	39	83	1	229	19	22	27	29	1.98
88024696--88024867	79	2.2	79	84	1	229	21	22	26	30	1.99
88024696--88024920	39	5.7	39	83	1	216	20	22	26	30	1.98
88024698--88024920	118	1.9	118	83	0	293	20	22	26	30	1.98
88035400--88035562	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
88042921--88043083	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
88046611--88046792	40	4.6	40	83	4	181	23	26	22	28	1.99
88054715--88054883	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
88060268--88060351	26	3.3	26	81	1	80	20	23	17	38	1.93
88066486--88066901	48	8.6	48	75	7	319	25	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88066468--88066901	96	4.5	96	82	2	476	25	18	29	26	1.98
88066579--88066901	144	2.2	145	82	4	402	26	20	27	25	1.99
88066722--88066904	98	1.9	96	84	4	242	26	19	28	24	1.99
88071001--88071342	43	8.0	43	89	2	501	29	28	16	25	1.97
88077116--88077434	48	6.6	48	76	4	286	27	19	28	25	1.99
88077116--88077419	144	2.1	146	84	4	402	27	19	27	25	1.99
88079903--88080113	56	3.8	56	88	0	296	30	16	22	30	1.96
88092963--88092992	15	2.1	14	93	6	51	83	0	16	0	0.65
88093962--88094172	56	3.8	56	87	2	271	30	15	21	32	1.94
88093961--88094201	112	2.2	112	79	3	252	29	14	23	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770