genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.757.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  757  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239974347--239974444	38	2.5	41	74	12	98	29	26	20	23	1.99
239974682--239974720	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
239976037--239976084	7	6.7	7	77	13	53	54	2	0	43	1.12
239976042--239976085	19	2.3	18	81	11	52	52	2	0	45	1.13
239976671--239976695	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
239981118--239981149	13	2.5	13	100	0	64	31	46	21	0	1.52
239983953--239984022	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
239991670--239991955	119	2.4	119	83	7	352	24	21	26	27	1.99
239991674--239991969	79	3.7	79	84	5	345	24	21	27	26	2.00
239991674--239991955	40	7.1	40	89	4	353	23	21	26	27	1.99
239995145--239995214	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
239999108--239999283	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
239999104--239999275	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
240002245--240002322	15	5.4	15	77	13	83	10	17	12	58	1.61
240002236--240002318	28	2.9	28	82	10	96	10	16	15	56	1.66
240004689--240004869	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
240004691--240004861	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
240006183--240006312	40	3.2	40	82	4	156	23	29	24	22	1.99
240014120--240014188	27	2.5	27	92	2	120	30	26	14	28	1.95
240014346--240014388	20	2.2	20	100	0	86	25	25	9	39	1.85
240019070--240019256	40	4.7	40	88	2	261	26	28	21	22	1.99
240019050--240019260	79	2.7	79	85	5	300	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240027063--240027265	40	5.2	40	82	7	222	28	28	19	24	1.98
240031283--240031366	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
240033873--240033980	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
240041251--240041358	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
240045218--240045422	40	5.2	40	87	5	276	26	29	20	23	1.99
240049154--240049316	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
240049154--240049350	70	2.8	69	90	4	247	20	28	17	33	1.95
240068315--240068465	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
240068351--240068481	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
240071817--240071919	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
240075204--240075311	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
240076927--240077067	54	2.6	53	94	2	237	17	24	24	34	1.95
240076927--240077085	27	5.9	27	83	11	193	18	24	22	34	1.96
240082267--240082374	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
240083990--240084130	54	2.6	53	94	2	237	17	24	24	34	1.95
240083990--240084148	27	5.9	27	83	11	193	18	24	22	34	1.96
240091091--240091349	83	3.1	83	85	0	329	26	16	19	36	1.94
240091506--240091781	117	2.4	117	85	5	366	27	22	18	31	1.97
240103659--240103809	47	3.4	43	75	13	119	60	0	3	34	1.20
240103701--240103775	31	2.4	31	80	12	84	58	0	4	37	1.17
240103706--240103801	20	4.8	20	75	16	76	59	0	5	35	1.20
240105478--240105517	11	3.2	13	80	20	57	57	5	0	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240109690--240109759	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
240109690--240109771	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
240117586--240117655	27	2.5	28	93	2	115	27	14	30	28	1.95
240117586--240117667	27	3.0	27	84	8	69	28	15	26	29	1.96
240120127--240120342	44	5.0	43	83	5	240	25	27	19	27	1.99
240120131--240120387	87	3.0	85	81	6	261	26	27	18	27	1.98
240120127--240120385	43	6.1	43	82	5	231	26	27	18	27	1.98
240126931--240127017	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
240128559--240128592	17	1.9	18	88	5	52	8	17	5	67	1.37
240128556--240128598	18	2.4	19	76	11	54	6	13	6	72	1.27
240135505--240140266	534	8.9	540	93	4	8118	36	18	11	33	1.86
240140980--240141042	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
240141235--240141377	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
240141235--240141376	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
240141234--240141377	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
240141427--240141487	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
240141530--240141577	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
240144240--240147187	532	5.5	539	93	3	5133	37	18	11	32	1.86
240147518--240147627	26	4.2	26	95	3	177	33	5	25	35	1.79
240147518--240147627	51	2.1	52	91	3	177	33	5	25	35	1.79
240149253--240149391	27	5.2	26	86	6	170	17	24	22	35	1.96
240149253--240149391	53	2.6	55	88	3	194	17	24	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240156203--240156250	25	2.0	23	84	8	60	75	0	16	8	1.04
240157538--240157602	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
240161024--240161110	45	1.9	45	95	0	156	25	13	25	35	1.93
240167288--240167438	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
240167325--240167454	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
240169728--240169780	26	2.0	26	100	0	106	30	18	26	24	1.98
240172785--240172935	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
240172822--240172951	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
240176546--240176584	16	2.5	16	91	4	62	28	25	30	15	1.96
240176563--240176677	41	2.7	43	89	5	180	33	30	25	10	1.89
240177947--240177983	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
240182731--240182830	29	3.5	29	86	8	125	30	27	14	29	1.95
240184132--240184171	22	2.0	21	85	14	57	7	15	0	77	0.98
240190553--240190653	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
240191957--240191996	21	2.0	20	86	13	57	7	15	0	77	0.98
240193066--240193257	40	4.8	40	90	1	296	23	22	28	25	1.99
240201568--240201696	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
240208945--240209073	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
240212204--240212315	27	4.2	26	83	10	127	16	24	23	35	1.95
240212204--240212315	54	2.1	54	86	6	156	16	24	23	35	1.95
240216243--240216371	46	2.8	46	93	0	213	31	27	20	21	1.98
240225392--240225452	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240227970--240228077	29	3.8	29	74	14	91	30	25	18	25	1.98
240229832--240230003	75	2.3	76	84	5	215	33	26	19	20	1.96
240229832--240230031	38	5.3	38	81	5	208	33	26	20	21	1.97
240231889--240232096	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
240231889--240232094	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
240239927--240240131	80	2.6	81	83	4	238	24	25	22	26	2.00
240239943--240240131	40	4.8	40	84	3	211	23	25	23	27	2.00
240245252--240245393	40	3.6	41	87	4	211	27	26	22	23	1.99
240253479--240253522	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
240253748--240253889	40	3.6	41	89	4	220	26	26	23	23	2.00
240258454--240258484	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
240258684--240258732	20	2.5	20	87	9	73	32	0	2	65	1.04
240258685--240258733	21	2.4	22	90	10	77	32	0	2	65	1.04
240272039--240272073	2	18.0	2	88	5	54	45	0	2	51	1.16
240273975--240274039	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
240276419--240276543	43	2.9	43	89	0	187	12	24	32	30	1.92
240277188--240277238	23	2.2	23	100	0	102	33	0	17	49	1.47
240284878--240285051	46	3.8	46	76	14	169	28	30	20	20	1.98
240284885--240285055	92	1.8	93	91	1	281	28	30	20	21	1.98
240288372--240288578	40	5.2	39	82	2	209	25	25	22	26	2.00
240288370--240288576	80	2.6	80	82	4	240	26	25	22	25	2.00
240295541--240295747	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240295541--240295745	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
240302492--240302537	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
240302499--240302543	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
240310178--240310223	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
240310185--240310229	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
240316038--240316071	17	2.0	17	88	11	52	8	20	0	70	1.13
240320271--240320441	43	4.0	43	69	15	129	27	16	24	31	1.96
240326086--240326188	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
240333263--240333323	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
240337343--240337412	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770