Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  293  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89504293--89504338
20
2.2
21
92
7
85
47
19
0
32
1.50
89504293--89504339
11
4.5
11
87
12
73
46
19
0
34
1.50
89504372--89504399
14
2.0
14
100
0
56
71
0
14
14
1.15
89512648--89512741
18
5.4
18
92
3
131
36
25
9
28
1.87
89512648--89512728
9
9.0
9
70
0
54
34
27
9
28
1.89
89515107--89515195
21
4.1
21
84
5
90
53
10
23
12
1.68
89515107--89515175
21
3.3
21
87
2
95
55
8
24
11
1.64
89519342--89519370
14
2.1
14
100
0
58
51
6
13
27
1.66
89522138--89522177
13
2.8
15
85
14
66
65
0
0
35
0.93
89533911--89533935
12
2.1
12
100
0
50
48
8
0
44
1.32
89536462--89536500
21
1.9
20
94
5
69
33
10
25
30
1.89
89536672--89536707
15
2.5
14
86
8
54
58
0
0
41
0.98
89536673--89536711
16
2.6
15
84
11
53
56
0
0
43
0.99
89536688--89536741
24
2.2
25
83
9
76
59
0
0
40
0.98
89545711--89545744
17
2.0
17
94
0
59
47
11
2
38
1.55
89548597--89548633
18
2.1
18
89
0
56
21
24
0
54
1.45
89550338--89550421
20
4.4
19
73
23
70
59
1
5
33
1.29
89553835--89553865
15
2.1
15
100
0
62
48
19
19
12
1.81
89558590--89558632
18
2.4
18
88
0
59
9
13
6
69
1.35
89559255--89559286
15
2.0
17
88
11
50
56
9
3
31
1.47
89559422--89559460
17
2.3
17
86
8
53
69
5
2
23
1.21
89559530--89559560
9
3.4
9
95
0
53
58
0
0
41
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89559543--89559586
19
2.2
21
88
8
65
63
0
2
34
1.07
89559747--89559773
13
2.1
13
100
0
54
44
7
0
48
1.31
89560161--89560216
22
2.5
23
86
11
73
35
3
0
60
1.14
89560181--89560296
25
4.9
25
70
20
81
36
2
0
61
1.10
89560211--89560246
15
2.3
15
95
4
63
38
5
0
55
1.23
89560239--89560296
19
3.1
19
83
11
68
34
0
0
65
0.93
89560204--89560292
9
10.3
9
70
20
57
38
2
0
59
1.10
89560239--89560323
34
2.5
33
82
5
89
32
2
1
63
1.15
89561563--89561596
14
2.4
14
90
0
50
14
17
0
67
1.23
89562914--89562964
16
3.2
16
97
0
93
52
13
11
21
1.72
89563883--89563916
16
2.1
17
94
5
61
23
11
0
64
1.26
89564589--89564619
15
2.1
15
100
0
62
67
0
12
19
1.22
89570259--89570347
23
3.7
26
71
13
82
42
1
4
51
1.29
89570328--89570498
8
21.2
8
65
26
53
31
4
1
63
1.21
89570423--89570470
13
3.8
13
88
5
80
33
0
0
66
0.92
89570405--89570475
35
2.0
35
86
10
101
33
1
0
64
1.02
89570365--89570585
38
5.9
37
74
17
138
28
3
2
65
1.22
89570363--89570532
22
7.3
22
73
20
84
27
4
1
66
1.19
89570479--89570555
11
6.5
11
73
24
68
24
2
5
67
1.24
89570386--89570569
49
3.7
47
76
16
151
28
3
2
65
1.22
89570585--89570658
31
2.3
33
86
6
100
51
0
4
44
1.20
89576286--89576335
25
2.0
25
100
0
100
28
8
0
64
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89576286--89576328
15
3.2
15
69
30
51
27
6
0
65
1.18
89576290--89576343
25
2.3
23
84
12
67
35
7
0
57
1.27
89592376--89592431
28
2.0
29
96
3
105
33
12
17
35
1.88
89595010--89595193
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
89595050--89595238
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
89596669--89596769
28
3.5
29
86
6
125
29
27
13
28
1.95
89604447--89604547
28
3.5
29
86
6
125
29
27
13
28
1.95
89607589--89607652
32
2.0
32
81
6
76
34
20
14
31
1.92
89608482--89608514
18
1.9
17
88
11
50
42
12
15
30
1.83
89609548--89609597
25
2.0
25
92
0
82
36
14
18
32
1.90
89610158--89610200
18
2.4
19
81
14
56
34
11
9
44
1.73
89611520--89611581
27
2.3
27
80
5
72
30
12
14
41
1.83
89616932--89617154
40
5.6
39
86
7
272
24
22
27
26
2.00
89616931--89617154
78
2.8
80
86
7
305
24
22
27
26
2.00
89622580--89622668
34
2.6
34
82
7
108
26
19
24
29
1.98
89624651--89624696
15
3.2
15
77
22
62
34
4
0
60
1.16
89624642--89624696
28
2.0
28
96
0
101
32
5
0
61
1.19
89624645--89624709
28
2.3
27
87
7
87
33
6
0
60
1.22
89629558--89629698
27
5.2
26
85
11
178
19
24
21
34
1.96
89629558--89629698
54
2.6
54
95
2
248
19
24
21
34
1.96
89629558--89629716
81
2.0
80
84
10
209
20
25
20
34
1.96
89630684--89630714
16
1.9
16
93
0
53
61
9
3
25
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89633911--89634147
3
76.7
3
68
15
65
59
2
10
27
1.43
89635503--89635626
41
3.0
42
90
2
205
29
21
18
30
1.97
89635668--89635787
42
2.8
44
75
7
129
20
22
21
35
1.96
89636151--89636234
43
1.9
44
80
7
100
27
25
21
26
1.99
89642335--89642384
19
2.4
21
80
9
59
12
16
14
58
1.64
89646031--89646125
40
2.4
39
81
6
102
24
27
20
28
1.99
89646061--89646183
40
3.1
40
90
1
185
21
27
21
29
1.99
89650093--89650191
28
3.5
28
81
9
112
29
25
16
29
1.96
89656178--89656358
40
4.6
40
79
2
159
22
28
22
26
1.99
89663374--89663548
46
3.8
46
77
15
182
20
20
29
29
1.98
89663371--89663541
92
1.8
93
91
3
283
21
21
29
28
1.98
89669232--89669295
26
2.4
26
78
5
65
32
23
12
31
1.92
89669400--89669539
27
5.2
27
82
5
169
17
22
22
36
1.95
89669400--89669524
54
2.3
54
90
4
198
17
24
22
35
1.95
89673390--89673569
47
3.7
49
78
8
172
28
28
18
24
1.98
89676071--89676167
30
3.2
30
78
10
90
57
13
17
11
1.64
89676079--89676158
15
5.4
15
77
7
83
58
12
17
11
1.62
89676090--89676167
15
5.2
15
74
9
61
56
14
16
12
1.68
89679706--89679910
47
4.2
49
80
8
197
30
29
15
24
1.96
89679770--89679911
52
2.8
52
82
7
152
30
27
15
26
1.96
89686137--89686200
31
2.1
31
87
0
92
25
25
15
34
1.95
89686392--89686555
23
7.0
24
90
6
239
26
21
21
29
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89686392--89686555
70
2.3
70
88
7
235
26
21
21
29
1.99
89686605--89686665
20
3.0
20
92
0
104
32
21
11
34
1.89
89686708--89686755
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
89687993--89688310
27
11.9
27
83
6
360
40
8
22
28
1.84
89687995--89688310
133
2.4
135
86
3
467
40
8
22
28
1.84
89687994--89688310
160
2.0
162
85
5
428
40
8
22
28
1.84
89688263--89688511
27
9.3
27
83
3
218
32
8
20
38
1.82
89687983--89688383
54
7.5
54
79
5
186
38
8
21
30
1.85
89688388--89688528
27
5.3
26
84
2
129
32
7
18
41
1.77
89691568--89691731
24
7.0
24
89
7
239
26
21
22
29
1.99
89691781--89691841
20
3.0
20
92
0
104
32
21
11
34
1.89
89691884--89691931
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
89693169--89693487
27
11.8
27
87
2
390
40
8
22
28
1.84
89693411--89693688
27
10.3
27
84
2
213
33
8
20
37
1.84
89693565--89693705
27
5.3
26
84
2
129
32
7
18
41
1.77
89696487--89696649
42
3.9
42
75
7
134
28
14
27
29
1.95
89698715--89698768
27
2.0
27
85
0
72
38
14
7
38
1.75
89700655--89700821
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
89708629--89708795
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
89712325--89712450
47
2.7
47
93
0
216
29
29
6
34
1.82
89712353--89712428
22
3.3
22
67
16
64
27
28
10
32
1.90
89715892--89715985
28
3.3
28
73
8
82
27
31
18
22
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89716114--89716382
43
6.3
43
95
0
457
32
30
22
14
1.93
89718363--89718535
47
3.7
47
93
0
283
28
31
6
32
1.84
89718438--89718513
22
3.3
22
67
16
64
27
31
10
30
1.90
89721421--89721672
27
9.4
27
85
1
319
35
17
20
25
1.95
89724966--89725314
49
7.2
49
95
0
612
28
30
8
33
1.86
89725038--89725120
27
3.3
27
64
27
72
31
30
6
32
1.82
89734575--89734649
37
2.0
37
100
0
150
46
5
21
26
1.72
89736225--89736282
27
2.1
27
90
0
89
43
8
13
34
1.75
89739762--89739864
37
2.8
37
83
0
125
29
16
25
29
1.97
89741901--89741970
27
2.5
28
86
2
97
32
25
14
27
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770