Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  146  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
42972870--42972995
40
3.2
40
88
0
189
24
27
23
23
2.00
42980918--42981125
40
5.2
39
82
3
202
25
25
23
25
2.00
42980918--42981124
80
2.6
80
82
3
238
25
26
23
25
2.00
42986055--42986183
56
2.3
56
83
2
170
35
22
12
29
1.91
42997286--42997383
28
3.5
28
88
5
146
25
16
30
27
1.96
42997718--42998163
27
16.7
27
80
6
399
38
20
9
31
1.85
42997733--42998163
80
5.4
79
80
6
370
38
21
9
30
1.86
42999242--42999276
18
1.9
18
94
0
61
37
11
20
31
1.88
43000923--43000976
27
2.0
27
100
0
108
44
7
18
29
1.77
43004767--43004801
17
2.1
17
100
0
70
34
14
22
28
1.93
43005867--43005927
30
2.0
30
87
0
86
37
8
24
29
1.84
43008687--43008747
28
2.2
28
87
0
86
21
18
36
24
1.95
43009064--43009194
27
4.9
27
76
9
124
39
19
7
33
1.80
43010490--43010550
28
2.2
28
87
0
86
21
18
36
24
1.95
43010867--43010997
27
4.9
27
76
9
124
39
19
7
33
1.80
43012291--43012351
28
2.2
28
87
0
86
21
18
36
24
1.95
43012668--43013057
27
14.5
27
81
6
373
39
21
8
30
1.83
43012667--43013034
80
4.6
80
83
4
309
38
22
8
30
1.83
43012668--43013062
107
3.7
105
83
5
436
38
21
8
30
1.83
43013013--43013080
27
2.5
27
87
0
91
41
16
13
29
1.86
43015922--43015985
28
2.3
28
88
0
92
20
17
35
26
1.94
43016302--43016719
27
15.7
27
81
6
372
38
21
9
31
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
43021100--43021143
10
4.1
10
78
16
52
11
2
31
54
1.48
43023500--43023869
49
7.7
49
92
3
563
29
31
8
31
1.87
43026893--43026992
26
3.6
27
82
6
112
32
22
25
21
1.98
43027098--43027162
28
2.3
28
91
0
103
30
9
27
32
1.88
43034655--43034769
55
2.1
56
83
8
146
34
21
24
19
1.96
43034680--43034769
27
3.2
27
85
7
119
32
23
24
20
1.98
43034875--43034939
28
2.3
28
91
0
103
30
9
27
32
1.88
43040063--43040101
19
2.1
19
100
0
78
10
17
41
30
1.83
43044492--43044601
43
2.6
42
82
2
139
27
18
26
28
1.98
43057905--43057933
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
43058399--43058512
39
2.9
39
90
0
183
22
21
29
26
1.99
43065533--43065694
39
4.2
39
92
1
263
22
20
29
28
1.98
43065533--43065694
77
2.1
78
90
1
263
22
20
29
28
1.98
43065533--43065759
77
2.9
78
82
6
214
21
21
28
28
1.99
43069347--43069415
27
2.6
27
80
0
75
24
14
18
42
1.88
43069425--43069629
27
7.7
26
77
7
171
26
12
20
40
1.88
43069425--43069629
80
2.5
80
85
3
268
26
12
20
40
1.88
43069533--43069640
54
2.0
54
87
0
153
29
12
19
37
1.89
43072785--43072855
33
2.2
33
84
5
90
35
23
16
23
1.95
43073285--43073375
27
3.4
27
83
3
94
25
19
18
36
1.95
43073306--43073389
27
3.1
26
83
10
98
26
19
17
36
1.94
43073404--43073535
27
4.9
27
81
3
133
27
9
21
42
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
43073404--43073535
54
2.4
54
85
0
174
27
9
21
42
1.83
43073384--43073535
81
1.9
81
82
5
191
26
7
21
44
1.79
43083460--43083617
27
5.9
27
85
0
201
24
15
20
38
1.92
43083460--43083608
54
2.8
54
91
0
244
25
15
20
38
1.92
43083970--43084015
6
7.7
6
77
18
51
19
19
15
45
1.85
43083970--43084015
18
2.6
18
92
0
74
19
19
15
45
1.85
43088955--43088984
6
5.0
6
100
0
60
16
0
0
83
0.65
43089081--43089157
39
2.0
39
82
10
95
40
23
1
35
1.63
43089168--43089214
16
2.9
16
87
0
76
25
31
6
36
1.81
43089250--43089370
43
2.9
42
82
7
163
28
16
25
28
1.97
43091901--43092000
42
2.4
42
79
5
121
29
21
20
30
1.98
43096229--43096371
24
6.0
24
91
4
209
26
22
22
28
1.99
43096229--43096370
47
3.0
48
90
5
207
26
22
22
28
1.99
43096228--43096371
71
2.0
72
89
4
220
26
22
22
29
1.99
43096422--43096481
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
43097812--43098394
27
21.6
27
85
5
561
41
9
21
27
1.85
43097813--43098395
81
7.2
81
85
5
703
40
9
22
27
1.85
43097813--43098395
54
10.8
54
86
4
721
40
9
22
27
1.85
43102234--43102405
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
43102226--43102401
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
43104779--43104867
30
3.0
30
79
11
94
56
15
17
10
1.67
43104779--43104861
15
5.6
14
73
10
58
55
16
18
9
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
43104790--43104867
15
5.2
15
75
9
70
55
15
17
11
1.69
43106959--43107123
40
4.2
40
80
5
156
24
27
22
26
2.00
43111036--43111207
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
43111028--43111203
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
43121337--43121418
30
2.8
31
83
9
109
25
34
15
24
1.95
43126808--43126964
43
3.6
44
79
9
155
32
26
16
24
1.96
43126808--43126964
86
1.8
84
82
9
201
32
26
16
24
1.96
43126860--43126976
44
2.7
42
84
10
148
35
27
16
21
1.94
43128417--43128597
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
43128419--43128589
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
43139185--43139262
38
2.1
38
97
0
147
55
17
8
17
1.68
43142637--43142707
25
2.9
25
80
2
90
23
19
26
29
1.98
43147539--43147715
40
4.4
40
88
6
220
24
29
22
23
1.99
43149547--43149647
28
3.5
28
86
6
114
28
13
27
29
1.95
43149576--43149647
29
2.5
28
91
6
110
29
13
27
29
1.95
43157540--43157591
27
1.9
27
92
0
86
30
15
17
36
1.91
43176940--43177006
21
3.4
21
69
26
74
29
2
20
46
1.66
43176947--43177021
37
2.0
37
94
0
132
30
5
18
45
1.72
43177009--43177137
68
1.9
68
83
3
170
38
5
17
37
1.73
43185285--43185414
40
3.2
40
84
4
174
23
29
24
22
1.99
43190353--43190511
43
3.7
43
78
7
155
29
25
18
25
1.98
43190354--43190512
86
1.9
85
82
6
205
29
25
18
25
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
43193626--43193690
34
1.9
33
84
3
85
27
23
20
29
1.98
43195168--43195292
27
4.7
26
77
9
110
42
18
8
30
1.81
43195168--43195348
54
3.3
53
78
9
141
43
16
8
31
1.79
43195221--43195350
27
4.7
27
76
9
111
44
16
7
31
1.75
43195247--43195354
27
3.9
27
79
4
117
44
14
8
32
1.75
43195408--43195497
27
3.3
27
87
3
110
36
20
23
20
1.95
43196214--43196274
10
5.9
10
77
11
61
36
9
21
32
1.86
43196214--43196244
11
2.9
11
95
4
55
38
9
22
29
1.86
43196214--43196290
21
3.7
20
79
5
73
35
11
19
33
1.88
43198564--43198687
27
4.6
27
78
6
126
41
21
8
28
1.83
43198564--43198688
54
2.3
55
86
2
164
40
21
8
28
1.83
43198564--43198772
27
7.7
27
72
10
104
37
19
11
31
1.87
43198588--43198700
54
2.1
54
83
0
136
42
21
7
28
1.81
43198805--43198862
27
2.1
27
87
0
80
36
17
25
20
1.94
43198815--43198867
27
2.0
27
96
0
97
30
16
30
22
1.96
43198811--43198889
27
2.9
27
84
3
88
30
20
25
24
1.98
43199610--43199686
21
3.7
20
77
5
73
35
14
16
33
1.89
43202940--43203149
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
43211075--43211284
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
43219556--43219673
31
3.5
35
89
9
135
22
23
16
37
1.94
43219579--43219673
31
3.1
31
98
0
181
23
22
15
38
1.92
43219865--43219983
24
5.0
24
89
5
170
26
22
21
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
43219865--43219983
47
2.5
48
89
5
170
26
22
21
28
1.99
43220034--43220093
20
3.0
20
95
0
111
33
20
10
36
1.86
43220034--43220088
11
5.4
11
70
16
55
30
20
10
38
1.87
43220134--43220181
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
43222047--43222142
26
3.7
26
86
5
140
34
6
21
37
1.79
43225331--43225408
40
2.0
40
92
5
131
25
16
23
34
1.95
43227235--43227269
17
2.0
17
88
5
52
11
31
28
28
1.92
43227304--43227347
20
2.2
20
95
0
79
20
38
22
18
1.93
43236007--43236203
55
3.6
54
74
3
173
20
23
17
38
1.93
43271295--43271456
54
3.0
54
97
0
297
46
19
4
29
1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770