Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  16  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4275390--4275437
18
2.6
18
78
15
53
43
2
4
50
1.33
4278468--4278560
38
2.4
38
98
0
177
18
50
10
20
1.76
4278538--4278579
22
1.9
22
85
9
59
23
52
9
14
1.71
4279032--4279117
3
28.3
3
72
17
63
30
4
1
63
1.21
4279031--4279117
27
3.4
27
70
13
76
29
4
1
64
1.21
4279352--4279381
2
15.0
2
92
0
51
46
0
0
53
1.00
4283836--4283874
7
5.4
7
87
3
51
87
0
12
0
0.55
4283835--4283869
8
4.6
8
86
13
56
91
0
8
0
0.42
4283836--4283874
14
2.7
15
88
8
62
87
0
12
0
0.55
4284983--4285109
66
1.9
66
95
0
227
32
19
12
35
1.90
4285173--4286071
44
20.6
43
73
9
556
35
21
22
20
1.96
4285309--4285985
86
7.8
88
76
10
418
35
22
22
19
1.96
4285160--4285985
218
3.8
218
94
1
1408
35
22
22
20
1.96
4285262--4286071
350
2.3
348
84
5
1007
34
21
22
20
1.96
4285161--4286071
132
7.0
130
76
10
641
35
21
22
20
1.96
4286103--4286290
68
2.8
68
89
3
290
29
23
22
23
1.99
4286402--4287655
44
28.6
44
75
8
921
31
18
23
26
1.98
4286348--4287714
132
10.4
131
89
3
1145
31
19
23
26
1.98
4286710--4287436
131
5.5
132
95
0
1271
31
18
23
26
1.98
4286402--4287720
176
7.5
175
77
7
1140
31
18
23
26
1.98
4287998--4288024
4
6.8
4
100
0
54
77
0
0
22
0.76
4288064--4288105
22
1.9
22
85
9
59
23
52
9
14
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4288170--4288257
24
3.7
25
73
11
71
18
2
25
54
1.55
4288151--4288249
46
2.2
46
83
8
123
15
2
29
53
1.53
4288554--4288639
3
28.3
3
72
17
63
30
4
1
63
1.21
4288553--4288639
27
3.4
27
70
13
76
29
4
1
64
1.21
4290241--4290270
2
15.0
2
92
0
51
0
46
3
50
1.18
4290501--4290530
14
2.2
14
94
5
53
46
0
0
53
1.00
4296690--4296887
68
3.0
65
76
15
228
43
3
2
50
1.33
4323359--4323418
18
3.3
18
73
17
61
20
18
28
33
1.96
4323359--4323431
36
2.0
36
81
5
85
21
17
28
31
1.97
4324918--4324973
16
3.5
15
77
17
51
58
1
3
35
1.26
4338875--4338919
20
2.3
19
80
3
54
73
4
2
20
1.11
4339592--4339630
15
2.6
16
84
15
57
0
10
2
87
0.65
4339596--4339629
7
4.9
7
89
10
52
0
8
2
88
0.62
4348374--4348450
24
3.1
24
72
15
68
51
1
2
44
1.23
4348942--4348977
18
2.1
17
89
5
54
61
0
5
33
1.19
4351477--4351513
15
2.5
15
100
0
74
67
0
5
27
1.12
4351620--4351648
14
2.0
15
93
6
51
79
0
20
0
0.74
4363694--4363737
23
1.9
23
81
9
54
56
0
6
36
1.26
4363752--4363806
22
2.5
23
85
8
71
61
0
0
38
0.96
4368827--4368907
37
2.2
38
86
6
114
53
3
4
38
1.41
4368911--4368949
12
3.4
11
82
10
51
53
2
0
43
1.14
4370404--4370438
2
18.0
2
94
5
63
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4370404--4370436
17
1.9
17
100
0
66
48
0
0
51
1.00
4372038--4372420
193
2.0
190
95
3
698
45
7
13
33
1.70
4376494--4376524
16
1.9
16
93
0
53
64
0
6
29
1.18
4379820--4380179
177
2.0
177
99
0
711
33
23
11
32
1.90
4382050--4382319
3
88.3
3
73
13
178
29
7
2
60
1.37
4382369--4382415
23
2.0
24
87
8
69
27
6
0
65
1.16
4382379--4382437
20
3.0
20
79
0
64
33
8
1
55
1.40
4382649--4382695
14
3.4
14
74
11
51
19
8
4
68
1.33
4385031--4385055
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
4392307--4392357
25
1.9
26
84
11
68
41
5
1
50
1.37
4392491--4392551
13
5.0
13
73
23
53
55
0
0
44
0.99
4392514--4392552
20
2.0
20
85
5
53
51
0
0
48
1.00
4392931--4392978
24
2.0
24
100
0
96
25
12
8
54
1.65
4393410--4393478
28
2.3
30
76
16
72
53
0
1
44
1.09
4393445--4393503
21
2.8
21
82
15
68
52
0
0
47
1.00
4393442--4393503
22
2.7
24
78
19
78
53
0
0
46
1.00
4394076--4394114
19
2.1
19
90
4
62
46
0
2
51
1.14
4395579--4395608
16
1.9
16
93
6
53
33
6
13
46
1.69
4401716--4401752
15
2.4
15
90
4
56
24
8
8
59
1.53
4403688--4403727
21
1.9
21
85
10
55
27
25
22
25
2.00
4407413--4407467
12
4.8
11
83
14
58
76
0
7
16
1.00
4407413--4407468
17
3.3
16
83
9
67
76
0
7
16
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4407428--4407466
6
6.5
6
90
0
60
79
0
5
15
0.90
4407413--4407468
11
4.9
11
80
8
67
76
0
7
16
0.99
4412082--4412262
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
4412084--4412254
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
4415209--4415287
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
4415200--4415286
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
4417660--4417840
46
3.9
46
81
9
233
20
21
29
27
1.98
4417662--4417832
93
1.8
93
96
0
315
20
22
29
27
1.98
4423560--4423604
22
2.0
22
100
0
90
46
13
17
22
1.83
4427831--4427891
15
4.2
14
80
15
63
44
6
0
49
1.28
4428742--4428972
78
3.0
77
90
1
372
31
4
20
44
1.71
4428740--4428992
39
6.5
39
84
3
323
30
4
20
43
1.71
4433652--4433676
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
4446122--4446292
37
4.6
37
79
2
184
40
29
11
18
1.85
4452361--4452457
38
2.6
39
75
10
98
58
1
2
38
1.16
4452374--4452423
17
2.9
17
72
16
50
66
0
2
32
1.03
4453239--4453285
20
2.3
20
100
0
94
10
10
23
55
1.65
4454697--4454738
16
2.6
16
85
11
59
21
0
23
54
1.44
4454697--4454740
15
2.8
15
86
6
61
25
0
22
52
1.48
4455022--4455559
126
4.3
126
92
2
866
33
18
21
26
1.96
4458570--4459186
60
10.6
60
66
21
318
47
8
3
40
1.51
4458573--4459186
116
5.3
116
94
0
1086
47
8
3
40
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4458573--4459186
231
2.7
232
95
0
1104
47
8
3
40
1.52
4459570--4459612
18
2.4
18
80
0
50
44
9
30
16
1.79
4464201--4464250
20
2.4
22
83
10
68
38
0
32
30
1.58
4464201--4464258
11
5.5
10
80
15
64
39
0
29
31
1.57
4464201--4464264
31
2.1
31
88
5
94
40
0
28
31
1.57
4467737--4467869
26
5.2
26
90
5
209
36
24
4
33
1.76
4467737--4467869
49
2.6
51
94
3
225
36
24
4
33
1.76
4473562--4473696
26
5.2
26
92
1
227
37
25
4
33
1.76
4473562--4473696
51
2.6
52
96
1
245
37
25
4
33
1.76
4475087--4475122
18
2.0
18
100
0
72
22
16
16
44
1.86
4479532--4479617
43
2.0
43
100
0
172
41
11
20
25
1.86
4481390--4481451
32
1.9
33
86
3
90
74
3
19
3
1.10
4481947--4481981
18
1.9
18
94
0
61
34
11
22
31
1.90
4484955--4485127
87
2.0
87
100
0
346
36
8
8
46
1.64
4485437--4485493
28
2.0
28
100
0
114
33
10
14
42
1.79
4487290--4487340
21
2.5
21
87
12
72
60
3
1
33
1.26
4494647--4494704
26
2.2
26
87
0
80
46
12
3
37
1.58
4503507--4503564
22
2.6
21
73
10
53
31
8
0
60
1.27
4503894--4503944
17
3.0
17
75
16
52
35
1
0
62
1.06
4515770--4516351
205
2.8
205
94
0
993
30
18
21
28
1.97
4518064--4518140
18
4.2
19
74
22
76
36
1
0
62
1.04
4518064--4518190
23
5.7
22
71
18
95
35
3
0
61
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4518076--4518190
30
3.8
30
77
11
112
35
3
0
60
1.13
4518074--4518190
3
39.3
3
69
21
61
35
3
0
61
1.13
4518016--4518245
20
10.9
21
64
20
63
33
5
1
60
1.27
4518221--4518322
38
2.6
40
75
17
99
33
7
0
57
1.34
4518596--4518637
17
2.5
17
81
11
52
33
2
0
64
1.07
4518487--4518657
86
2.1
84
80
13
187
35
7
0
57
1.30
4524985--4525029
20
2.3
20
88
3
65
28
17
26
26
1.98
4525118--4525170
28
1.9
28
84
3
72
28
18
26
26
1.98
4528410--4528505
50
1.9
50
86
0
138
34
23
18
22
1.96
4529065--4529121
22
2.6
22
77
17
66
73
0
22
3
0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770