genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.387.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  387  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119213075--119213251	80	2.2	79	95	2	320	22	23	28	24	1.99
119221283--119221495	39	5.5	40	88	8	307	23	23	28	24	2.00
119221279--119221495	77	2.8	78	89	6	325	24	23	27	24	2.00
119227251--119227329	5	14.2	6	77	19	66	48	16	2	32	1.60
119227247--119227292	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
119227247--119227293	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
119227326--119227353	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
119235601--119235694	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
119235601--119235681	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
119238060--119238148	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
119238060--119238128	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
119242295--119242323	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
119248010--119248042	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
119248507--119248540	15	2.3	15	89	0	50	35	2	23	38	1.70
119249541--119249580	19	2.1	19	90	0	62	30	15	2	52	1.55
119251267--119251295	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
119251420--119251459	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
119252043--119252067	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
119252731--119252770	14	2.7	15	88	7	55	17	5	0	77	0.94
119257425--119257470	23	2.0	23	100	0	92	34	13	13	39	1.83
119258011--119258038	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
119259197--119259254	29	2.0	29	100	0	116	37	17	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119275305--119275347	15	3.2	15	69	30	51	65	0	6	27	1.18
119275298--119275347	25	2.0	25	100	0	100	64	0	8	28	1.22
119280975--119281048	33	2.3	33	86	6	100	44	4	0	51	1.20
119281041--119281260	11	21.4	10	69	24	97	65	2	2	29	1.21
119281090--119281170	22	3.4	24	82	17	114	69	3	3	23	1.21
119281158--119281212	13	4.4	13	93	2	87	67	0	0	32	0.91
119281164--119281260	15	6.7	15	75	12	78	63	0	3	32	1.10
119281107--119281270	43	3.7	42	74	16	118	66	1	3	28	1.16
119281066--119281262	49	4.0	50	75	14	139	65	2	3	28	1.21
119281206--119281309	20	5.4	20	69	21	62	59	0	5	33	1.28
119281108--119281268	13	11.8	14	66	26	55	66	1	3	28	1.16
119281284--119281367	26	3.6	23	69	13	64	53	3	0	42	1.18
119281288--119281376	23	3.7	26	71	13	82	51	4	1	42	1.29
119287016--119287046	15	2.1	15	100	0	62	19	12	0	67	1.22
119287721--119287754	16	2.1	17	94	5	61	64	0	11	23	1.26
119288655--119288716	16	4.0	15	74	13	54	20	9	11	58	1.61
119288673--119288723	16	3.2	16	97	0	93	21	11	13	52	1.72
119290041--119290074	14	2.4	14	90	5	50	67	0	17	14	1.23
119291345--119291432	9	10.3	9	72	18	64	59	0	2	38	1.10
119291347--119291451	25	4.3	25	71	25	82	60	0	2	37	1.12
119291390--119291425	15	2.3	16	95	4	65	55	0	5	38	1.23
119291334--119291449	34	3.4	34	76	11	103	59	0	3	37	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119291331--119291475	24	6.2	22	76	14	89	60	0	3	35	1.14
119291863--119291889	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
119292052--119292091	21	1.9	21	90	10	64	35	2	0	62	1.09
119292048--119292109	9	6.6	9	77	17	54	33	3	0	62	1.11
119292050--119292104	17	3.1	18	79	20	62	36	1	0	61	1.06
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119297713--119297892	53	3.4	51	79	9	173	40	20	8	31	1.82
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119342274--119342483	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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