genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.450.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  450  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138613573--138613755	40	4.6	39	74	8	129	26	24	27	22	2.00
138619074--138619160	39	2.2	40	83	2	113	25	24	27	22	2.00
138626979--138627164	80	2.3	80	86	3	241	27	22	26	24	2.00
138627019--138627170	40	3.8	40	82	3	171	26	22	26	23	2.00
138627017--138627200	80	2.3	80	82	3	210	26	22	27	24	2.00
138627016--138627200	40	4.7	38	77	9	156	25	22	27	24	2.00
138632089--138632113	8	3.1	8	100	0	50	24	36	0	40	1.55
138634070--138634365	40	7.4	40	89	3	395	22	21	29	26	1.99
138635959--138636100	55	2.6	55	79	4	144	23	26	16	33	1.96
138648021--138648068	20	2.4	20	85	0	69	18	33	29	18	1.95
138649710--138649831	43	2.9	42	74	11	122	28	25	15	30	1.96
138651531--138651585	20	2.8	20	74	0	56	34	20	25	20	1.96
138653188--138653291	48	2.2	47	79	5	118	11	25	0	62	1.35
138653228--138653277	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
138653203--138653289	24	3.6	24	76	0	93	11	26	0	62	1.29
138653287--138653383	42	2.3	42	91	1	151	14	23	5	56	1.58
138653294--138653361	21	3.2	21	65	8	57	11	22	7	58	1.57
138655821--138655868	20	2.4	20	71	0	51	33	18	27	20	1.96
138656502--138656530	12	2.3	13	94	5	51	20	0	20	58	1.39
138659885--138660272	132	2.9	132	81	3	424	29	20	16	32	1.95
138659885--138660354	132	3.6	131	79	3	381	28	19	18	32	1.96
138668753--138668854	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138674321--138674491	40	4.3	39	77	10	159	26	22	26	24	2.00
138682342--138682511	40	4.3	39	77	10	157	28	21	25	24	1.99
138684166--138684224	27	2.1	28	93	3	102	23	11	15	49	1.77
138691681--138691706	13	2.0	13	100	0	52	15	23	38	23	1.92
138695594--138695696	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
138703601--138703703	29	3.6	29	78	2	109	23	15	32	29	1.95
138706659--138706827	43	4.0	43	78	10	195	25	18	26	30	1.98
138713386--138713456	28	2.4	31	84	13	96	30	23	12	32	1.92
138713386--138713485	28	3.4	27	82	12	92	31	25	13	31	1.93
138722013--138722179	43	3.8	43	74	4	147	26	25	19	28	1.99
138722013--138722353	86	3.9	87	87	3	320	27	24	19	27	1.99
138722145--138723088	44	21.8	44	69	9	420	27	24	18	29	1.98
138722199--138722347	42	3.5	42	69	10	140	28	24	21	25	1.99
138722236--138723136	130	6.9	130	87	1	1225	27	24	19	29	1.98
138722149--138722353	86	2.4	86	97	0	383	29	24	19	26	1.98
138723006--138723182	45	4.0	44	69	13	121	24	25	18	31	1.98
138725779--138725954	46	3.8	46	76	15	182	20	19	30	30	1.97
138725776--138725945	93	1.8	93	92	0	286	20	20	30	28	1.97
138730570--138730604	8	4.5	8	89	3	54	11	20	22	45	1.82
138737657--138737720	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
138737912--138738031	24	5.0	24	88	10	174	27	21	20	30	1.98
138737933--138738030	47	2.1	47	94	5	171	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138738088--138738144	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
138738084--138738146	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
138738183--138738230	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
138738648--138738683	8	4.5	8	92	0	63	11	22	22	44	1.84
138749069--138749194	46	2.7	46	92	0	198	30	27	21	20	1.98
138749074--138749213	46	3.0	45	84	6	131	29	28	20	21	1.98
138754663--138754799	40	3.4	40	80	2	159	23	16	25	34	1.95
138754780--138754839	28	2.1	28	90	0	93	26	13	30	30	1.94
138764127--138764244	43	2.8	43	83	3	159	31	28	16	22	1.96
138766580--138766663	42	2.0	42	100	0	168	45	14	14	26	1.83
138774593--138774650	27	2.1	27	96	0	107	34	17	17	31	1.93
138775619--138775643	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
138777016--138777110	40	2.4	39	82	6	111	18	28	24	28	1.98
138778630--138778703	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
138778687--138778761	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
138778630--138778761	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
138789897--138790028	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
138793038--138793066	10	2.9	10	100	0	58	10	41	10	37	1.73
138806155--138806214	30	2.0	30	96	0	111	28	15	16	40	1.89
138810349--138810532	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
138810389--138810577	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
138818468--138818651	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138818508--138818696	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
138822149--138822312	35	4.7	35	81	3	179	31	10	24	33	1.89
138822231--138822308	34	2.3	35	84	2	95	29	11	25	33	1.91
138824249--138824316	24	2.8	24	91	4	111	47	19	14	19	1.83
138832809--138832970	29	5.6	29	80	5	150	24	16	33	25	1.95
138840946--138841048	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
138842368--138842535	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
138854315--138854353	17	2.3	17	90	0	60	20	20	15	43	1.88
138854371--138854444	25	3.0	25	80	7	71	35	17	9	37	1.82
138858548--138858729	40	4.6	40	97	0	328	31	25	20	22	1.98
138858503--138858729	80	2.8	80	89	1	337	31	25	19	23	1.98
138862672--138862697	11	2.4	11	100	0	52	61	15	7	15	1.55
138864735--138864848	56	2.0	56	96	0	210	42	27	5	24	1.76
138865496--138865680	40	4.6	40	88	1	226	33	26	17	22	1.96
138865536--138865680	40	3.6	40	91	0	227	33	26	17	22	1.96
138868790--138868977	40	4.7	40	89	1	270	25	28	22	23	1.99
138868770--138868977	80	2.6	79	89	3	310	26	28	21	23	1.99
138871705--138871888	40	4.6	39	86	4	201	24	26	22	26	2.00
138871677--138871888	80	2.7	80	81	5	218	25	26	21	26	2.00
138878608--138878632	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
138883688--138883782	35	2.7	35	100	0	190	28	9	26	35	1.88
138885480--138885689	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138893511--138893723	40	5.2	40	85	5	284	21	28	24	25	1.99
138893511--138893723	83	2.6	79	88	3	291	21	28	24	25	1.99
138901096--138901259	40	4.2	40	79	6	158	23	26	23	26	2.00
138907046--138907229	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
138907086--138907274	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
138912380--138912546	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
138916102--138916233	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
138916102--138916233	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
138923043--138923206	6	26.7	6	72	16	113	50	15	14	20	1.78
138923043--138923206	19	8.9	19	69	20	100	50	15	14	20	1.78
138923066--138923235	31	5.5	31	88	4	236	50	15	13	21	1.78
138923069--138923170	25	3.8	25	72	20	73	49	15	15	19	1.80
138923318--138923424	27	4.0	26	81	6	88	38	21	22	17	1.93
138923988--138924295	27	11.4	27	84	2	316	25	19	17	37	1.93
138924003--138924292	54	5.4	54	84	1	357	26	18	17	37	1.93
138923988--138924292	81	3.8	81	83	0	385	25	19	17	37	1.93
138924278--138924564	80	3.6	78	81	7	321	31	9	19	40	1.83
138924276--138924585	27	11.7	27	76	9	262	30	9	20	40	1.83
138926534--138926732	6	32.3	6	67	17	88	48	14	15	22	1.80
138926569--138926732	31	5.3	31	90	0	247	48	14	15	21	1.80
138926852--138926959	27	4.0	26	82	5	108	37	21	21	19	1.94
138927351--138927381	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138927523--138927881	27	13.4	27	82	4	334	27	17	16	38	1.91
138927521--138927961	54	8.2	53	77	7	304	27	15	17	39	1.90
138927755--138928120	54	6.8	53	78	8	305	29	11	19	39	1.87
138927808--138928120	27	11.7	27	78	8	309	30	9	20	39	1.84
138927752--138928118	161	2.3	161	81	8	401	29	11	20	38	1.87
138927809--138928125	53	5.9	54	79	10	303	30	9	20	39	1.84
138940125--138940291	40	4.2	40	80	3	167	23	26	22	26	2.00
138942248--138942404	43	3.7	43	80	9	187	31	24	19	25	1.98
138946144--138946181	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
138946446--138946571	47	2.7	49	82	14	158	28	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770