genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.537.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  537  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166969815--166970060	40	6.2	40	89	2	356	26	28	21	23	1.99
166977513--166977687	46	3.8	46	77	15	189	29	29	18	22	1.98
166977521--166977692	93	1.8	93	91	0	281	28	30	19	22	1.98
166977518--166977707	46	4.1	46	73	15	142	29	29	18	22	1.98
166984078--166984294	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
166984074--166984294	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
166992164--166992372	40	5.4	40	83	8	236	26	22	25	25	2.00
166992170--166992317	36	3.9	36	81	13	163	25	23	25	26	2.00
166992156--166992361	76	2.7	78	80	11	246	26	22	25	25	2.00
166997689--166997750	26	2.4	26	89	5	90	35	14	9	40	1.79
166997878--166997916	6	6.5	6	93	0	60	15	25	2	56	1.52
166999967--167000039	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
167000026--167000098	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
167007554--167007592	18	2.2	18	85	0	51	41	2	15	41	1.61
167007594--167007691	28	3.5	28	84	4	117	31	26	14	27	1.95
167014619--167014724	27	3.9	28	88	2	146	21	24	19	33	1.97
167014618--167014724	55	2.0	54	87	5	153	21	24	19	34	1.96
167016647--167016822	50	3.5	49	85	1	208	26	18	25	29	1.98
167021291--167021422	40	3.3	40	88	3	169	23	20	29	26	1.99
167031137--167031193	25	2.3	25	90	6	89	36	3	38	21	1.70
167032590--167032700	27	4.1	27	88	1	143	15	22	22	39	1.91
167035572--167035824	68	3.9	64	77	10	219	29	16	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167038547--167038676	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
167046144--167046273	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
167047727--167047753	12	2.2	12	100	0	54	40	0	11	48	1.39
167055963--167056113	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
167055999--167056129	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
167057553--167057586	18	1.9	18	88	5	52	20	41	23	14	1.89
167057710--167057756	24	1.9	25	91	4	78	10	17	19	53	1.72
167062705--167063037	39	8.5	39	91	0	540	23	25	27	23	2.00
167068526--167068649	22	5.5	22	75	12	108	24	22	16	36	1.94
167068516--167068654	45	3.1	45	75	14	124	24	23	16	35	1.94
167072590--167072690	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
167080628--167080728	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
167084751--167084873	29	4.2	29	98	0	237	30	15	27	26	1.96
167084752--167084910	58	2.7	58	90	1	212	27	15	31	25	1.96
167084751--167084910	87	1.8	87	86	2	232	26	15	31	26	1.96
167084751--167084939	87	2.2	87	83	3	229	26	16	31	25	1.96
167094307--167094473	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
167094307--167094473	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
167095298--167095343	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
167102307--167102473	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
167102307--167102473	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
167103298--167103343	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167111093--167111244	52	3.0	52	83	3	200	30	25	18	26	1.98
167111059--167111244	50	3.7	50	80	4	187	31	24	17	26	1.97
167114449--167114612	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
167114449--167114646	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
167120485--167120614	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
167128540--167128669	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
167130851--167130923	15	5.0	15	73	15	55	61	0	2	35	1.10
167130947--167130985	19	2.1	19	85	9	53	48	7	5	38	1.54
167131038--167131075	20	1.9	19	85	15	51	73	0	18	7	1.06
167131038--167131079	15	2.7	16	77	7	50	71	0	21	7	1.09
167131624--167131701	39	2.0	39	100	0	156	33	10	20	35	1.86
167132365--167132417	18	2.9	18	85	0	70	33	11	16	37	1.85
167133703--167133739	14	2.5	15	86	8	58	13	10	21	54	1.69
167134383--167134431	24	2.0	24	96	0	89	28	22	8	40	1.82
167137914--167138017	27	3.9	27	74	5	93	28	17	15	38	1.90
167140154--167140319	43	3.9	43	78	5	167	27	14	25	32	1.95
167142590--167142765	46	3.8	46	79	12	207	20	21	28	28	1.98
167142587--167142758	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.99
167147720--167147838	41	2.9	41	87	0	175	32	22	23	21	1.98
167147825--167148138	41	7.7	41	85	1	373	25	19	25	29	1.99
167147825--167148138	122	2.6	121	83	3	387	25	19	25	29	1.99
167147825--167148138	81	3.9	81	83	2	387	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167147825--167148118	163	1.8	163	90	1	473	24	19	26	29	1.98
167148584--167148613	7	4.3	7	95	0	51	30	53	0	16	1.44
167148789--167148848	28	2.1	29	81	3	68	53	25	3	18	1.60
167148930--167148964	14	2.5	14	85	0	52	20	0	34	45	1.51
167149350--167149405	7	7.6	7	82	6	58	66	7	1	25	1.27
167149350--167149411	22	2.8	22	80	2	70	62	6	1	29	1.29
167149349--167149405	15	3.8	16	81	11	66	66	7	1	24	1.26
167149439--167149484	23	2.0	24	82	4	58	63	6	2	28	1.31
167154592--167154838	40	6.2	40	90	3	358	26	29	20	23	1.99
167154592--167154837	79	3.1	79	89	3	352	26	29	20	23	1.99
167154583--167154838	119	2.2	120	86	5	360	26	29	20	23	1.99
167157571--167157718	40	3.7	39	83	7	129	22	27	23	26	2.00
167161188--167161351	43	3.8	43	74	10	149	30	15	25	28	1.96
167161187--167161363	85	2.1	86	86	3	241	29	15	24	29	1.96
167161225--167161499	85	3.2	84	80	7	272	28	19	23	28	1.98
167164520--167164546	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
167169027--167169496	94	5.0	94	98	0	904	30	10	19	40	1.85
167169455--167169504	24	2.1	24	84	0	64	30	14	22	34	1.93
167169525--167169586	24	2.6	24	89	5	90	19	14	30	35	1.92
167171634--167171719	40	2.2	40	91	4	138	22	30	26	20	1.98
167180628--167180779	40	3.8	40	78	10	143	23	23	28	25	2.00
167188628--167188732	40	2.6	40	82	8	124	25	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167192251--167192381	35	3.6	35	78	11	138	32	25	11	30	1.91
167198812--167199032	40	5.5	40	84	3	214	27	24	21	27	1.99
167198833--167199032	80	2.5	80	84	0	256	28	24	20	27	1.99
167207980--167208117	40	3.5	40	85	2	179	23	21	28	26	1.99
167207980--167208140	80	2.0	80	81	4	191	22	21	27	28	1.99
167210121--167210341	40	5.5	40	87	3	266	26	25	21	25	2.00
167213118--167213247	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
167213118--167213285	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
167221170--167221299	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
167221170--167221337	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
167229275--167229412	39	3.5	38	82	3	150	25	23	28	22	1.99
167234280--167234465	40	4.7	40	86	5	218	25	22	26	25	2.00
167234314--167234488	80	2.2	80	81	9	207	28	21	25	25	1.99
167241427--167241452	12	2.2	12	100	0	52	26	34	23	15	1.94
167252086--167252156	34	2.1	34	84	5	90	29	22	23	23	1.99
167252107--167252172	34	2.0	33	88	8	98	27	22	25	24	2.00
167252328--167252427	52	1.9	52	87	4	148	34	19	7	40	1.78
167256747--167256914	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
167256763--167256912	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
167264757--167264923	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
167264773--167264921	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
167271807--167271909	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167280251--167280308	30	1.9	30	93	6	100	20	34	24	20	1.97
167282958--167283129	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.99
167282950--167283125	46	3.8	46	76	10	187	28	28	20	22	1.98
167286802--167286862	27	2.3	27	91	0	104	29	26	21	22	1.99
167293359--167293542	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
167296343--167296547	40	5.1	40	85	4	245	26	26	20	25	1.99
167300672--167300858	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
167300695--167300858	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
167300695--167300892	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
167308239--167308425	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770