genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  55  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16054368--16054861	247	2.0	247	92	0	828	37	10	23	28	1.89
16064821--16064858	18	2.1	18	85	9	51	63	2	18	15	1.43
16069803--16069962	26	6.2	26	88	0	248	33	7	24	35	1.83
16069803--16069962	52	3.1	52	93	0	275	33	7	24	35	1.83
16075990--16076057	22	3.0	23	76	10	77	23	25	19	32	1.97
16075976--16076054	24	3.3	23	77	10	72	26	25	17	30	1.97
16084031--16084138	37	2.9	37	95	0	189	25	32	19	23	1.97
16084279--16084568	48	6.0	48	90	0	454	32	25	6	36	1.81
16089170--16089345	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
16089167--16089338	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
16096694--16096869	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
16096691--16096862	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
16098320--16098449	29	4.5	29	76	8	113	30	26	20	23	1.98
16098618--16098824	43	4.8	43	97	0	387	31	31	24	12	1.92
16100520--16100666	37	4.0	37	96	0	267	25	31	19	23	1.98
16100807--16101000	48	4.0	48	91	0	307	31	25	6	36	1.82
16103840--16103864	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
16105792--16105850	28	2.1	28	84	6	75	47	1	23	27	1.61
16106390--16106522	47	2.8	47	82	3	169	24	15	25	34	1.95
16114984--16115247	46	5.7	47	72	13	174	22	29	19	28	1.98
16122590--16122722	49	2.7	50	83	3	171	24	31	18	25	1.98
16122589--16122756	49	3.5	49	78	10	170	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16128519--16128560	21	2.0	20	86	13	59	28	0	28	42	1.56
16129846--16130077	41	5.6	41	77	3	223	38	15	25	19	1.92
16129853--16130077	83	2.7	82	78	5	247	37	16	25	20	1.93
16133698--16133819	38	3.2	38	91	5	187	22	25	24	27	2.00
16133698--16133842	38	3.8	38	87	5	179	22	24	24	28	1.99
16133835--16133946	43	2.6	43	91	0	188	15	26	28	29	1.96
16137786--16137816	14	2.2	14	94	0	53	83	0	0	16	0.64
16140459--16140505	23	2.0	23	100	0	94	19	8	25	46	1.77
16144333--16144363	16	2.0	15	93	6	53	58	9	0	32	1.31
16151588--16151733	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
16151620--16151771	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
16159703--16159848	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
16159735--16159886	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
16170032--16170239	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
16170034--16170239	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
16176316--16176466	40	3.8	40	84	8	193	26	22	25	25	2.00
16176316--16176499	79	2.3	77	80	10	201	27	21	25	25	1.99
16178339--16178402	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
16178621--16178717	25	3.9	25	91	2	151	30	20	23	24	1.98
16178772--16178828	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
16178764--16178830	20	3.3	20	100	0	134	34	19	10	35	1.86
16178764--16178819	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16192030--16192087	29	2.0	29	83	6	73	68	1	20	8	1.25
16195889--16195962	37	2.0	37	100	0	148	32	21	16	29	1.95
16197591--16197651	22	2.8	22	79	0	59	73	8	8	9	1.24
16209388--16209618	48	4.8	48	84	1	293	28	26	17	27	1.97
16209352--16209618	96	2.8	97	83	3	308	29	27	16	26	1.97
16213644--16213760	42	2.8	42	81	6	112	31	13	21	33	1.92
16219519--16219554	18	2.0	18	94	0	63	41	5	13	38	1.68
16221220--16221318	43	2.3	42	86	3	144	28	16	26	29	1.97
16222959--16223024	28	2.4	28	89	0	96	16	43	19	19	1.88
16224208--16224382	46	3.8	46	76	7	165	24	26	20	28	1.99
16224208--16224382	94	1.9	93	84	4	235	24	26	20	28	1.99
16227896--16227981	45	1.9	45	95	0	154	44	18	11	25	1.84
16232064--16232185	46	2.6	46	85	5	156	22	25	20	31	1.98
16232061--16232185	48	2.7	47	85	5	164	22	25	20	31	1.98
16232061--16232196	46	2.9	46	81	2	155	24	25	19	30	1.98
16233815--16233874	29	2.0	30	83	3	77	38	5	25	31	1.77
16235869--16235895	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
16236804--16236837	17	2.0	17	88	11	52	61	5	0	32	1.20
16243306--16243436	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
16243306--16243436	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
16251263--16251393	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
16251263--16251393	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16255473--16255699	47	4.8	45	72	13	165	27	17	31	23	1.97
16259870--16260017	41	3.6	41	75	12	133	22	19	29	28	1.98
16266645--16266852	46	4.5	45	74	13	172	26	20	29	23	1.99
16267958--16267984	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
16268479--16268583	48	2.1	49	96	3	194	25	9	24	40	1.85
16269480--16269538	21	2.9	21	87	2	93	13	33	27	25	1.93
16271005--16271070	33	2.0	33	100	0	132	33	6	30	30	1.82
16275098--16275280	51	3.6	50	81	4	215	29	28	14	27	1.95
16275098--16275275	52	3.5	52	85	4	222	29	28	14	27	1.95
16278705--16278842	44	3.2	42	78	7	100	32	24	18	24	1.97
16290924--16290949	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
16290886--16290989	53	2.0	53	96	0	190	27	25	21	25	1.99
16290937--16291067	40	3.3	39	80	6	147	27	24	20	27	1.99
16290851--16291029	93	1.9	93	83	2	234	26	27	21	24	1.99
16291154--16291342	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
16291036--16291374	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
16293251--16293347	40	2.5	40	93	3	162	34	18	1	46	1.56
16295019--16295189	92	1.8	93	86	1	245	22	19	28	29	1.98
16298168--16298209	15	2.8	15	92	0	66	11	19	14	54	1.70
16298167--16298236	15	4.7	15	77	10	63	11	20	12	55	1.67
16298157--16298236	30	2.7	30	81	11	92	11	18	15	55	1.69
16300611--16300786	46	3.8	45	75	10	158	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16300607--16300778	93	1.8	93	87	0	254	22	19	28	29	1.98
16303206--16303247	18	2.4	19	84	11	54	28	7	0	64	1.20
16305251--16305276	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
16305816--16305893	26	3.0	26	66	3	77	33	12	19	34	1.90
16305791--16305893	51	2.0	51	100	0	206	30	15	21	33	1.94
16305791--16305871	25	3.2	25	68	3	81	25	19	24	29	1.99
16311739--16311804	24	2.8	24	75	13	64	34	3	31	30	1.73
16313138--16313270	27	4.9	27	87	0	167	38	21	12	28	1.89
16313138--16313295	81	2.0	81	83	2	201	37	20	12	29	1.88
16313138--16313295	27	5.9	27	83	2	165	37	20	12	29	1.88
16313549--16313637	27	3.3	26	74	3	79	24	20	15	39	1.91
16315839--16315876	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
16316105--16316275	46	3.7	46	76	4	173	29	28	19	22	1.98
16316106--16316276	93	1.8	93	88	0	261	29	28	19	21	1.98
16318211--16318275	24	2.7	24	76	9	69	35	3	32	29	1.73
16319600--16319772	27	6.4	27	83	4	197	39	23	9	28	1.85
16319698--16319786	27	3.3	27	87	3	117	41	20	11	26	1.86
16321887--16321952	24	2.8	24	77	9	71	34	3	33	28	1.73
16323273--16323416	27	5.3	27	84	5	184	38	22	10	28	1.87
16323288--16323444	27	5.8	26	77	13	99	38	22	10	28	1.87
16323274--16323443	54	3.2	52	79	11	184	38	23	10	28	1.87
16323276--16323433	81	2.0	81	88	2	237	37	22	10	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16323369--16323457	27	3.3	27	81	6	83	40	20	11	28	1.86
16328218--16328393	46	3.8	46	75	12	180	21	21	28	28	1.98
16328214--16328385	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	28	1.98
16330973--16331273	40	7.5	39	77	7	264	30	13	32	23	1.94
16330989--16331267	80	3.5	80	87	1	389	30	12	32	24	1.93
16330978--16331260	120	2.4	120	77	8	306	30	13	32	23	1.93
16335024--16335057	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
16336266--16336395	28	4.7	27	83	8	154	26	31	15	26	1.96
16336250--16336395	56	2.6	55	81	3	168	24	31	15	28	1.95
16337734--16337904	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770