Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  104  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30032548--30032620
35
2.1
35
100
0
146
26
19
28
26
1.98
30034445--30034469
7
3.6
7
100
0
50
12
0
28
60
1.32
30035339--30035408
27
2.5
28
90
2
115
25
12
28
32
1.93
30042653--30042833
40
4.6
39
83
10
219
24
28
22
24
2.00
30042655--30042834
77
2.3
79
85
6
242
25
27
22
24
2.00
30050754--30050939
79
2.3
80
80
9
193
24
26
23
25
2.00
30050752--30050939
40
4.7
40
83
7
213
25
27
22
25
2.00
30054540--30054594
26
2.3
23
81
15
58
23
21
5
49
1.70
30054548--30054619
26
2.7
26
89
6
99
22
22
4
51
1.65
30056457--30056483
12
2.2
12
100
0
54
33
18
0
48
1.49
30058114--30058167
21
2.6
21
93
0
90
18
24
18
38
1.93
30060503--30060540
13
3.0
13
92
3
60
42
15
28
13
1.85
30077015--30077045
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
30086076--30086104
14
2.0
15
93
6
51
27
0
20
51
1.47
30086886--30086928
16
2.8
15
75
6
50
41
0
18
39
1.51
30089817--30089921
27
3.9
26
81
9
113
17
23
21
37
1.94
30089817--30089926
54
2.0
54
82
6
134
17
23
20
38
1.93
30098273--30098494
41
5.6
40
76
7
202
26
26
21
25
2.00
30098309--30098494
81
2.3
81
81
7
200
25
27
21
25
1.99
30111782--30111882
27
3.7
26
84
8
130
16
24
21
36
1.94
30114714--30114753
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
30116037--30116168
19
7.1
19
88
8
200
38
9
15
37
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30116024--30116131
36
2.9
36
75
13
103
37
8
14
38
1.77
30116037--30116179
55
2.5
55
93
3
241
37
9
14
38
1.80
30116037--30116168
36
3.5
37
88
8
189
38
9
15
37
1.79
30120822--30120851
11
2.7
11
100
0
60
30
10
16
43
1.81
30121811--30121851
7
6.8
6
81
18
50
82
0
17
0
0.66
30121808--30121854
11
4.4
11
84
10
53
85
0
14
0
0.61
30121808--30121850
18
2.5
17
88
7
61
83
0
16
0
0.64
30123840--30123908
28
2.5
28
88
6
97
30
27
14
27
1.95
30125416--30125723
44
6.9
44
70
9
169
32
16
23
27
1.96
30125542--30125708
88
1.9
87
84
6
221
32
15
22
29
1.95
30125404--30125708
132
2.3
133
87
0
434
32
16
23
28
1.96
30125670--30126252
175
3.3
175
92
0
972
32
19
20
28
1.96
30125813--30126291
87
5.5
87
66
15
272
32
17
20
29
1.96
30125744--30126194
86
5.2
85
67
17
264
33
19
19
27
1.96
30130525--30130550
13
2.0
13
100
0
52
23
0
15
61
1.33
30132945--30133051
48
2.2
49
93
3
189
42
21
5
29
1.75
30136238--30136300
32
1.9
33
96
3
119
31
19
11
38
1.86
30136431--30136533
42
2.5
42
88
0
143
31
22
15
31
1.95
30140542--30140619
40
2.0
40
86
0
111
30
21
21
25
1.98
30140542--30140630
40
2.2
40
83
0
106
33
21
21
23
1.97
30140566--30140869
114
2.7
113
84
2
374
32
19
20
27
1.97
30141058--30141093
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30141765--30141845
8
9.9
8
70
21
53
61
3
2
32
1.26
30141793--30141857
7
9.0
7
81
6
58
58
1
1
38
1.17
30141793--30141883
28
3.2
28
76
9
76
56
3
3
37
1.32
30141917--30141964
20
2.4
20
75
10
53
66
0
6
27
1.15
30142203--30142253
27
1.9
26
88
4
75
54
1
43
0
1.11
30142196--30142265
21
3.3
21
78
7
63
52
1
42
2
1.24
30145802--30145957
43
3.6
42
79
6
161
23
14
26
35
1.93
30145799--30145957
86
1.8
86
84
0
219
22
14
25
37
1.92
30147822--30147892
36
2.0
36
94
0
124
21
25
18
35
1.95
30147856--30147950
50
1.9
50
91
0
154
27
23
14
34
1.94
30155717--30155803
20
4.3
20
80
4
95
11
28
19
40
1.86
30159755--30159804
22
2.3
22
96
0
91
50
8
12
30
1.68
30162949--30163006
25
2.4
25
82
5
75
24
20
22
32
1.98
30163057--30163114
21
2.7
22
84
10
77
31
22
12
34
1.91
30171028--30171085
25
2.4
25
85
2
73
24
20
22
32
1.98
30171136--30171193
21
2.7
22
84
10
77
31
22
12
34
1.91
30173076--30173117
18
2.3
18
87
0
57
57
19
2
21
1.52
30175379--30175407
13
2.2
13
100
0
58
13
0
31
55
1.39
30175708--30175759
21
2.5
21
90
6
79
30
3
30
34
1.76
30177599--30177646
17
2.8
17
77
0
60
50
2
4
43
1.33
30181874--30182373
3
166.0
3
72
10
256
29
6
3
61
1.37
30182191--30182266
23
3.2
23
80
12
82
26
7
1
64
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30185516--30185594
41
1.9
41
89
0
122
31
24
24
20
1.98
30185580--30185727
41
3.6
41
85
0
208
24
20
27
27
1.99
30185978--30187105
496
2.3
494
96
0
2040
35
7
14
42
1.73
30191667--30191705
12
2.9
13
88
11
53
7
17
30
43
1.77
30200546--30200675
64
2.0
64
93
0
224
31
19
13
36
1.90
30200732--30201190
44
10.6
42
69
11
203
36
20
22
20
1.95
30200778--30201147
44
8.5
44
71
8
226
36
20
23
19
1.95
30200730--30201106
87
4.3
87
89
1
535
36
20
23
20
1.95
30201076--30201354
85
3.3
85
85
8
354
32
20
23
22
1.98
30200949--30201201
129
2.0
127
88
7
330
36
19
23
20
1.95
30201374--30201537
88
1.9
88
85
0
229
29
21
17
31
1.97
30203012--30203490
3
163.0
3
69
13
178
28
7
3
60
1.39
30203152--30203213
19
3.3
19
75
18
67
27
3
6
62
1.35
30203252--30203280
5
6.0
5
92
8
51
17
0
0
82
0.66
30203291--30203375
43
2.0
43
82
13
104
28
9
1
61
1.35
30203556--30203598
13
3.3
13
78
9
52
16
9
9
65
1.47
30212842--30213386
271
2.0
272
96
0
1002
40
17
13
28
1.87
30213756--30213854
49
2.0
51
88
4
148
55
13
6
25
1.60
30218326--30218423
49
2.0
50
89
2
153
54
10
7
28
1.60
30220663--30220775
35
3.2
35
87
1
118
31
16
20
30
1.95
30220677--30220804
35
3.7
35
86
4
168
28
15
22
32
1.95
30223169--30223206
15
2.6
15
95
4
69
78
7
7
5
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30227519--30227552
14
2.3
15
90
5
52
11
20
11
55
1.67
30230482--30230515
3
11.3
3
100
0
68
35
0
32
32
1.58
30231079--30231129
25
2.0
25
85
7
68
60
1
0
37
1.08
30234222--30234269
22
2.2
22
96
0
87
27
8
29
35
1.86
30236568--30236610
23
2.0
21
90
9
68
62
2
11
23
1.40
30238555--30238598
15
2.9
15
80
10
54
56
4
4
34
1.40
30244431--30244462
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
30244974--30245004
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
30252633--30252674
21
1.9
22
85
9
59
21
21
42
14
1.88
30254853--30254901
22
2.3
21
80
19
57
40
2
2
55
1.23
30258623--30258684
31
2.1
30
82
17
76
29
17
8
45
1.77
30258842--30258967
25
5.1
24
69
16
78
30
19
24
25
1.98
30269474--30269639
82
2.0
82
97
0
314
30
9
20
39
1.84
30283747--30283780
18
1.9
18
88
5
52
20
5
11
61
1.50
30284839--30284867
12
2.4
12
100
0
58
37
6
31
24
1.82
30290245--30290740
47
10.6
47
93
0
758
33
12
27
25
1.92
30290285--30290359
24
3.2
24
62
24
59
28
13
32
26
1.94
30290521--30290596
22
3.3
22
66
16
64
32
11
28
26
1.92
30290754--30290844
46
2.0
46
86
0
128
34
6
31
27
1.83
30295182--30295325
39
3.7
40
84
0
175
23
22
29
23
1.99
30296968--30297293
162
2.0
162
96
1
600
40
15
15
28
1.88
30297521--30297571
24
2.0
26
85
11
70
19
3
5
70
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30297605--30297673
23
3.2
22
86
10
97
42
0
0
57
0.98
30297629--30297682
20
2.8
20
81
13
76
42
0
0
57
0.98
30297612--30297761
80
1.9
81
81
13
184
42
2
2
53
1.23
30297763--30297808
21
2.3
20
85
7
58
34
0
4
60
1.16
30297733--30297843
9
11.6
9
69
21
57
34
0
3
62
1.13
30297793--30297832
21
2.0
20
95
5
71
27
0
2
70
1.01
30297762--30297848
30
3.0
30
86
3
115
35
0
3
60
1.13
30297798--30297846
21
2.6
18
84
12
55
34
0
2
63
1.06
30297910--30297953
18
2.3
19
88
11
63
36
0
0
63
0.95
30298073--30298105
7
4.9
7
85
7
50
45
0
0
54
0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770