genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.693.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  693  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218404767--218404950	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
218404807--218404995	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
218412884--218413067	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
218412924--218413112	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
218416684--218416712	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
218417262--218417331	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
218425162--218425231	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
218427307--218427349	20	2.2	20	100	0	86	51	32	4	11	1.59
218440962--218441058	47	2.1	47	96	0	176	35	20	16	27	1.94
218447192--218447395	40	5.1	39	83	1	210	26	26	22	24	2.00
218449149--218449174	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
218451207--218451236	10	3.0	10	95	0	51	0	66	0	33	0.92
218452848--218452878	14	2.2	14	94	0	53	16	3	3	77	1.03
218454828--218454858	13	2.4	13	100	0	62	32	25	19	22	1.97
218458307--218458470	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
218466409--218466572	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
218470422--218470631	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
218478556--218478765	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
218482340--218482516	38	4.6	39	83	11	206	24	27	23	24	2.00
218482319--218482518	40	5.2	39	82	10	216	25	27	22	25	2.00
218490369--218490552	39	4.7	40	87	8	252	26	27	22	23	1.99
218490369--218490552	79	2.3	80	87	5	259	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218497632--218497833	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
218497631--218497782	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
218505531--218505732	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
218505530--218505681	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
218511603--218511769	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
218519596--218519761	40	4.2	40	82	3	185	24	27	22	26	2.00
218519612--218519721	39	2.8	39	87	4	141	23	29	23	23	1.99
218522783--218522890	40	2.7	39	84	8	121	20	29	25	24	1.99
218530740--218530907	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
218530756--218530905	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
218534350--218534530	40	4.5	40	88	1	229	22	28	22	25	1.99
218534327--218534530	80	2.5	78	84	6	255	25	28	21	24	1.99
218538394--218538492	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
218546401--218546499	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
218549774--218549902	40	3.2	40	82	4	163	24	27	24	23	2.00
218549774--218549936	40	4.1	40	78	4	143	22	27	25	25	2.00
218557776--218557905	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
218557776--218557939	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
218564559--218564599	21	2.0	21	85	4	57	29	4	7	58	1.46
218567418--218567658	132	1.8	132	86	1	349	27	22	12	37	1.90
218568725--218568783	31	1.9	31	89	0	91	22	10	28	38	1.86
218571534--218571700	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218571534--218571700	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
218572524--218572569	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
218576563--218576604	20	2.1	20	86	0	57	0	21	4	73	1.01
218583184--218583351	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
218585008--218585073	33	2.0	33	97	2	125	27	31	18	22	1.97
218589693--218589836	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
218592153--218592225	28	2.6	28	93	2	128	26	31	15	27	1.95
218592095--218592225	29	4.6	29	81	2	131	24	32	17	25	1.97
218599875--218599947	28	2.6	28	93	2	128	26	31	15	27	1.95
218599817--218599947	29	4.6	29	81	2	131	24	32	17	25	1.97
218603023--218603131	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
218603023--218603131	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
218610796--218610904	24	4.6	22	82	10	101	33	23	18	24	1.97
218610796--218610904	48	2.3	48	93	3	184	33	23	18	24	1.97
218616536--218616793	40	6.5	40	89	2	369	24	22	26	25	2.00
218621754--218621929	46	3.8	46	77	10	187	28	29	21	21	1.98
218627180--218627350	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
218627172--218627347	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
218630458--218630496	19	2.0	20	90	5	62	43	10	5	41	1.61
218634703--218634832	40	3.3	40	82	5	158	24	27	22	25	2.00
218638687--218638817	29	4.6	29	93	0	210	25	32	15	26	1.95
218638658--218638817	86	1.9	87	81	4	198	25	35	15	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218646532--218646633	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
218654315--218654503	29	6.6	29	83	9	210	25	33	16	24	1.96
218654363--218654503	59	2.4	58	90	3	212	24	31	16	26	1.96
218657398--218657564	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
218657398--218657564	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
218658390--218658435	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
218665400--218665566	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
218665400--218665566	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
218666392--218666437	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
218672085--218672248	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
218672085--218672282	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
218679659--218679822	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
218679659--218679856	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
218684320--218684485	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
218684320--218684469	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
218692322--218692488	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
218698625--218698771	40	3.7	40	88	5	156	24	24	26	24	2.00
218706704--218706856	40	3.8	40	78	9	134	22	24	28	25	1.99
218723152--218723318	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
218731123--218731289	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
218732111--218732156	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
218733772--218733947	46	3.8	46	76	12	180	21	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218733769--218733940	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	29	1.98
218737617--218737720	40	2.6	40	84	1	129	29	22	26	21	1.99
218745547--218745697	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
218745584--218745713	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
218750537--218750599	32	2.0	32	100	0	126	38	11	28	22	1.88
218750541--218750609	32	2.2	32	89	5	104	42	13	23	21	1.88
218753215--218753346	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
218761269--218761420	29	5.2	29	93	1	243	26	30	15	28	1.96
218761201--218761410	88	2.4	87	79	4	199	27	33	14	24	1.94
218764008--218764109	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
218771862--218771963	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
218779712--218779813	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
218787552--218787653	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
218787755--218787787	16	2.0	17	88	5	50	36	24	0	39	1.56
218795119--218795221	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
218807152--218807353	40	5.1	40	84	4	239	24	21	27	26	1.99
218807152--218807353	79	2.5	79	81	7	230	24	21	27	26	1.99
218816609--218816768	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
218816609--218816768	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
218820817--218821013	40	4.9	40	91	4	285	26	21	26	25	1.99
218820818--218821060	40	6.1	40	88	6	137	26	21	26	25	1.99
218820824--218821064	80	3.0	79	84	10	262	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218820817--218821048	120	1.9	119	81	9	276	26	21	26	25	1.99
218828897--218829041	40	3.6	40	87	4	211	24	25	26	23	2.00
218832178--218832250	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
218832341--218832365	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
218840114--218840186	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
218840277--218840303	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
218844707--218844746	20	2.2	18	86	13	55	20	10	5	65	1.42
218845283--218845533	131	1.9	132	88	2	380	28	19	19	31	1.97
218845283--218845564	131	2.1	132	85	1	379	30	19	18	32	1.95
218845291--218845638	131	2.7	131	79	7	348	27	19	19	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770