genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  260  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78126911--78126951	21	1.9	22	95	5	75	0	34	0	65	0.93
78127813--78127895	3	27.7	3	100	0	166	66	0	0	33	0.92
78133557--78133603	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
78135090--78135175	28	3.0	28	84	3	109	26	29	15	29	1.96
78136648--78136679	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
78137993--78138130	43	3.2	43	72	12	124	31	23	18	26	1.97
78142263--78142425	40	4.1	40	87	3	224	23	28	24	23	2.00
78154140--78154164	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
78162515--78162590	29	2.7	29	87	2	100	27	28	13	30	1.94
78163584--78163618	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
78174690--78174811	29	4.2	29	81	3	140	26	13	30	30	1.93
78182312--78182428	44	2.7	42	75	11	112	34	24	14	26	1.94
78185719--78185819	29	3.5	28	82	5	107	28	26	16	27	1.97
78187614--78187654	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
78189888--78189940	26	2.1	25	85	3	70	15	15	22	47	1.82
78190217--78190320	29	3.6	29	85	6	140	27	27	16	27	1.97
78190555--78190585	8	3.9	8	91	0	53	12	25	22	38	1.90
78190547--78190589	16	2.7	16	88	0	68	11	23	18	46	1.82
78194301--78194528	46	5.0	46	92	1	350	39	14	23	21	1.91
78197184--78197350	40	4.2	40	79	3	169	23	28	22	25	1.99
78202359--78202422	17	3.7	18	68	27	57	39	31	1	28	1.66
78203425--78203554	43	3.1	41	73	10	120	31	21	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78206046--78206132	45	1.9	45	90	0	138	22	13	26	36	1.92
78208795--78209014	56	3.9	56	81	2	255	37	21	10	30	1.88
78219153--78219266	43	2.7	43	82	5	133	27	16	22	33	1.96
78219153--78219253	42	2.4	42	85	6	123	26	15	22	34	1.95
78219157--78219266	42	2.6	42	76	9	116	27	17	22	32	1.96
78219157--78219279	43	2.9	42	75	7	122	26	16	22	34	1.95
78223363--78223437	36	2.1	36	94	2	132	60	4	22	13	1.50
78227479--78227510	10	3.2	10	100	0	64	50	9	9	31	1.66
78227506--78227641	26	5.2	26	98	0	236	33	5	24	36	1.80
78229074--78229148	26	2.8	26	85	4	87	34	22	12	30	1.91
78229252--78229367	27	4.3	27	88	1	169	18	25	24	32	1.97
78233296--78233327	10	3.2	10	100	0	64	50	9	9	31	1.66
78233323--78233458	26	5.2	26	98	0	236	33	5	24	36	1.80
78235068--78235182	27	4.3	27	89	2	169	18	24	24	33	1.97
78235068--78235195	54	2.4	54	86	3	170	19	25	22	32	1.97
78243360--78243530	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
78247523--78249425	700	2.7	700	97	0	3583	31	11	21	34	1.90
78250093--78250216	54	2.3	54	88	0	185	26	14	17	41	1.88
78250093--78250217	27	4.6	27	85	4	162	26	15	17	40	1.89
78250547--78250581	18	1.9	18	94	0	61	22	14	14	48	1.79
78252985--78253133	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
78253026--78253133	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78255946--78256159	40	5.4	40	93	0	349	26	22	23	26	2.00
78258947--78259046	30	3.3	30	85	0	137	27	22	11	40	1.87
78259034--78259105	29	2.4	30	83	2	101	18	23	13	44	1.85
78271547--78271690	39	3.7	39	87	0	216	22	30	20	25	1.98
78271507--78271689	78	2.3	79	88	1	260	23	30	22	24	1.99
78273591--78273749	43	3.7	43	76	7	162	25	18	25	31	1.97
78275869--78276125	123	2.1	122	97	0	487	21	12	15	51	1.75
78286334--78286472	48	2.9	48	84	1	181	33	15	20	30	1.94
78289541--78289609	27	2.5	28	92	2	113	30	28	14	26	1.95
78292482--78292539	30	1.9	30	86	6	82	13	12	13	60	1.60
78292482--78292521	15	2.7	15	76	0	53	10	10	17	62	1.53
78297371--78297522	80	1.9	80	89	5	236	25	30	23	21	1.99
78297345--78297522	40	4.5	39	84	6	207	24	29	23	22	1.99
78303688--78303712	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
78305990--78306195	38	4.9	38	71	20	142	30	16	23	30	1.96
78306017--78306155	48	2.9	48	82	1	172	32	16	20	30	1.95
78314158--78314315	43	3.7	42	71	9	131	27	15	22	33	1.95
78314149--78314348	86	2.3	86	92	0	319	29	14	23	34	1.93
78318818--78319294	49	9.9	49	93	3	817	34	9	27	28	1.88
78318817--78319294	96	5.0	96	97	1	879	34	9	27	28	1.88
78319253--78319428	48	3.4	55	78	13	128	31	7	29	31	1.85
78319286--78319437	48	3.2	48	97	0	277	32	5	28	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78318817--78319358	192	2.8	187	82	10	666	34	8	27	29	1.87
78319482--78319567	37	2.3	37	95	0	154	23	20	33	22	1.97
78324550--78324590	22	1.9	21	90	5	64	51	17	0	31	1.46
78328320--78328457	47	3.0	45	77	12	154	22	20	28	28	1.98
78329677--78329824	48	3.1	48	88	0	215	30	24	6	38	1.81
78331026--78331055	15	2.0	15	100	0	60	40	26	6	26	1.81
78331104--78331156	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
78336176--78336201	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
78338930--78339105	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
78338927--78339097	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
78342056--78342124	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
78342047--78342134	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
78344499--78344674	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
78344496--78344666	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
78348121--78348183	31	2.0	31	87	0	90	23	23	15	36	1.94
78348406--78348465	26	2.4	25	86	5	77	33	20	25	21	1.97
78348393--78348475	25	3.4	24	81	8	87	28	21	20	28	1.98
78348534--78348590	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
78348526--78348592	20	3.3	20	95	0	125	32	19	11	35	1.88
78348526--78348581	11	5.5	11	75	16	66	32	19	12	35	1.89
78351039--78351141	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78358025--78358127	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78362619--78362721	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78365751--78365970	40	5.5	40	89	4	243	26	20	25	27	1.99
78370914--78371098	40	4.7	38	80	7	183	24	22	27	25	2.00
78370914--78371098	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
78370915--78371131	79	2.7	77	79	10	179	25	21	26	25	2.00
78378957--78379173	40	5.7	38	87	9	257	24	21	27	26	1.99
78378957--78379173	78	2.9	73	84	10	260	24	21	27	26	1.99
78383156--78383297	40	3.5	40	82	3	117	28	22	26	23	1.99
78383195--78383323	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
78388727--78388830	39	2.6	39	81	6	111	31	22	25	21	1.98
78388769--78388877	39	2.8	38	86	8	139	26	22	28	22	1.99
78390589--78390764	50	3.5	49	83	7	212	25	18	28	28	1.98
78393479--78393600	27	4.5	27	93	0	181	23	17	17	41	1.89
78393590--78393704	27	4.3	27	74	6	108	35	18	13	33	1.89
78393506--78393624	54	2.2	54	82	5	134	26	16	15	40	1.89
78393590--78393710	54	2.2	54	86	0	161	34	19	13	33	1.90
78398155--78398211	28	2.0	28	96	0	105	56	21	3	19	1.57
78398906--78399101	35	5.6	35	90	0	275	37	29	14	18	1.91
78402274--78402518	49	4.9	49	81	3	292	29	26	17	26	1.98
78403157--78403215	30	2.0	29	83	3	73	30	25	6	37	1.82
78404726--78404763	15	2.5	15	100	0	76	55	7	18	18	1.66
78407460--78407537	26	2.8	28	68	12	72	55	5	0	39	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78407306--78407576	132	2.1	130	94	1	470	53	7	3	36	1.45
78408991--78409016	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78409725--78409922	40	5.0	41	87	4	239	26	18	26	28	1.98
78409725--78409950	80	2.8	79	84	6	269	26	19	26	28	1.98
78409725--78409950	40	5.7	40	85	4	237	26	19	26	28	1.98
78411960--78411986	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
78412071--78412109	20	1.9	20	84	5	51	7	23	15	53	1.67
78412651--78412711	30	2.0	30	90	0	95	9	18	42	29	1.82
78414882--78414925	19	2.4	19	81	11	56	45	9	0	45	1.35
78415045--78415086	19	2.2	19	87	8	59	42	0	9	47	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770