genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.676.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  676  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212891719--212891871	39	3.9	39	92	0	234	21	30	22	24	1.99
212897703--212897863	29	5.6	29	87	1	198	26	16	31	26	1.96
212905149--212905308	29	5.6	29	87	2	198	25	16	32	26	1.96
212925069--212925235	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
212929195--212929361	40	4.2	40	80	5	169	23	27	23	25	2.00
212936559--212936717	30	5.5	30	87	8	213	27	25	13	32	1.94
212936559--212936717	87	1.8	87	87	2	239	27	25	13	32	1.94
212937191--212937227	18	2.1	18	100	0	74	40	10	5	43	1.63
212944488--212944588	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
212944487--212944588	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
212949544--212949664	47	2.6	47	81	6	138	25	19	30	24	1.98
212953756--212953854	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
212961760--212961858	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
212970586--212970634	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
212971457--212971623	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
212973704--212973834	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
212973704--212973834	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
212977714--212977968	55	4.8	53	76	7	207	36	15	24	23	1.94
212977721--212977921	108	1.8	110	81	4	255	34	15	24	24	1.95
212981529--212981589	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
212981880--212981915	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
212985395--212985464	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212985395--212985476	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
212999589--212999698	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
213006664--213006733	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
213006664--213006745	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
213010411--213010618	40	5.2	40	83	2	211	25	23	26	24	2.00
213010413--213010618	80	2.6	80	84	3	245	25	23	26	24	2.00
213012298--213012375	29	2.7	29	81	0	93	21	34	17	25	1.96
213028504--213028602	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
213032844--213033002	43	3.7	43	76	7	162	24	18	25	30	1.98
213050985--213051134	40	3.8	39	79	7	153	26	23	26	23	2.00
213050986--213051134	39	3.8	40	79	9	146	26	23	26	23	2.00
213057449--213057669	48	4.6	47	84	2	271	26	15	32	25	1.96
213057449--213057676	96	2.4	96	88	0	330	27	15	31	25	1.96
213060040--213060160	39	3.0	40	86	4	174	23	24	27	24	2.00
213060036--213060157	40	3.1	40	89	2	183	25	22	27	24	2.00
213060398--213060422	11	2.3	11	100	0	50	24	0	32	44	1.54
213064177--213064255	40	2.0	40	94	0	140	24	22	25	27	2.00
213067102--213067216	40	2.9	40	93	0	194	25	21	27	25	1.99
213067108--213067249	40	3.6	40	87	2	189	26	21	27	23	1.99
213070988--213071136	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
213071029--213071136	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
213080844--213080989	40	3.8	39	78	4	138	27	23	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213080881--213081006	38	3.3	39	79	4	148	23	24	26	24	2.00
213088833--213088983	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
213088870--213088999	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
213090355--213090419	33	2.0	33	87	6	96	29	24	21	24	1.99
213091804--213092028	79	2.8	79	84	7	285	25	27	21	25	1.99
213091804--213092028	40	5.7	40	85	6	271	25	27	21	25	1.99
213093816--213093921	40	2.7	40	95	1	196	24	30	22	22	1.99
213093756--213093955	40	5.0	39	81	7	179	26	28	21	24	1.99
213096832--213097039	40	5.2	40	82	2	193	25	23	25	25	2.00
213096834--213097039	80	2.6	80	82	4	220	25	23	25	25	2.00
213105133--213105295	40	4.1	40	81	5	170	25	28	21	25	1.99
213105133--213105295	80	2.1	79	82	3	193	25	28	21	25	1.99
213112218--213112255	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
213112479--213112653	46	3.8	49	80	13	183	28	28	21	22	1.99
213112484--213112653	92	1.8	92	93	1	295	28	28	21	21	1.99
213119745--213119782	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
213120008--213120177	92	1.8	93	93	1	297	28	28	21	21	1.99
213120003--213120177	46	3.8	49	80	13	183	28	28	21	22	1.99
213123045--213123163	29	4.2	29	80	2	125	29	12	26	31	1.93
213127991--213128093	29	3.6	29	97	0	188	29	31	14	25	1.95
213127932--213128092	58	2.8	58	83	3	182	27	32	15	24	1.95
213136686--213136801	27	4.3	27	74	4	99	24	18	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213136685--213136804	54	2.2	54	83	5	163	24	19	17	39	1.92
213136796--213137031	27	8.7	27	88	0	337	37	15	13	33	1.87
213136769--213137032	81	3.3	80	84	3	314	36	16	13	33	1.88
213139066--213139173	20	5.8	18	70	18	71	50	3	2	42	1.34
213139078--213139138	25	2.4	26	81	10	72	50	4	3	40	1.40
213139099--213139156	17	3.6	16	75	15	57	53	1	3	41	1.28
213141245--213141328	25	3.4	25	79	0	78	35	19	27	17	1.94
213148009--213148129	47	2.6	47	85	5	147	24	12	29	33	1.92
213153229--213153260	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
213162606--213162683	24	3.2	25	78	12	90	32	16	25	25	1.96
213162598--213162708	49	2.3	49	84	6	145	31	18	25	24	1.98
213162641--213162708	24	2.8	23	73	18	59	30	17	27	23	1.97
213163594--213163635	8	5.4	8	78	16	52	35	14	0	50	1.43
213163593--213163642	23	2.2	23	100	0	100	34	16	0	50	1.45
213177866--213178008	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
213177826--213178007	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
213185072--213185214	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
213185032--213185213	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
213192255--213192397	39	3.7	39	90	1	225	22	30	21	25	1.99
213192215--213192396	77	2.3	79	88	2	260	23	29	23	24	1.99
213199851--213200000	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
213199890--213200016	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213209695--213209858	71	2.3	71	98	0	319	18	28	18	35	1.94
213209695--213209892	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	33	1.95
213214218--213214384	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
213233784--213233959	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
213233780--213233951	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
213236914--213236982	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
213236905--213236992	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
213239274--213239449	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
213239270--213239441	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
213242733--213242771	2	19.5	2	89	0	60	48	2	2	46	1.29
213242931--213242987	2	30.0	2	79	10	57	52	7	0	40	1.28
213243504--213243540	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
213243502--213243551	11	4.5	11	82	9	57	44	0	56	0	0.99
213243813--213243848	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
213243812--213243849	15	2.5	16	87	12	62	15	5	13	65	1.43
213243810--213243883	32	2.3	33	82	11	91	12	5	18	63	1.47
213244287--213244400	35	3.3	34	91	6	185	21	12	50	16	1.78
213245096--213245242	54	2.9	50	80	12	183	34	19	16	29	1.94
213245299--213245887	147	4.1	140	92	4	980	31	20	15	32	1.94
213245398--213245887	70	6.9	70	94	3	863	31	20	15	32	1.94
213245299--213245887	217	2.7	217	97	2	1093	31	20	15	32	1.94
213251660--213251702	2	22.0	2	83	4	52	46	4	0	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213252972--213253027	25	2.3	25	79	11	62	30	3	5	60	1.36
213253098--213253173	3	25.0	3	94	2	134	31	1	0	67	0.99
213253355--213253419	31	2.1	31	88	5	96	35	6	6	52	1.51
213257601--213257661	1	61.0	1	80	0	68	90	3	6	0	0.55
213257601--213257666	22	3.1	21	81	16	82	87	4	6	1	0.70
213259810--213260045	73	3.2	73	83	2	337	28	17	20	33	1.96
213260114--213260144	16	1.9	16	93	0	53	16	12	6	64	1.47
213259952--213260297	89	4.0	90	86	7	477	26	17	20	35	1.95
213259961--213260357	89	4.8	83	83	9	435	27	17	22	32	1.96
213259952--213260361	170	2.4	172	84	10	532	27	17	21	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770