genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.594.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  594  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185849333--185849419	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
185849468--185849714	49	5.1	49	94	1	388	28	31	9	29	1.89
185849591--185849840	128	2.0	126	94	1	437	27	30	10	31	1.91
185849724--185849969	49	5.1	49	90	3	381	27	28	10	32	1.90
185853142--185853198	28	2.0	29	82	3	71	38	3	24	33	1.73
185853143--185853207	28	2.3	28	81	2	67	40	3	24	32	1.71
185853687--185853852	43	3.9	43	82	2	183	25	16	26	30	1.97
185855766--185855900	40	3.4	40	91	0	216	28	29	20	21	1.98
185858328--185858388	30	2.2	27	85	11	79	18	26	32	22	1.97
185859649--185859742	46	2.1	45	82	4	109	31	18	5	44	1.72
185865428--185865478	20	2.5	20	87	0	75	45	11	1	41	1.52
185866755--185866865	58	1.9	58	82	12	140	30	21	18	29	1.97
185868438--185868497	27	2.2	27	93	0	102	23	21	10	45	1.82
185871199--185871228	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
185871918--185872134	40	5.5	40	84	3	262	25	23	26	24	2.00
185871914--185872134	79	2.8	79	84	5	259	26	22	25	24	2.00
185881857--185881885	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
185881887--185882347	3	154.0	3	66	21	122	59	3	4	32	1.36
185882980--185883008	14	2.0	15	93	6	51	20	0	0	79	0.74
185883430--185883563	7	17.7	7	65	14	52	13	0	39	46	1.49
185883436--185883553	38	3.5	31	85	10	128	14	0	37	47	1.50
185883430--185883511	38	2.2	38	97	0	155	14	1	37	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185884148--185884364	78	2.8	77	91	1	326	36	18	14	29	1.91
185895843--185895906	30	2.1	30	100	0	128	18	0	9	71	1.12
185901100--185901235	26	5.2	26	90	0	209	36	22	5	35	1.77
185901100--185901233	52	2.6	52	96	2	243	36	22	5	35	1.77
185903586--185903656	35	2.0	35	94	0	124	47	11	19	21	1.80
185904360--185904393	16	2.1	16	88	0	50	23	0	2	73	0.97
185908875--185908930	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
185910110--185910145	8	4.5	8	89	0	54	55	22	19	2	1.56
185921977--185922171	24	8.1	24	96	0	345	20	17	25	36	1.94
185924002--185924104	29	3.6	29	75	12	95	28	32	16	23	1.96
185929035--185929203	46	3.7	45	78	11	191	21	18	29	30	1.97
185930882--185930934	15	3.6	14	75	7	52	9	15	16	58	1.62
185933301--185933474	45	3.8	45	81	6	206	20	21	29	28	1.98
185944870--185944980	57	2.0	54	83	11	136	37	18	16	27	1.92
185946171--185946336	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
185946171--185946320	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
185952851--185952972	58	2.1	58	81	3	147	42	16	16	24	1.88
185956987--185957153	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
185964981--185965147	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
185972991--185973120	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
185972991--185973154	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
185981762--185982019	9	28.6	9	75	9	168	37	0	13	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185981762--185982018	18	14.7	18	75	10	185	37	0	13	48	1.48
185981815--185982019	27	7.2	27	77	11	185	37	0	14	47	1.51
185983420--185983459	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
185985518--185985766	133	1.9	133	96	0	462	50	18	11	19	1.77
185988752--185988881	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
185988768--185988917	40	3.8	40	80	6	146	22	26	24	26	2.00
185990227--185990257	13	2.4	13	94	0	53	9	6	6	77	1.12
185992940--185993090	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
185992977--185993106	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
185999361--185999461	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
186007172--186007272	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
186012314--186012508	49	3.9	49	76	5	203	28	24	18	28	1.98
186012324--186012506	100	1.8	100	91	2	305	28	24	19	27	1.99
186012331--186012501	49	3.4	49	78	6	209	28	23	18	28	1.98
186015928--186016061	40	3.4	39	90	3	198	26	23	26	23	2.00
186024042--186024220	40	4.5	40	83	10	215	25	23	26	24	2.00
186024044--186024220	79	2.2	80	85	5	234	24	23	27	24	2.00
186024078--186024246	80	2.1	79	81	4	189	26	24	26	23	2.00
186031279--186031408	40	3.3	39	85	4	163	23	27	21	26	1.99
186031296--186031446	40	3.8	38	84	6	160	23	25	22	28	1.99
186050675--186050787	40	2.8	39	88	7	156	23	24	24	27	2.00
186054143--186054305	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
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186054143--186054336	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
186062071--186062233	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
186062071--186062264	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
186067095--186067287	40	4.8	40	83	2	210	26	21	26	24	2.00
186067107--186067257	79	1.9	79	84	2	205	27	22	25	23	2.00
186075303--186075453	79	1.9	79	84	4	205	27	22	25	23	2.00
186075291--186075473	40	4.6	40	84	2	208	27	20	26	25	1.99
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186080948--186081154	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
186080947--186081154	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
186084872--186085126	46	5.8	46	71	17	209	21	20	29	29	1.98
186084868--186085054	93	2.0	93	94	0	329	22	19	29	27	1.98
186088049--186088117	15	4.7	15	77	10	72	11	17	13	57	1.64
186090602--186090731	28	4.5	30	84	5	160	31	13	26	28	1.94
186090602--186090731	58	2.2	58	87	2	181	31	13	26	28	1.94
186093660--186093928	46	5.8	45	76	11	249	21	18	30	30	1.97
186093712--186093874	47	3.5	47	76	12	192	21	17	30	30	1.96
186093656--186093921	93	2.9	93	94	1	453	21	18	30	29	1.97
186095760--186095793	13	2.5	14	90	4	52	17	2	8	70	1.25
186098709--186098904	69	2.8	70	90	5	267	34	16	28	20	1.95
186098743--186098904	69	2.3	70	97	2	308	35	17	27	19	1.94
186105336--186105402	31	2.3	29	84	7	82	38	11	10	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186109498--186109673	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
186109494--186109665	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
186112625--186112693	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
186112616--186112703	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
186115067--186115242	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
186115063--186115234	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
186117399--186117450	26	2.0	26	100	0	104	26	11	34	26	1.91
186119339--186119513	46	3.8	46	77	15	189	28	29	21	21	1.98
186119347--186119517	93	1.8	93	91	0	279	28	29	21	21	1.98
186119344--186119533	46	4.1	45	71	16	147	28	28	21	21	1.98
186124071--186124100	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
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186132367--186132539	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
186132364--186132534	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
186148150--186148260	43	2.6	42	80	9	120	30	15	24	29	1.95
186150728--186150835	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
186157819--186157925	26	4.2	26	90	2	171	31	7	24	36	1.83
186157819--186157925	51	2.1	52	92	1	180	31	7	24	36	1.83
186165374--186165541	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
186173390--186173557	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
186175198--186175224	13	2.1	13	100	0	54	7	29	37	25	1.83
186180968--186181134	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186188972--186189138	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
186193217--186193392	46	3.8	46	77	10	187	21	20	28	28	1.98
186193214--186193385	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
186196570--186196643	36	2.1	36	94	0	130	35	4	22	37	1.74
186207057--186207243	40	4.7	40	87	4	254	23	19	29	27	1.98
186207053--186207263	80	2.7	78	85	4	273	23	19	28	28	1.98
186216977--186217225	40	6.2	40	89	2	376	25	24	28	22	1.99
186225148--186225396	40	6.2	40	89	2	376	25	23	28	22	1.99
186227753--186227925	46	3.7	46	79	10	199	23	20	26	30	1.98
186227750--186227920	93	1.8	93	92	0	288	22	20	27	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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