genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.367.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  367  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112574480--112574586	33	3.0	34	90	9	162	32	11	9	46	1.71
112576183--112576240	27	2.1	27	96	0	107	51	13	6	27	1.66
112581523--112581661	40	3.5	39	84	4	147	23	23	30	23	1.99
112581522--112581687	79	2.1	79	78	4	174	24	22	28	24	1.99
112588746--112588797	23	2.3	23	80	6	61	48	3	5	42	1.45
112589374--112589409	16	2.3	15	90	4	54	5	0	36	58	1.22
112589373--112589409	15	2.3	15	90	9	56	5	0	35	59	1.20
112592459--112592559	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
112592488--112592563	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
112602615--112602765	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
112602652--112602781	40	3.2	40	83	2	172	23	23	28	25	1.99
112610605--112610755	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
112610642--112610771	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
112618192--112618221	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
112618384--112618452	26	2.7	26	90	0	102	57	2	4	34	1.33
112624740--112624809	27	2.5	27	86	9	88	41	20	10	28	1.84
112628223--112628277	27	2.0	27	89	0	83	41	18	12	27	1.86
112629422--112629579	43	3.7	43	77	8	178	26	14	25	33	1.94
112631589--112631622	18	2.0	18	88	11	54	5	17	5	70	1.28
112632631--112632677	3	15.7	3	82	8	60	63	0	4	31	1.13
112634850--112634901	23	2.3	23	86	0	77	36	0	13	50	1.42
112635715--112635763	20	2.5	19	81	15	55	24	6	0	69	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112642712--112642762	22	2.3	23	96	3	95	39	0	13	47	1.43
112643737--112643790	20	2.8	18	78	15	54	22	3	1	72	1.10
112645606--112645778	27	6.4	27	85	2	231	29	24	6	39	1.81
112645582--112645778	81	2.4	81	86	3	288	30	23	7	38	1.82
112645754--112645903	52	2.8	52	76	12	146	38	22	8	30	1.84
112645567--112645931	27	13.6	27	78	5	193	36	22	7	33	1.83
112645916--112646219	27	11.3	27	87	1	387	35	20	20	24	1.96
112646644--112646708	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
112646866--112646967	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
112647124--112647310	6	30.8	6	76	16	181	19	18	13	48	1.81
112647124--112647310	24	7.5	24	83	11	216	19	18	13	48	1.81
112648006--112649301	520	2.5	517	82	5	1514	40	17	15	27	1.89
112657918--112657951	16	2.1	17	94	5	61	23	11	0	64	1.26
112662711--112662882	46	3.7	45	79	11	172	23	30	17	29	1.97
112670853--112670995	40	3.5	39	80	9	144	35	21	23	18	1.96
112670853--112671001	41	3.7	40	80	8	149	34	21	22	20	1.96
112675477--112675508	14	2.2	15	94	5	57	56	0	3	40	1.15
112675610--112675944	183	1.8	183	98	0	643	27	17	14	41	1.87
112676351--112676408	9	6.1	9	75	11	53	48	24	0	27	1.51
112683904--112683934	7	4.4	7	100	0	62	45	25	29	0	1.54
112691685--112691809	54	2.4	51	83	4	151	32	17	20	28	1.96
112691659--112691819	51	3.1	51	79	5	187	33	16	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112692701--112692747	15	2.8	16	78	15	51	57	2	0	40	1.11
112694783--112694841	29	2.0	31	83	12	79	59	6	1	32	1.34
112694822--112694900	9	10.5	8	75	20	57	65	1	0	32	1.00
112694877--112694914	9	3.7	10	83	16	51	60	0	0	39	0.97
112696117--112696193	40	1.9	40	94	0	136	46	16	7	28	1.75
112697077--112697140	22	3.1	22	70	23	57	60	1	0	37	1.06
112697090--112697150	17	3.5	17	78	13	70	57	1	0	40	1.08
112703287--112703319	16	2.1	16	100	0	66	18	12	12	57	1.64
112710678--112710750	4	18.2	4	100	0	146	24	0	24	50	1.49
112711730--112711999	130	2.1	130	90	2	425	32	7	8	51	1.60
112713625--112713677	23	2.3	23	80	3	63	56	7	1	33	1.38
112718585--112718623	18	2.2	18	86	4	53	43	2	2	51	1.29
112721605--112721629	7	3.6	7	100	0	50	40	28	0	32	1.57
112739126--112744356	454	11.6	452	85	3	6444	36	11	21	31	1.88
112739126--112744356	907	5.8	904	85	3	6626	36	11	21	31	1.88
112744360--112745273	448	2.0	444	82	6	1121	33	20	9	36	1.86
112744953--112745655	374	1.9	369	85	6	972	32	19	10	38	1.85
112745284--112748616	454	7.4	452	82	4	3699	32	20	9	36	1.86
112745324--112748616	906	3.6	900	83	3	3992	33	20	10	36	1.86
112749104--112749157	13	3.9	14	78	21	60	40	5	0	53	1.24
112752469--112752586	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
112752492--112752586	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112752778--112752896	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
112752778--112752896	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
112752947--112752984	19	2.0	19	100	0	76	31	21	10	36	1.87
112753028--112753075	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
112760564--112760681	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
112760587--112760681	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
112760869--112760964	24	4.0	24	87	4	131	27	22	21	28	1.99
112771632--112771761	40	3.3	39	81	4	154	23	27	25	23	2.00
112777803--112777909	40	2.7	40	88	2	153	28	19	23	28	1.98
112777877--112777953	40	1.9	40	100	0	154	23	18	28	29	1.97
112789577--112789769	40	4.8	40	82	2	199	26	24	25	23	2.00
112789579--112789769	80	2.4	80	84	3	224	26	24	25	23	2.00
112791640--112791735	27	3.6	27	87	5	115	25	12	19	42	1.86
112792058--112792110	18	2.9	18	91	0	88	16	20	16	45	1.86
112794130--112794775	323	2.0	323	94	0	1123	34	13	22	28	1.92
112804972--112805122	40	3.8	40	80	6	164	27	23	27	22	1.99
112804972--112805122	80	1.9	79	85	6	207	27	23	27	22	1.99
112813917--112813989	29	2.5	29	93	0	128	28	15	30	26	1.96
112813973--112814049	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
112813917--112814049	58	2.3	59	81	5	146	25	16	33	24	1.96
112821716--112821788	29	2.5	29	93	0	128	28	15	30	26	1.96
112821772--112821848	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112821716--112821848	58	2.3	59	81	5	146	25	16	33	24	1.96
112826063--112826089	6	4.5	6	100	0	54	48	18	0	33	1.49
112827781--112827806	10	2.6	10	100	0	52	53	15	0	30	1.42
112828706--112828917	49	4.4	47	78	5	178	23	29	19	27	1.98
112832813--112832864	25	2.1	25	96	0	95	21	23	17	38	1.93
112833103--112833217	43	2.7	43	86	6	171	26	20	26	26	1.99
112837554--112837760	40	5.2	40	81	2	182	26	24	25	24	2.00
112837556--112837760	80	2.6	80	81	3	216	25	24	25	24	2.00
112853134--112853309	55	3.3	54	78	6	196	35	16	26	22	1.95
112853134--112853321	53	3.5	54	78	7	186	34	16	26	22	1.95
112859281--112859323	12	3.9	11	82	17	54	27	0	13	58	1.37
112859278--112859326	21	2.3	21	96	0	89	26	0	14	59	1.36
112859621--112859842	47	4.6	47	76	12	243	35	13	23	26	1.93
112859668--112860005	100	3.3	101	86	5	412	35	15	24	24	1.94
112859821--112860004	54	3.4	54	82	8	230	35	16	25	22	1.95
112859830--112860015	55	3.5	53	81	6	196	34	17	25	22	1.95
112863307--112863419	45	2.5	45	91	0	172	23	21	19	36	1.95
112866270--112866306	5	7.6	5	93	6	67	43	0	18	37	1.51
112867188--112867229	20	2.0	22	90	9	70	42	28	0	28	1.56
112873955--112874195	43	5.6	43	92	0	401	31	32	24	12	1.92
112873955--112874195	129	1.9	129	96	0	446	31	32	24	12	1.92
112874188--112874295	38	2.8	38	88	0	153	27	27	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112879587--112879676	43	2.1	43	97	0	171	28	34	25	11	1.90
112879638--112879703	27	2.4	27	95	5	116	31	36	22	9	1.86
112879595--112879730	70	1.9	70	92	2	229	33	33	22	10	1.88
112890468--112890570	38	2.7	38	89	3	145	28	25	23	23	2.00
112893423--112893605	79	2.3	80	83	7	230	25	27	22	24	2.00
112893421--112893605	40	4.7	40	82	7	234	25	28	22	24	1.99
112906251--112906330	27	2.9	28	84	5	108	43	6	18	31	1.75
112911555--112911615	30	2.0	30	83	0	77	40	3	24	31	1.71
112914343--112914485	47	3.0	48	88	5	209	28	21	20	28	1.98
112914343--112914484	71	2.0	72	87	4	207	28	21	21	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770