genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  87  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25407759--25407806	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
25410253--25410326	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
25410310--25410385	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
25410253--25410385	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
25418125--25418198	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
25418182--25418257	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
25418125--25418257	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
25424068--25424202	29	4.7	29	86	5	157	24	31	15	28	1.96
25424072--25424201	57	2.3	58	84	1	172	23	31	15	29	1.95
25427042--25427205	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
25427042--25427239	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
25433887--25433932	10	4.6	10	80	20	60	28	2	8	60	1.38
25434425--25434586	71	2.3	71	100	0	324	19	28	16	35	1.93
25434425--25434622	71	2.8	70	90	3	240	21	28	16	33	1.95
25439828--25439864	8	4.6	8	89	0	56	54	21	21	2	1.58
25443189--25443217	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25444079--25444123	20	2.3	20	81	14	58	26	11	28	33	1.91
25449379--25449473	41	2.3	41	100	0	190	23	18	27	30	1.98
25453669--25453722	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
25456197--25456297	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25464154--25464254	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25471804--25471857	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25472847--25472914	31	2.2	31	94	2	118	8	13	27	50	1.71
25475560--25475712	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
25475561--25475742	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
25482538--25482689	39	3.9	39	92	1	243	23	21	31	23	1.98
25482539--25482689	77	1.9	79	93	2	261	23	21	31	23	1.98
25487264--25487346	43	1.9	43	87	4	123	21	15	31	31	1.95
25494130--25494171	18	2.3	18	84	8	50	69	4	19	7	1.31
25498408--25498449	20	2.1	20	86	0	57	45	23	7	23	1.78
25499485--25499553	34	2.0	34	100	0	138	42	23	5	28	1.77
25520599--25520624	11	2.4	11	100	0	52	19	0	0	80	0.71
25529490--25529628	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
25532201--25532767	188	3.0	188	98	0	1073	38	16	17	27	1.91
25534445--25534534	44	2.0	44	100	0	180	30	13	23	33	1.93
25545830--25545900	28	2.5	29	81	6	92	61	0	2	35	1.10
25545866--25545914	17	2.8	17	84	12	64	65	0	4	30	1.11
25545844--25545917	18	4.2	18	75	14	73	63	0	2	33	1.09
25545848--25545915	35	1.9	36	88	8	104	66	0	2	30	1.07
25546274--25546321	19	2.5	19	82	0	51	39	2	0	58	1.10
25546329--25546394	19	3.6	18	74	15	55	30	3	3	63	1.24
25546328--25546376	25	1.9	26	83	4	64	30	0	4	65	1.11
25546367--25546433	34	2.0	34	88	2	100	29	5	2	61	1.35
25560668--25560696	13	2.1	14	93	6	51	79	0	20	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25564960--25565179	40	5.6	40	83	4	259	25	27	23	24	2.00
25568781--25568816	18	2.0	18	89	10	56	75	0	0	25	0.81
25593459--25593489	10	3.1	10	100	0	62	58	0	29	12	1.35
25595257--25595306	9	5.6	9	75	15	50	72	2	0	26	0.96
25599098--25599279	27	6.8	27	88	1	233	28	23	9	39	1.85
25599239--25599369	27	4.9	27	77	4	104	42	20	4	32	1.72
25599124--25599308	81	2.3	81	80	0	201	30	21	8	38	1.84
25599231--25599588	54	6.6	54	76	5	222	40	19	8	31	1.82
25599272--25599507	27	8.8	27	78	3	217	41	19	8	30	1.80
25599272--25599506	81	2.9	80	87	4	321	42	19	7	30	1.79
25599272--25599534	81	3.3	79	85	8	309	41	19	8	30	1.81
25599543--25599594	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
25599648--25599739	27	3.4	27	82	8	107	34	18	26	20	1.96
25600538--25600673	26	5.2	26	83	0	164	30	19	22	28	1.98
25600538--25600673	52	2.6	52	81	2	184	30	19	22	28	1.98
25600656--25600691	18	2.0	18	88	0	54	36	19	22	22	1.95
25600852--25600943	42	2.2	42	96	0	166	26	11	22	39	1.89
25600967--25601045	31	2.5	31	95	0	140	26	17	26	29	1.98
25601785--25602018	48	4.9	48	79	3	229	26	31	16	25	1.97
25609254--25609328	26	2.9	27	78	7	84	40	21	22	16	1.91
25612868--25612964	50	1.9	50	80	0	113	31	25	15	26	1.96
25613138--25613171	17	2.1	15	89	10	50	38	26	0	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25630545--25630728	78	2.3	82	85	9	256	24	21	27	26	1.99
25630545--25630728	40	4.7	40	88	6	252	24	21	27	26	1.99
25633844--25633871	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
25636692--25636739	23	2.0	24	84	4	62	35	2	8	54	1.42
25642862--25643118	40	6.5	40	91	3	378	24	22	27	25	2.00
25643883--25643929	22	2.0	23	84	12	60	51	0	10	38	1.37
25650992--25651206	40	5.5	40	88	6	298	25	22	26	25	2.00
25653872--25653900	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
25655893--25655953	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25661176--25661215	13	3.0	14	85	10	57	35	2	12	50	1.54
25664628--25664795	40	4.2	39	80	4	142	24	26	22	26	2.00
25669846--25669916	26	2.7	27	80	6	76	45	0	1	53	1.09
25669828--25669940	27	4.2	27	72	13	81	45	0	1	52	1.17
25673674--25673752	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
25675750--25675963	29	7.4	29	77	4	218	16	17	36	29	1.92
25675721--25675963	57	4.2	57	94	1	407	16	17	36	29	1.92
25680816--25680894	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
25686275--25686451	52	3.5	51	90	4	261	28	14	29	27	1.95
25689577--25689749	46	3.7	47	79	11	180	25	21	30	21	1.99
25689577--25689749	48	3.7	46	83	3	195	25	21	30	21	1.99
25692811--25692927	46	2.5	47	91	1	191	36	14	24	23	1.93
25692819--25692927	47	2.3	46	92	1	173	35	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25692914--25693210	108	2.7	107	93	1	495	34	19	25	21	1.96
25692914--25693210	55	5.5	54	83	7	370	34	19	25	21	1.96
25698104--25698291	40	4.7	39	86	3	155	25	27	21	25	1.99
25698103--25698291	80	2.4	80	82	1	227	25	27	21	24	1.99
25699165--25699192	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25706268--25706475	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
25711349--25711449	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25719266--25719366	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25725453--25725659	40	5.2	39	84	5	238	26	27	21	25	2.00
25732615--25732888	47	5.7	47	90	2	386	29	31	7	31	1.85
25732615--25732888	96	2.9	96	89	4	378	29	31	7	31	1.85
25732615--25732888	143	1.9	143	90	0	440	29	31	7	31	1.85
25735236--25735267	15	2.1	15	100	0	64	12	0	18	68	1.20
25737871--25737895	7	3.6	7	100	0	50	56	0	28	16	1.41
25741056--25741081	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25741833--25742035	40	5.1	40	87	2	266	23	21	29	26	1.99
25741829--25742039	79	2.7	79	87	1	307	24	21	27	26	1.99
25749169--25749194	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25749944--25750147	40	5.1	40	89	1	284	22	21	29	26	1.99
25749940--25750151	80	2.7	80	89	2	320	23	21	28	26	1.99
25754264--25754327	28	2.3	27	91	2	101	34	26	7	31	1.85
25754432--25754522	28	3.2	28	89	4	130	21	24	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25758619--25758718	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
25759560--25759584	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
25763975--25764039	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
25764145--25764234	27	3.2	28	87	7	130	20	24	23	32	1.98
25764145--25764258	55	2.1	55	83	9	144	19	24	21	34	1.96
25764691--25764729	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
25773334--25773518	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
25773335--25773526	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
25781375--25781559	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
25781376--25781567	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770