genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.747.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  747  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236694247--236694429	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
236702135--236702317	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
236710011--236710153	39	3.7	39	87	2	216	21	30	20	27	1.98
236712851--236713002	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
236720843--236720994	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
236728773--236728960	41	4.7	38	79	13	173	25	28	20	25	1.99
236731729--236731911	40	4.6	40	94	3	309	22	22	28	26	1.99
236731730--236731942	40	5.4	39	89	5	290	24	21	27	25	1.99
236731725--236731942	79	2.8	79	89	4	318	25	21	27	25	1.99
236732169--236732212	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
236738292--236738458	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
236746255--236746421	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
236750347--236750530	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
236750387--236750575	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
236758440--236758623	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
236758480--236758668	80	2.4	80	76	5	175	24	23	29	22	1.99
236761407--236761444	18	2.1	19	85	5	51	2	21	0	76	0.91
236768694--236768772	30	2.7	30	84	2	106	21	32	17	27	1.96
236776528--236776629	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
236780373--236780418	9	5.0	9	97	2	83	54	2	21	21	1.56
236787150--236787326	40	4.5	38	79	13	121	25	26	22	25	2.00
236787178--236787326	40	3.7	40	86	3	192	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236795111--236795274	40	4.1	40	82	4	179	25	28	21	25	1.99
236795097--236795274	80	2.2	80	82	3	207	24	27	21	25	2.00
236796993--236797099	27	3.9	27	73	16	85	31	9	18	40	1.83
236797075--236797207	27	4.9	27	81	10	148	30	6	21	42	1.78
236797083--236797185	54	1.9	54	90	4	163	31	6	20	41	1.78
236797055--236797221	27	6.2	27	80	8	146	29	7	22	40	1.81
236797200--236797469	27	9.6	27	76	12	186	41	8	21	28	1.82
236797080--236797232	81	1.9	81	82	5	193	31	5	22	40	1.78
236797200--236797469	54	4.8	55	74	13	208	41	8	21	28	1.82
236797290--236797371	38	2.2	38	81	0	92	40	7	30	21	1.81
236797273--236797399	65	2.0	65	85	3	175	40	7	26	25	1.81
236797200--236797466	146	1.8	147	86	2	394	41	8	22	28	1.82
236800276--236800339	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
236800530--236800643	24	4.8	24	93	3	180	29	21	20	28	1.98
236800698--236800776	18	4.2	19	90	3	108	32	17	11	37	1.86
236800813--236800860	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
236801997--236802080	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
236801997--236802090	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
236802142--236802398	27	9.4	27	76	9	128	32	8	19	38	1.82
236802127--236802335	54	3.8	54	77	9	172	32	10	18	39	1.84
236802232--236802357	54	2.3	53	82	9	148	28	7	20	42	1.80
236802215--236802398	81	2.3	81	77	7	194	32	7	21	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236802350--236802572	26	8.0	27	69	15	114	40	6	22	30	1.79
236802520--236802594	24	3.0	25	82	9	82	42	9	17	30	1.80
236805140--236805188	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
236806011--236806177	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
236813132--236813180	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
236814042--236814150	38	2.8	37	83	8	128	22	22	30	24	1.99
236814002--236814166	40	4.2	40	78	9	162	25	21	27	24	1.99
236827687--236827853	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
236833019--236833185	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
236842546--236842605	11	5.2	11	75	16	50	60	5	3	31	1.35
236842539--236842615	25	3.0	25	75	11	75	58	5	2	33	1.34
236844505--236844681	68	2.6	65	82	5	185	37	16	16	28	1.91
236844984--236845093	53	2.0	54	81	10	127	39	17	16	27	1.91
236845182--236845429	71	3.5	71	82	3	334	31	22	16	30	1.96
236845280--236845680	160	2.5	160	98	0	766	32	20	17	28	1.96
236845456--236845589	71	1.9	71	88	0	205	29	23	17	30	1.97
236857972--236858013	20	2.0	20	86	9	57	54	2	7	35	1.41
236858046--236858105	11	5.2	11	75	16	50	60	5	3	31	1.35
236858039--236858115	25	3.0	25	75	11	75	58	5	2	33	1.34
236858284--236858332	26	1.9	25	84	12	64	55	2	6	36	1.37
236860032--236860095	29	2.2	29	82	0	83	28	7	6	57	1.51
236871591--236872308	119	6.0	119	91	2	1098	33	17	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236871591--236872310	241	3.0	241	93	1	1216	33	17	18	30	1.94
236873964--236874129	35	4.6	35	82	8	190	31	10	24	33	1.90
236873964--236874134	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
236876713--236876788	18	4.3	17	69	12	55	30	3	3	61	1.32
236876788--236876837	14	3.6	14	76	15	59	38	6	0	56	1.24
236882748--236882928	40	4.6	40	90	2	276	24	23	25	25	2.00
236890077--236890300	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
236890081--236890300	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
236903279--236903314	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
236904649--236904696	25	1.9	25	100	0	96	37	12	22	27	1.90
236904684--236904810	29	4.5	29	92	7	210	35	14	25	25	1.93
236911031--236911066	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
236912407--236912537	29	4.5	29	96	3	237	37	14	23	24	1.92
236912377--236912537	87	1.8	88	90	1	261	36	14	24	25	1.93
236918738--236918867	47	2.7	49	79	10	135	27	26	18	26	1.98
236924213--236924254	17	2.5	17	76	7	50	7	11	7	73	1.23
236925794--236925854	30	2.0	30	100	0	122	32	9	34	22	1.87
236928172--236928219	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
236928264--236928322	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
236928373--236928491	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
236928373--236928491	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
236928683--236928746	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236928700--236928808	38	2.8	39	92	2	184	39	14	22	22	1.91
236932285--236932330	22	2.1	22	100	0	92	19	21	28	30	1.98
236935710--236935934	40	5.6	40	85	3	290	24	22	27	26	2.00
236935714--236935904	83	2.3	80	90	2	283	23	23	27	26	2.00
236947142--236947366	40	5.6	40	87	3	308	23	22	28	25	2.00
236947146--236947366	83	2.7	80	87	5	295	23	23	28	25	1.99
236953255--236953341	43	2.0	43	82	12	108	26	19	27	26	1.99
236957371--236957421	25	2.0	25	100	0	102	31	15	21	31	1.95
236959503--236959669	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
236967458--236967625	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
236976079--236976299	122	1.8	122	86	2	318	31	9	24	34	1.88
236976296--236976425	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
236978664--236978692	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
236980818--236981039	40	5.6	40	92	1	349	22	23	26	27	2.00
236993312--236993381	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
237004354--237004423	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
237012974--237013216	24	10.1	24	97	0	432	20	17	25	36	1.94
237020985--237021202	24	9.1	24	96	0	375	20	17	25	36	1.95
237023010--237023138	56	2.3	58	81	9	142	30	31	15	22	1.95
237023038--237023138	28	3.6	28	79	4	105	28	32	16	21	1.96
237028260--237028523	94	2.7	94	93	4	429	31	15	22	30	1.95
237028361--237028517	51	3.1	50	90	1	242	31	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237036112--237036375	101	2.6	101	95	0	474	32	14	23	29	1.94
237036112--237036369	51	5.1	51	88	1	394	31	15	23	29	1.95
237040467--237040508	21	2.0	21	100	0	84	28	9	9	52	1.65
237042837--237042898	30	2.1	30	100	0	124	38	12	22	25	1.90
237045261--237045577	47	6.7	47	89	4	465	29	31	7	31	1.85
237045261--237045577	96	3.3	94	89	5	483	29	31	7	31	1.85
237049343--237049649	43	7.4	43	93	4	508	32	32	21	13	1.91
237049632--237049843	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
237051769--237052085	47	6.7	47	89	4	465	29	31	7	31	1.85
237051769--237052085	96	3.3	94	89	5	483	29	31	7	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770