genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.592.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  592  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185186426--185186488	32	2.0	32	90	0	99	25	20	20	33	1.97
185192567--185192653	40	2.2	40	85	4	113	22	16	27	33	1.95
185194452--185194639	40	4.7	40	89	1	270	25	28	21	23	1.99
185194432--185194643	80	2.7	79	88	3	309	26	27	21	24	1.99
185202533--185202719	40	4.7	40	91	2	279	25	29	21	23	1.99
185202513--185202723	80	2.7	79	88	4	318	27	28	20	23	1.99
185207194--185207304	27	4.1	27	83	10	138	37	23	23	15	1.93
185207198--185207303	53	2.0	53	87	3	151	38	22	22	16	1.92
185211223--185211344	40	3.1	39	76	4	113	26	27	20	26	1.99
185213029--185213230	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
185213028--185213179	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
185220752--185220898	78	1.9	80	84	5	201	24	23	27	25	2.00
185220753--185220954	40	5.1	40	74	9	139	23	23	27	24	2.00
185220752--185220935	78	2.3	80	79	7	196	23	23	27	25	2.00
185222335--185222465	40	3.3	40	90	0	208	26	25	21	25	1.99
185230416--185230661	40	6.2	40	84	5	295	26	27	21	24	1.99
185230416--185230661	79	3.1	78	80	9	266	26	27	21	24	1.99
185232607--185232645	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
185233084--185233198	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96
185233109--185233198	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
185233304--185233371	28	2.4	28	92	0	109	33	7	26	32	1.84
185237453--185237613	29	5.6	29	87	0	214	26	15	32	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185248172--185248244	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
185254929--185255034	27	3.9	27	82	13	119	35	21	24	17	1.95
185254922--185255034	55	2.1	54	83	8	140	36	22	23	17	1.95
185260146--185260260	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
185260146--185260260	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
185260522--185260570	20	2.5	20	100	0	98	18	34	20	26	1.95
185262130--185262261	29	4.5	29	95	1	237	24	23	14	37	1.92
185262130--185262261	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
185265140--185265223	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
185266736--185266779	20	2.1	21	84	12	56	40	4	4	50	1.43
185269759--185269791	17	1.9	17	93	0	57	69	0	0	30	0.88
185269800--185269863	30	2.1	30	82	0	74	45	6	3	45	1.44
185276635--185276704	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
185276635--185276716	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
185287912--185288018	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
185287997--185288156	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
185287997--185288156	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
185292225--185293360	56	20.3	56	88	0	1540	27	14	23	34	1.93
185293311--185293403	43	2.2	43	84	3	116	29	13	21	35	1.92
185293255--185293476	99	2.2	99	80	10	224	30	15	21	32	1.94
185298039--185298073	17	1.9	19	88	11	56	5	28	45	20	1.73
185298725--185298772	22	2.2	22	92	0	78	14	27	25	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185302166--185302212	22	2.1	22	92	0	76	17	29	23	29	1.97
185305281--185305846	56	9.8	56	80	6	583	27	13	24	34	1.93
185305281--185305846	112	4.9	112	81	7	673	27	13	24	34	1.93
185305443--185305586	73	2.0	73	87	2	209	27	13	23	34	1.93
185305387--185305621	129	1.8	129	88	0	362	27	13	24	34	1.93
185305330--185305844	185	2.9	181	84	6	644	27	13	24	34	1.93
185307037--185307140	50	2.1	50	96	0	190	36	9	13	40	1.77
185308125--185308270	72	2.0	72	100	0	292	39	15	6	38	1.74
185308338--185308628	40	7.3	40	82	0	330	39	18	26	15	1.90
185308327--185308628	80	3.8	80	83	1	372	39	18	27	14	1.90
185308458--185308601	20	7.2	20	67	12	71	37	18	28	15	1.91
185308338--185308628	120	2.4	121	85	2	390	39	18	26	15	1.90
185311093--185311142	20	2.6	20	73	17	52	48	16	2	34	1.57
185314210--185314268	30	2.0	29	83	9	75	37	6	27	28	1.82
185314918--185315161	49	4.9	50	81	2	267	25	18	26	29	1.98
185318133--185318177	22	2.0	22	100	0	90	8	26	4	60	1.46
185320464--185320631	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
185320480--185320629	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
185328691--185328854	40	4.1	40	80	6	179	25	20	27	26	1.99
185328697--185328868	80	2.2	79	83	5	204	26	19	26	27	1.99
185332129--185332308	40	4.5	40	86	5	231	28	25	21	25	1.99
185334279--185334370	43	2.1	43	82	6	114	22	13	26	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185338117--185338236	43	2.8	43	88	0	177	33	25	15	25	1.95
185346615--185346700	40	2.2	40	91	4	138	20	26	30	22	1.98
185353989--185354155	40	4.2	40	78	7	153	25	22	26	24	2.00
185361777--185361885	40	2.8	40	84	1	139	23	26	22	26	2.00
185375262--185375324	24	2.6	24	82	7	74	30	22	17	30	1.96
185379936--185380033	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
185384330--185384539	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
185399222--185399407	40	4.7	40	88	5	236	25	26	22	25	2.00
185404715--185404763	23	2.0	24	88	7	73	12	14	16	57	1.66
185408039--185408137	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
185415731--185415829	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
185431899--185432104	49	4.4	49	86	10	313	29	9	32	28	1.89
185431953--185432083	40	3.0	40	82	18	181	28	9	33	29	1.88
185431904--185432083	89	2.0	89	95	0	324	29	9	32	28	1.88
185432204--185432288	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
185434105--185434348	40	6.1	40	93	0	337	28	20	25	25	1.99
185434105--185434348	119	2.0	120	86	0	337	28	20	25	25	1.99
185434522--185434685	29	5.7	29	97	0	292	26	16	32	24	1.96
185437274--185437484	49	4.5	49	85	11	298	29	9	31	29	1.89
185437279--185437457	88	2.0	89	94	1	315	29	9	32	28	1.89
185437287--185437495	88	2.4	88	85	7	257	31	8	30	30	1.87
185437580--185437664	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185439483--185439725	40	6.1	40	93	0	346	27	20	26	25	1.99
185439899--185440062	29	5.7	29	97	0	292	26	16	32	24	1.96
185442652--185442857	49	4.4	49	86	10	313	29	9	32	28	1.89
185442706--185442836	40	3.0	40	82	18	181	28	9	33	29	1.88
185442657--185442836	89	2.0	89	95	0	324	29	9	32	28	1.88
185442959--185443043	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
185443813--185443854	21	2.0	21	100	0	84	52	0	9	38	1.34
185446524--185446699	52	3.5	50	86	6	221	28	30	14	26	1.95
185454109--185454189	23	3.6	23	84	1	110	18	28	18	34	1.95
185454366--185454459	9	10.9	9	76	13	81	42	6	11	39	1.67
185454358--185454459	25	4.0	26	79	6	93	42	5	12	39	1.67
185454330--185454421	34	2.7	34	79	0	94	44	4	11	39	1.61
185454359--185454480	52	2.4	52	79	2	131	40	5	14	38	1.70
185457896--185458053	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
185457930--185458127	68	2.9	68	84	8	203	33	15	29	21	1.94
185460646--185460843	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
185460712--185460829	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
185460680--185460843	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
185474601--185474810	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
185479619--185479690	29	2.5	29	91	6	112	29	27	13	29	1.95
185479618--185479719	28	3.5	28	81	6	89	28	28	13	29	1.94
185487417--185487613	71	2.8	70	90	4	276	34	17	27	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185487451--185487613	71	2.3	71	97	1	310	35	17	27	19	1.94
185490291--185490438	40	3.7	40	86	5	174	22	27	22	26	2.00
185498389--185498536	40	3.7	40	86	5	174	22	27	22	26	2.00
185501615--185501811	55	3.6	54	83	7	247	36	17	24	21	1.94
185501924--185501962	16	2.4	16	84	12	53	35	2	23	38	1.68
185511904--185512065	29	5.6	29	80	5	150	24	16	33	25	1.95
185517666--185517817	39	3.8	40	79	2	137	24	28	23	23	1.99
185518517--185518554	19	2.0	19	100	0	76	26	31	0	42	1.56
185524816--185524872	30	1.9	30	85	0	78	35	14	24	26	1.93
185525226--185525528	47	6.4	48	71	13	218	27	20	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770