genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.700.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  700  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220904767--220904917	80	1.9	80	84	5	207	24	26	22	26	2.00
220912742--220912877	40	3.4	40	85	6	179	25	26	22	25	2.00
220912728--220912877	79	1.9	80	84	6	207	24	26	22	26	2.00
220917452--220917583	40	3.2	40	79	4	149	24	27	22	25	2.00
220921907--220921950	21	2.3	18	84	11	52	63	0	11	25	1.27
220921914--220921951	18	2.1	18	85	9	51	60	0	15	23	1.35
220925272--220925296	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
220940093--220940276	40	4.7	40	79	8	198	23	21	28	26	1.99
220940094--220940274	79	2.3	80	80	6	199	23	21	28	25	1.99
220944797--220944964	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
220952761--220952874	56	2.0	56	100	0	228	28	14	17	39	1.89
220952918--220953085	40	4.2	39	79	3	158	25	26	22	26	2.00
220952918--220953085	80	2.1	80	83	3	205	25	26	22	26	2.00
220954767--220954930	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
220958324--220958454	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
220958324--220958454	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
220966271--220966401	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
220966271--220966401	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
220974541--220974600	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
220975019--220975195	47	3.8	46	80	13	218	20	20	29	29	1.98
220982081--220982140	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
220982555--220982645	49	1.9	48	88	6	141	21	23	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220989176--220989245	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
220989176--220989257	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
220992504--220992563	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
220992983--220993159	47	3.8	47	76	13	177	23	20	26	29	1.98
220999113--220999242	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
220999075--220999242	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
221006937--221007161	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
221007156--221007285	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
221007118--221007285	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
221010204--221010327	50	2.5	50	80	2	124	40	19	9	30	1.84
221010319--221010434	35	3.3	35	78	4	144	42	19	12	25	1.86
221010620--221010697	41	1.9	41	89	5	122	29	30	23	16	1.96
221014747--221014815	20	3.3	20	74	21	79	33	23	4	39	1.74
221014751--221014839	42	2.1	43	97	2	171	32	22	5	39	1.77
221014763--221014837	21	3.6	20	75	21	82	30	25	4	40	1.74
221015027--221015197	43	4.0	43	73	13	120	32	26	16	24	1.96
221015035--221015161	43	3.0	42	75	15	127	31	25	18	24	1.97
221016743--221016909	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
221017735--221017780	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
221021908--221021956	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
221022778--221022928	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
221029915--221029963	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221030785--221030935	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
221030821--221030951	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
221035452--221035622	93	1.8	93	91	2	281	22	19	29	28	1.98
221035456--221035627	46	3.7	45	76	10	177	22	19	28	29	1.98
221035851--221035888	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
221038962--221039067	54	1.9	55	98	1	205	40	15	23	20	1.90
221043069--221043240	45	3.7	46	79	13	210	21	21	27	29	1.99
221043066--221043238	46	3.7	47	78	15	191	21	21	28	28	1.99
221043463--221043500	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
221045088--221045246	43	3.7	43	82	1	158	22	16	28	31	1.96
221055629--221055762	46	2.9	48	80	12	179	20	20	29	28	1.98
221058709--221058777	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
221058700--221058787	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
221061167--221061300	46	2.9	48	80	12	179	20	20	29	28	1.98
221062887--221063032	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
221062919--221063070	40	3.8	40	81	10	159	23	26	22	28	1.99
221071020--221071170	40	3.8	39	83	7	162	23	26	21	28	1.99
221074056--221074185	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
221082120--221082249	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
221086957--221087105	40	3.7	40	96	0	280	26	22	26	24	2.00
221086957--221087138	40	4.6	40	89	4	262	27	21	26	24	1.99
221090982--221091876	446	2.0	446	98	0	1745	29	17	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221095432--221095616	40	4.7	40	95	2	333	25	22	27	24	2.00
221095599--221095644	21	2.2	21	100	0	92	30	21	28	19	1.98
221103998--221104173	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
221103995--221104166	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
221107112--221107191	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
221107103--221107190	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
221111784--221111896	28	4.0	28	81	4	111	27	14	30	27	1.95
221113431--221113531	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
221113460--221113535	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
221121320--221121420	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
221121349--221121424	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
221124605--221124641	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
221126351--221126411	29	2.1	29	96	0	113	49	14	14	21	1.79
221128921--221129017	41	2.4	41	100	0	194	19	20	28	30	1.97
221135758--221135915	43	3.8	41	75	9	133	25	17	27	28	1.98
221151305--221151476	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
221151298--221151473	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
221157997--221158168	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
221157990--221158165	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
221161628--221161810	39	4.6	39	86	3	233	24	22	30	22	1.99
221168756--221168927	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
221168748--221168923	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221171286--221171375	30	3.0	30	79	10	96	56	15	17	10	1.66
221171286--221171369	15	5.7	14	74	10	60	55	16	17	9	1.67
221171298--221171375	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
221178757--221178886	49	2.7	49	85	2	181	21	30	22	26	1.99
221181883--221181945	29	2.3	27	83	10	74	31	26	0	41	1.56
221181974--221182013	21	2.0	20	85	5	53	47	22	0	30	1.52
221183330--221183379	15	3.4	15	71	15	50	50	14	10	26	1.73
221183332--221183390	29	2.0	29	93	0	100	44	18	8	28	1.79
221186097--221186238	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
221186136--221186264	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
221202436--221202526	40	2.3	40	84	3	112	23	28	25	23	1.99
221202463--221202618	40	4.0	40	79	8	151	23	26	23	26	2.00
221211267--221211291	8	3.1	8	100	0	50	52	12	0	36	1.39
221213598--221213784	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
221213621--221213784	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
221213621--221213818	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
221221160--221221346	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
221221183--221221346	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
221221183--221221380	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
221227540--221227707	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
221227556--221227705	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
221229984--221230087	29	3.6	29	77	2	111	23	16	31	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221231533--221231702	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
221239560--221239729	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
221244618--221244788	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
221244610--221244790	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
221247152--221247239	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
221247152--221247230	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
221247163--221247239	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
221250188--221250358	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
221250180--221250360	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
221255556--221255738	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770