genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.366.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  366  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112281979--112282110	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
112284394--112284470	6	12.5	6	70	10	57	48	15	16	19	1.82
112284394--112284470	31	2.5	31	80	0	91	48	15	16	19	1.82
112284607--112284708	27	3.8	26	84	5	114	37	20	22	19	1.95
112285382--112285631	27	9.3	27	87	0	338	24	17	20	38	1.93
112285355--112285623	54	5.0	54	86	0	351	24	17	19	37	1.94
112285643--112286181	27	19.9	27	85	3	701	39	9	23	27	1.86
112293365--112293479	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
112293377--112293479	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
112293376--112293509	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
112294814--112294851	20	2.1	19	85	14	53	7	15	0	76	1.01
112298066--112298195	27	4.8	27	86	0	161	30	24	7	36	1.84
112298066--112298195	54	2.4	54	88	0	197	30	24	7	36	1.84
112298183--112298258	27	2.8	27	86	4	100	42	17	6	34	1.75
112298093--112298224	54	2.4	54	80	0	138	34	23	6	35	1.81
112298241--112298601	27	13.4	27	85	0	445	35	18	18	27	1.94
112298241--112298601	108	3.3	108	88	0	517	35	18	18	27	1.94
112298892--112298932	20	2.0	20	85	0	55	12	17	29	41	1.85
112298949--112299007	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
112299164--112299268	27	3.9	27	79	8	97	22	20	19	38	1.94
112299426--112299522	6	15.8	6	73	16	74	21	18	14	45	1.85
112299416--112299538	31	4.0	31	81	3	142	21	17	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112303419--112303478	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
112305376--112305425	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
112308340--112308511	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
112308333--112308508	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	21	1.98
112308931--112308990	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
112310035--112310229	55	3.6	54	82	4	223	22	23	17	36	1.94
112310035--112310229	54	3.6	54	82	4	232	22	23	17	36	1.94
112310187--112310426	95	2.5	95	71	13	217	23	22	17	36	1.95
112310422--112310505	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
112318152--112318222	19	3.6	20	75	14	76	38	26	21	14	1.91
112318425--112318519	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
112318439--112318522	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
112327075--112327205	47	2.8	47	82	0	163	35	26	14	23	1.93
112333245--112334014	49	15.9	49	93	2	1333	34	9	27	28	1.87
112333245--112334014	145	5.3	145	94	2	1327	34	9	27	28	1.87
112333244--112334014	194	4.0	194	97	0	1422	34	9	27	28	1.87
112334006--112334157	48	3.2	48	98	0	286	33	5	28	32	1.81
112334197--112334287	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
112336720--112336761	18	2.3	18	91	0	66	21	26	11	40	1.88
112336728--112336763	18	2.0	18	100	0	72	22	22	11	44	1.84
112338722--112338777	26	2.2	26	81	12	62	30	19	16	33	1.94
112342190--112342357	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112344438--112344579	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
112344477--112344605	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
112352445--112352553	38	2.8	40	84	8	143	22	23	29	23	1.99
112352405--112352569	40	4.2	40	78	9	162	26	22	27	24	2.00
112358907--112359037	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
112358924--112359074	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
112367006--112367136	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
112367023--112367173	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
112372474--112372498	13	1.9	13	100	0	50	16	16	20	48	1.82
112382325--112382366	2	21.0	2	90	0	66	47	4	0	47	1.23
112382845--112382930	31	2.9	31	78	11	83	30	16	23	30	1.96
112386596--112386741	49	2.9	49	82	6	177	28	26	18	27	1.98
112396883--112396987	53	2.0	53	96	0	192	37	9	13	40	1.77
112407216--112407336	27	4.5	26	85	7	152	26	13	18	42	1.87
112407214--112407336	54	2.3	54	88	5	178	26	13	17	42	1.86
112407246--112407376	56	2.4	54	82	5	147	22	14	17	45	1.85
112415173--112415243	30	2.4	30	90	0	115	26	33	21	18	1.96
112416381--112416468	20	4.4	20	70	16	65	43	19	7	29	1.79
112416627--112416705	23	3.3	24	79	12	99	37	16	25	20	1.93
112419341--112419368	14	2.0	14	100	0	56	28	14	28	28	1.95
112420753--112420801	23	2.1	24	82	14	59	36	28	0	34	1.58
112420983--112421190	40	5.2	40	81	2	211	25	25	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112426003--112426210	40	5.2	40	82	2	220	25	25	22	25	2.00
112434886--112435034	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
112434927--112435034	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
112439292--112439489	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
112439358--112439475	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
112439326--112439489	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
112445337--112445460	46	2.7	46	86	7	162	28	18	29	24	1.98
112445337--112445507	47	3.7	47	82	6	138	28	18	29	23	1.98
112450285--112450358	26	2.8	26	83	6	78	28	13	13	44	1.82
112455978--112456272	148	2.0	148	93	1	511	23	16	19	40	1.91
112456448--112456483	9	4.0	9	89	10	56	66	8	2	22	1.31
112456450--112456483	17	1.9	18	94	5	61	67	5	2	23	1.26
112458618--112458790	46	3.8	46	73	12	167	23	17	28	29	1.97
112461684--112461861	46	3.8	46	81	8	218	23	20	28	28	1.99
112461682--112461853	93	1.8	93	92	2	292	22	20	29	27	1.98
112466713--112466889	46	3.8	45	80	7	203	22	19	28	28	1.98
112466710--112466881	93	1.8	93	91	2	283	22	20	29	27	1.98
112475681--112475753	28	2.6	28	86	0	101	36	9	27	26	1.87
112475868--112475982	41	2.8	40	75	12	108	20	20	29	29	1.98
112479851--112479966	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
112479864--112479966	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
112479863--112479996	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112487388--112487473	29	3.0	29	88	3	86	25	22	15	37	1.93
112487401--112487473	29	2.5	29	97	0	137	23	24	15	36	1.93
112497516--112497568	26	2.0	26	96	0	97	37	22	1	37	1.65
112499126--112499229	41	2.6	39	80	8	111	37	22	17	23	1.94
112503416--112503523	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
112510510--112510617	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
112511021--112511081	30	2.0	31	83	3	79	59	4	9	26	1.50
112512051--112512083	17	1.9	17	88	11	50	9	0	6	84	0.76
112513657--112513839	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
112519281--112519382	44	2.4	43	84	10	124	22	28	23	25	1.99
112527139--112527276	40	3.5	40	92	3	208	23	27	23	24	2.00
112531106--112531217	40	2.8	40	82	8	138	23	24	28	24	2.00
112531106--112531256	40	3.8	39	78	9	128	23	23	28	25	1.99
112537829--112538036	40	5.2	40	78	3	168	21	25	24	28	1.99
112537855--112538036	80	2.3	80	81	1	204	21	26	24	28	1.99
112541882--112541991	40	2.8	39	81	8	116	23	24	27	24	2.00
112546672--112546731	27	2.3	26	82	2	66	38	20	20	21	1.94
112549397--112549642	27	9.1	27	81	6	230	34	18	20	26	1.95
112549397--112549642	54	4.6	54	84	4	282	34	18	20	26	1.95
112549441--112549612	80	2.1	82	86	3	233	36	19	20	23	1.95
112549397--112549642	107	2.3	108	84	2	307	34	18	20	26	1.95
112549783--112549869	27	3.2	27	83	0	111	20	19	20	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112550019--112550083	27	2.4	27	82	10	71	23	26	24	26	2.00
112555247--112555424	46	3.8	45	75	12	155	29	18	28	23	1.98
112555782--112555815	17	2.0	17	100	0	68	29	17	5	47	1.71
112562672--112562847	46	3.8	45	73	9	156	29	18	27	23	1.98
112567205--112567259	25	2.2	25	83	6	67	58	0	3	38	1.16
112572081--112572177	48	2.0	48	97	0	185	29	11	22	36	1.89
112573578--112573627	24	2.1	24	96	0	91	24	10	16	50	1.75
112573865--112573900	16	2.2	16	90	0	54	27	5	11	55	1.57
112574314--112574386	29	2.5	30	79	2	85	39	1	9	49	1.44
112574470--112574586	39	3.2	39	89	10	192	32	11	10	46	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770