genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.750.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  750  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237795908--237795981	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
237798849--237798897	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
237806819--237806867	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
237807687--237807853	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
237816984--237817126	40	3.6	38	81	5	133	25	21	28	24	1.99
237822450--237822659	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
237830586--237830795	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
237833791--237833854	32	2.0	32	96	0	119	31	17	12	39	1.87
237839248--237839317	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
237839248--237839329	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
237841790--237841863	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
237841731--237841863	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
237849543--237849613	28	2.5	29	77	6	74	22	35	21	21	1.96
237849601--237849672	29	2.6	29	91	4	121	27	30	15	26	1.96
237859889--237860060	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
237859882--237860057	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
237867423--237867594	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
237867416--237867591	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
237870571--237870763	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
237870601--237870763	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
237878455--237878607	79	1.9	78	85	1	207	24	32	20	22	1.98
237878484--237878607	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237880331--237880456	46	2.7	46	80	8	148	30	17	28	23	1.97
237886528--237886579	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
237892968--237893144	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
237900937--237901084	41	3.7	40	83	7	194	22	20	28	27	1.99
237902048--237902130	41	2.0	41	95	2	150	37	21	21	19	1.94
237903778--237903821	24	2.0	22	83	16	56	0	52	22	25	1.48
237904049--237904166	55	2.1	56	88	6	175	0	44	24	31	1.54
237904201--237904254	24	2.2	24	90	0	81	0	46	40	12	1.42
237906347--237906386	18	2.2	19	86	4	55	0	57	35	7	1.27
237907711--237907770	21	2.8	21	80	16	70	0	56	40	3	1.16
237907728--237907772	23	2.0	21	91	8	72	0	57	40	2	1.11
237911811--237911855	23	2.0	22	86	4	63	0	53	20	26	1.46
237911872--237912613	42	17.7	42	81	9	498	0	52	32	14	1.42
237911891--237912613	125	5.8	126	85	6	934	0	51	33	14	1.43
237911893--237912597	83	8.4	84	86	6	848	0	51	33	14	1.43
237912790--237912868	11	6.8	11	73	20	63	0	55	37	6	1.25
237912779--237912856	24	3.2	24	98	0	147	0	51	41	7	1.31
237912968--237913011	21	2.0	22	83	16	56	0	50	25	25	1.50
237913236--237913356	58	2.1	59	92	1	199	0	45	23	30	1.53
237913390--237913443	24	2.2	24	90	0	81	0	46	40	12	1.42
237913794--237914137	175	2.0	172	85	8	475	0	51	28	20	1.47
237915559--237915598	18	2.2	19	86	4	55	0	57	35	7	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237916925--237916984	21	2.8	21	80	16	70	0	56	40	3	1.16
237916942--237916986	23	2.0	21	91	8	72	0	57	40	2	1.11
237918698--237918741	22	1.9	22	86	9	61	0	75	13	11	1.06
237921151--237921362	46	4.5	47	92	7	360	29	29	8	32	1.87
237921151--237921362	93	2.3	94	94	4	367	29	29	8	32	1.87
237925442--237925713	40	6.8	40	93	0	436	25	27	21	26	1.99
237928947--237929047	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
237928976--237929047	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
237936747--237936847	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
237936776--237936847	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
237940720--237940879	47	3.4	47	76	14	186	29	26	20	23	1.99
237940669--237940930	93	2.8	93	89	0	398	29	26	20	24	1.99
237940659--237940917	46	5.6	46	73	15	192	30	27	19	23	1.98
237945075--237945122	24	2.0	24	96	4	89	56	8	16	18	1.65
237946987--237947137	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
237947024--237947153	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
237954897--237955000	40	2.6	40	83	1	120	29	23	26	20	1.98
237957674--237957717	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
237957944--237958125	40	4.6	40	90	2	260	27	26	22	23	2.00
237957944--237958125	80	2.3	80	92	0	294	27	26	22	23	2.00
237966247--237966290	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
237966515--237966736	40	5.6	40	92	1	358	27	26	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237969687--237969723	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
237970278--237970453	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97
237970275--237970445	93	1.8	93	92	0	288	20	20	29	29	1.98
237978951--237979307	47	7.6	44	75	13	245	28	19	28	22	1.98
237978949--237979307	94	3.8	93	80	10	367	28	20	28	23	1.98
237978942--237979307	141	2.6	137	79	10	373	28	19	28	23	1.99
237982561--237982663	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
237989722--237989829	29	3.8	28	79	4	101	30	33	14	21	1.93
237990975--237991075	43	2.3	44	93	3	170	24	29	20	24	1.99
237991267--237991468	57	3.7	54	87	7	275	33	18	16	31	1.93
237991267--237991475	55	3.8	55	86	7	282	34	17	16	31	1.93
237991591--237991835	68	3.5	69	78	8	230	31	22	17	28	1.96
237992061--237992262	73	2.8	71	82	5	246	32	25	16	26	1.96
237992289--237992421	71	1.9	70	90	1	212	30	21	16	31	1.95
237992130--237992509	160	2.4	160	91	2	586	33	21	17	28	1.96
238005024--238005099	14	5.3	14	73	19	59	59	1	5	34	1.28
238005961--238005999	20	2.0	19	85	5	51	30	0	2	66	1.05
238009901--238010031	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
238009901--238010031	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
238017856--238017986	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
238017856--238017986	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
238019652--238019800	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238019693--238019800	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
238023160--238023498	168	2.0	170	95	1	619	29	26	10	33	1.90
238026905--238027062	68	2.3	68	96	0	289	24	29	14	31	1.94
238032073--238032218	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
238032105--238032256	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
238040140--238040323	40	4.6	40	80	4	176	23	26	22	27	2.00
238044752--238044961	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
238052881--238053090	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
238058922--238059108	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
238058945--238059108	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
238058945--238059142	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
238067384--238067473	39	2.3	39	82	3	101	23	26	23	26	2.00
238068827--238069072	40	6.2	40	81	3	275	24	27	22	25	2.00
238068827--238069072	80	3.1	79	88	4	345	24	27	22	25	2.00
238068847--238069072	118	1.9	120	86	3	323	23	27	23	26	2.00
238092376--238092458	38	2.2	39	88	2	123	27	32	18	21	1.96
238092938--238092988	24	2.1	25	96	3	95	27	25	0	47	1.53
238095172--238095219	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
238098168--238098340	46	3.7	46	77	13	192	30	27	20	21	1.98
238101123--238101290	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
238109405--238109570	40	4.2	40	80	4	178	25	27	22	25	2.00
238109397--238109570	80	2.2	78	81	4	199	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238113127--238113256	38	3.4	39	93	3	219	23	28	20	27	1.99
238121954--238122136	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
238129938--238130062	22	5.4	22	64	26	71	34	13	28	24	1.93
238130032--238130108	22	3.3	22	66	25	59	36	11	27	24	1.90
238129913--238130145	95	2.5	94	86	3	317	34	10	28	25	1.90
238129913--238130111	47	4.2	47	91	0	317	35	11	27	26	1.90
238130125--238130214	45	2.0	46	86	2	128	35	6	30	27	1.83
238131195--238131316	63	1.9	63	86	0	172	16	22	28	32	1.95
238136133--238136316	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
238136173--238136361	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770