genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  65  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18973862--18973910	24	2.0	24	100	0	98	28	20	20	30	1.98
18979334--18979552	46	4.7	46	75	7	210	25	19	26	28	1.99
18984535--18984752	46	4.7	46	79	6	244	23	19	27	29	1.98
18984575--18984744	93	1.8	93	91	2	279	22	21	27	28	1.99
18987656--18987723	22	3.0	22	77	8	66	35	19	20	25	1.96
18990696--18990747	10	5.1	10	77	11	52	36	0	3	59	1.16
18990696--18990738	22	2.0	22	90	0	68	39	0	2	58	1.11
18991299--18991334	18	1.9	19	94	5	65	5	33	0	61	1.19
18991574--18991619	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
18999558--18999593	17	2.1	17	100	0	72	22	0	27	50	1.50
19003981--19004155	46	3.8	46	75	15	153	28	27	21	22	1.99
19003988--19004160	93	1.9	93	87	0	256	27	27	21	23	1.99
19013382--19013417	17	2.1	17	89	0	54	52	8	5	33	1.55
19019067--19019167	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
19019096--19019171	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
19026922--19027022	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
19026951--19027026	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
19029749--19029964	95	2.3	96	83	0	254	25	28	16	28	1.97
19029701--19029964	48	5.5	47	74	8	183	26	28	17	27	1.98
19029701--19029978	143	1.9	142	81	4	335	26	29	16	27	1.97
19029796--19030019	96	2.3	95	80	3	236	24	28	18	28	1.98
19035930--19036077	40	4.0	40	77	16	181	22	17	29	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19039797--19039941	43	3.4	43	78	13	147	32	24	17	24	1.97
19047444--19047569	42	3.0	43	76	6	139	34	26	17	21	1.95
19050792--19051065	48	5.7	48	78	3	230	22	29	18	28	1.98
19050795--19051065	96	2.8	95	80	7	273	23	29	18	28	1.98
19053258--19053302	13	3.0	16	81	18	69	31	0	20	48	1.49
19058933--19059008	21	3.5	21	66	16	55	21	13	26	39	1.89
19060599--19060660	28	2.2	29	88	2	90	25	14	30	29	1.95
19069954--19070024	20	3.5	20	92	0	115	35	12	21	30	1.91
19070071--19070236	23	7.1	23	95	2	296	27	21	21	29	1.98
19070070--19070256	23	8.0	23	92	3	268	27	21	21	28	1.99
19070069--19070236	47	3.6	47	95	1	302	27	22	20	29	1.98
19075038--19075108	20	3.5	20	92	0	115	35	12	21	30	1.91
19075159--19075274	23	5.0	23	91	4	187	26	22	20	30	1.98
19075154--19075294	24	6.0	23	86	5	176	29	21	21	27	1.99
19075154--19075274	47	2.6	47	94	0	206	29	21	19	28	1.98
19079719--19079779	30	2.1	29	93	3	104	24	14	24	36	1.93
19087758--19087817	27	2.3	26	82	2	66	21	25	20	33	1.97
19089429--19089530	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
19096482--19096583	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
19099205--19099261	27	2.1	28	90	3	89	43	7	5	43	1.54
19099359--19099390	17	2.0	17	88	11	50	59	6	3	31	1.38
19099520--19099558	17	2.3	17	86	8	53	69	5	2	23	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19099632--19099678	19	2.5	19	76	13	51	59	0	2	38	1.09
19099803--19099835	15	2.2	15	89	10	50	33	6	0	60	1.21
19099797--19099840	20	2.2	21	80	12	56	29	6	0	63	1.20
19101144--19101269	46	2.7	46	91	0	198	22	21	26	30	1.99
19101493--19101530	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
19102975--19103147	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
19102972--19103142	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
19105368--19105395	11	2.5	11	100	0	56	28	0	7	64	1.20
19105359--19105427	26	2.6	27	78	15	72	30	1	5	62	1.27
19105386--19105493	31	3.4	32	78	11	114	45	0	4	50	1.22
19106228--19106266	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
19107023--19107102	26	3.0	26	78	10	90	35	18	18	27	1.95
19107087--19107510	27	15.7	27	79	5	284	39	19	10	30	1.85
19107748--19107866	40	2.9	40	83	7	152	21	20	31	27	1.98
19107752--19107866	41	2.8	40	86	3	160	20	20	31	26	1.98
19108371--19108415	21	2.1	22	84	12	58	4	4	51	40	1.42
19111432--19111506	6	12.3	6	75	13	73	49	13	18	18	1.79
19111623--19111697	27	2.8	27	78	9	82	40	20	21	18	1.92
19111748--19111788	20	2.0	20	90	0	64	39	26	17	17	1.91
19113230--19113400	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
19113222--19113402	46	3.9	46	80	9	224	27	29	21	21	1.99
19114741--19114908	27	6.3	27	86	4	207	26	19	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19114742--19114908	54	3.1	55	87	4	234	26	19	17	35	1.94
19115466--19115493	14	2.0	14	100	0	56	21	35	14	28	1.92
19116568--19116747	41	4.4	41	78	1	182	20	20	26	33	1.96
19124197--19124224	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19128141--19128346	107	1.9	105	81	1	241	28	22	15	33	1.94
19143305--19143407	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
19163363--19163413	25	2.0	25	100	0	102	33	27	11	27	1.92
19163759--19163886	46	2.8	46	87	0	193	28	30	21	18	1.97
19169541--19169700	47	3.4	47	77	14	195	28	29	19	22	1.98
19169487--19169751	93	2.8	92	85	2	361	29	28	19	23	1.98
19169480--19169745	46	5.7	46	71	15	179	29	28	18	22	1.98
19174921--19175135	49	4.4	49	93	0	376	33	12	26	27	1.92
19176828--19176994	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
19178355--19178460	51	2.1	49	85	3	140	33	10	28	27	1.90
19178509--19178595	37	2.3	36	94	5	147	20	20	33	25	1.97
19180258--19180348	34	2.7	33	79	1	101	24	25	21	28	1.99
19181131--19181215	21	3.9	21	73	11	80	38	1	14	45	1.52
19181133--19181225	46	2.0	46	97	0	177	39	1	12	46	1.50
19181798--19181844	24	2.0	24	83	4	60	21	19	14	44	1.86
19186106--19186148	18	2.5	17	84	3	50	27	2	27	41	1.68
19186151--19186252	29	3.6	29	85	1	134	27	16	27	28	1.97
19187121--19187165	21	2.1	21	83	0	54	33	4	2	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19187313--19187347	18	2.0	18	88	5	54	31	20	20	28	1.97
19191710--19191740	16	1.9	16	93	0	53	51	22	6	19	1.69
19193558--19193611	27	2.1	26	89	6	83	50	22	12	14	1.77
19209731--19209780	25	2.1	23	85	7	64	62	4	6	28	1.37
19212847--19213014	40	4.2	40	77	4	151	25	27	22	25	2.00
19220894--19221060	40	4.2	40	80	5	169	23	27	23	25	2.00
19225131--19225312	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
19225161--19225313	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
19233217--19233398	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
19233247--19233399	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
19239288--19239422	38	3.5	38	85	7	166	25	19	24	31	1.98
19239635--19239795	74	2.2	74	97	1	304	30	8	21	39	1.83
19243707--19243884	40	4.5	40	92	3	272	25	28	23	23	2.00
19247612--19247819	40	5.2	39	85	6	240	24	22	27	25	2.00
19254763--19254930	40	4.2	40	78	5	171	25	22	26	26	2.00
19261374--19261550	40	4.4	40	89	3	243	25	28	22	23	1.99
19265371--19265458	18	4.7	20	69	18	64	63	3	2	30	1.23
19265366--19265495	52	2.5	54	84	12	173	62	2	2	33	1.20
19265390--19265475	27	3.2	26	72	25	81	65	3	1	30	1.17
19265377--19265493	12	9.8	12	69	20	52	61	2	2	33	1.23
19267011--19267183	46	3.8	44	78	16	131	27	17	30	24	1.97
19267062--19267237	50	3.7	47	76	15	166	28	17	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19272439--19272611	93	1.9	93	88	2	267	28	28	20	22	1.98
19272432--19272607	46	3.8	46	80	15	193	30	27	19	22	1.98
19279222--19279318	37	2.6	37	100	0	194	24	32	17	24	1.97
19279409--19279641	49	4.8	49	96	0	430	31	28	8	32	1.86
19284135--19284329	77	2.5	78	89	2	284	23	21	31	23	1.98
19284137--19284298	39	4.2	39	93	2	272	22	19	32	24	1.97
19284137--19284329	39	4.9	39	90	1	262	22	21	32	23	1.98
19291959--19292120	39	4.2	39	91	2	263	22	20	32	24	1.98
19291960--19292112	77	2.0	79	93	2	265	24	20	32	22	1.98
19298028--19298052	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770